第七十二条の二十四の十一（租税条約の実施に係る更正に伴う事業税額の控除）

①事業を行う法人について、租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律第七条第一項に規定する合意に基づき国税通則法第二十四条又は第二十六条の規定による更正が行われた場合において、当該更正に係る法人税の所得に基づいて道府県知事が第七十二条の三十九第一項若しくは第三項、第七十二条の四十一第一項若しくは第三項又は第七十二条の四十一の二第一項若しくは第三項の規定による更正をしたことに伴い、第十七条又は第七十二条の四十一の四の規定により還付することとなる金額（以下この項及び次項において「租税条約の実施に係る還付すべき金額」という。）が生ずるときは、当該更正があつた日が当該更正に係る更正の請求があつた日の翌日から起算して三月を経過した日以後である場合を除き、第十七条、第十七条の二、第十七条の四及び第七十二条の四十一の四の規定にかかわらず、租税条約の実施に係る還付すべき金額は、当該更正の日の属する事業年度開始の日から一年以内に開始する各事業年度（当該更正の日後に当該法人が適格合併により解散をした場合の当該適格合併に係る合併法人の当該合併の日以後に終了する各事業年度を含む。）の付加価値額、資本金等の額、所得又は収入金額について第七十二条の二十五の規定により納付すべき事業税額、第七十二条の二十八の規定により納付すべき事業税額又は第七十二条の二十九の規定により納付すべき事業税額から順次控除するものとする。

②前項に規定する第七十二条の三十九第一項若しくは第三項、第七十二条の四十一第一項若しくは第三項又は第七十二条の四十一の二第一項若しくは第三項の規定による更正に伴い当該更正に係る事業年度後の各事業年度の付加価値額又は所得を減少させる更正があつた場合において、当該更正により第十七条又は第七十二条の四十一の四の規定により還付することとなる金額が生ずるときは、当該金額は、租税条約の実施に係る還付すべき金額とみなして、前項の規定を適用する。

③前二項の規定は、第一項の事業を行う法人が適格合併により解散をした後に、当該法人に係る同項に規定する第七十二条の三十九第一項若しくは第三項、第七十二条の四十一第一項若しくは第三項若しくは第七十二条の四十一の二第一項若しくは第三項の規定による更正又は前項に規定する各事業年度の付加価値額若しくは所得を減少させる更正があつた場合について準用する。この場合において、第一項中「当該更正の日の」とあるのは「当該法人を被合併法人とする適格合併に係る合併法人の当該更正の日の」と、「当該法人が」とあるのは「当該合併法人が当該合併法人を被合併法人とする」と読み替えるものとする。

④第一項（第二項（前項において準用する場合を含む。）においてみなして適用する場合及び前項において準用する場合を含む。以下次項までにおいて同じ。）の規定により控除されるべき金額で第一項の規定により控除しきれなかつた金額があるときは、道府県は、政令で定めるところにより、同項の規定の適用を受ける法人に対しその控除しきれなかつた金額を還付し、又は当該法人の未納に係る地方団体の徴収金に充当するものとする。

⑤前条第一項及び第一項の規定による事業税額からの控除については、まず同条第一項の規定による控除をし、次に第一項の規定による控除をするものとする。