①別段の定めがあるものを除き、新法の規定中個人の市町村民税に関する部分は、平成十一年度以後の年度分の個人の市町村民税について適用し、平成十年度分までの個人の市町村民税については、なお従前の例による。

②旧法附則第四条第二項の規定は、平成十一年一月一日前に行われた改正前の租税特別措置法第四十一条の五第三項第一号に規定する譲渡資産の同条第六項に規定する譲渡に係る新法第三百十三条第二項の規定の適用については、なおその効力を有する。

③新法附則第四条の二の規定は、平成十二年度以後の年度分の個人の市町村民税について適用し、平成十一年度分までの個人の市町村民税については、なお従前の例による。

④新法附則第三十四条第一項、第二項及び第五項（同条第二項中「百分の二」を「百分の四」に読み替える部分に限る。）、第三十四条の二、第三十四条の三並びに第四十条第二項から第四項までの規定は、平成十二年度以後の年度分の個人の市町村民税について適用し、平成十一年度分までの個人の市町村民税については、なお従前の例による。

⑤所得割の納税義務者が施行日前に行った改正前の租税特別措置法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等の譲渡による株式等に係る譲渡所得等（同項に規定する株式等に係る譲渡所得等をいう。次項において同じ。）については、なお従前の例による。

⑥所得割の納税義務者が施行日から平成十四年十二月三十一日までの間に行う改正前の租税特別措置法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等の譲渡による株式等に係る譲渡所得等については、旧法附則第三十五条の二第一項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「同法」とあるのは、「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十五条第二項の規定によりなお効力を有することとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法」とする。

⑦新法の規定中分離課税に係る所得割（新法第三百二十八条の規定によって課する所得割をいう。以下この項及び第九項において同じ。）に関する部分は、平成十一年一月一日以後に支払うべき退職手当等（同条に規定する退職手当等をいう。以下この項から第十項までにおいて同じ。）に係る分離課税に係る所得割について適用し、同日前に支払うべき退職手当等に係る分離課税に係る所得割については、なお従前の例による。

⑧前項の場合において、平成十一年中に支払うべき退職手当等で施行日前に支払われたものに係る新法第三百二十八条の六及び附則第七条第五項の規定の適用については、新法第三百二十八条の六中「第三百二十八条の三」とあるのは「附則第四十条第五項の規定の適用がないものとした場合における第三百二十八条の三」と、新法附則第七条第五項中「第三百二十八条の六第一項又は第二項」とあるのは「地方税法の一部を改正する法律（平成十一年法律第十五号）附則第七条第八項の規定により読み替えて適用される第三百二十八条の六第一項又は第二項」と、「第三百二十八条の三」とあるのは「附則第四十条第五項の規定の適用がないものとした場合における第三百二十八条の三」と、「別表第二」とあるのは「附則第四十条第五項の規定の適用がないものとした場合における別表第二」とする。

⑨平成十一年中に支払うべき退職手当等で施行日前に支払われたものにつき新法第三百二十八条の五第二項の規定により納入された分離課税に係る所得割の額が、当該退職手当等の金額について新法の規定中分離課税に係る所得割に関する部分を適用した場合における分離課税に係る所得割の額（以下この項において「改正後の市町村民税の退職所得割額」という。）を超える場合には、新法第三百二十八条の五第二項の規定による納入申告書に、改正後の市町村民税の退職所得割額が記載されたものとみなして、新法第三百二十一条の七第二項の規定を準用する。この場合において、同項中「前条第一項の規定によつて変更された特別徴収税額に係る個人の市町村民税の納税者について、既に特別徴収義務者から当該市町村に納入された特別徴収税額が当該納税者から徴収すべき特別徴収税額をこえる場合（徴収すべき特別徴収税額がない場合を含む。）においては、当該過納又は誤納」とあるのは「地方税法の一部を改正する法律（平成十一年法律第十五号）附則第七条第九項に規定する場合においては、当該過納」と、「当該納税者」とあるのは「当該過納に係る退職手当等の支払を受けた者」と読み替えるものとする。

⑩前項前段に規定する場合には、平成十一年中に支払うべき退職手当等で施行日以後に支払われるものに係る新法第三百二十八条の六第一項第二号の規定又は同年中に支払うべき退職手当等に係る新法第三百二十八条の十三第一項の規定の適用については、これらの規定中「徴収された又は徴収されるべき分離課税に係る所得割の額」とあるのは、「徴収された又は徴収されるべき分離課税に係る所得割の額（地方税法の一部を改正する法律（平成十一年法律第十五号）の施行の日前に支払われた退職手当等にあつては、同法附則第七条第九項に規定する改正後の市町村民税の退職所得割額）」とする。

⑪新法附則第八条第一項の規定は、施行日以後に開始する事業年度分の法人の市町村民税について適用し、施行日前に開始した事業年度分の法人の市町村民税については、なお従前の例による。

⑫施行日前に旧法附則第八条第一項に規定する基盤技術開発研究用資産を取得し、又は製作し、若しくは建設して、これをその事業の用に供した法人の当該事業の用に供した日を含む事業年度分の法人の市町村民税については、なお従前の例による。