①別段の定めがあるものを除き、新法の規定中不動産取得税に関する部分は、施行日以後の不動産の取得に対して課すべき不動産取得税について適用し、施行日前の不動産の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

②障害者自立支援法（平成十七年法律第百二十三号）附則第四十一条第一項の規定によりなお従前の例により運営をすることができることとされた同項に規定する身体障害者更生援護施設、同法附則第五十八条第一項の規定によりなお従前の例により運営をすることができることとされた同項に規定する知的障害者援護施設及び同法附則第四十八条の規定によりなお従前の例により運営をすることができることとされた同条に規定する精神障害者社会復帰施設の用に供する不動産の取得に対して課すべき不動産取得税については、これらの施設を同法第五条第十三項に規定する障害者支援施設とみなして、地方税法第七十三条の四第一項第四号の四の規定を適用する。

③平成十八年十月一日前の旧法第七十三条の四第一項第四号の四から第四号の六までに規定する不動産の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

④附則第一条第九号に定める日前の旧法第七十三条の四第一項第二十一号及び附則第十一条第六項に規定する不動産の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

⑤附則第一条第十号に定める日前の旧法第七十三条の四第一項第三十二号及び第三十三号に規定する不動産の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

⑥中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律の一部を改正する等の法律第一条による改正前の中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律（平成十年法律第九十二号）第七条第二項において準用する土地区画整理法（昭和二十九年法律第百十九号）第百四条第十一項の規定により保留地を取得した場合における当該保留地の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

⑦所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）第三条による改正前の相続税法（昭和二十五年法律第七十三号）第四十三条第五項の規定による承認に基づき物納の許可があった不動産をその物納の許可を受けた者に移す場合における不動産の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

⑧平成十九年四月一日前の旧法第七十三条の十四第六項に規定する不動産の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

⑨附則第一条第八号に定める日前の旧法附則第十条第三項に規定する不動産の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

⑩新法附則第十一条第十五項に規定する代替家屋の取得が施行日から平成十九年三月三十一日までの間に行われる場合における同項の規定の適用については、同項中「敷地の用に供されていた土地が土地区画整理法第二条第四項に規定する施行地区又は都市再開発法第二条第三号に規定する施行地区のうち被災市街地復興特別措置法第五条第一項に規定する被災市街地復興推進地域の区域内にあるもので総務省令で定めるもの（以下この項において「特定地区」という。）の区域内にある場合において、当該被災家屋の所有者その他の政令で定める者が、当該特定地区の区域内に」とあるのは、「所有者その他の政令で定める者が、」とする。

⑪旧法附則第十一条の二の規定は、住宅以外の家屋の取得が施行日から平成二十年三月三十一日までの間に行われたときに限り、当該家屋の取得に対して課すべき不動産取得税については、なおその効力を有する。この場合において、同条第一項中「平成十五年四月一日から平成十八年三月三十一日まで」とあるのは「平成十八年四月一日から平成二十年三月三十一日まで」と、「百分の三」とあるのは「百分の三・五」とする。

⑫新法附則第十一条の五第一項及び第二項の規定は、平成十八年一月一日以後の不動産の取得に対して課すべき不動産取得税について適用し、同日前の不動産の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

⑬次項に定めるものを除き、新法附則第十一条の五第三項の規定は、平成十八年一月一日以後の新法第七十三条の十四第八項、第十項若しくは第十二項、第七十三条の二十七の二第一項、附則第十一条第三項又は附則第十一条の四第三項の規定に規定する不動産の取得又は土地の取得に対して課すべき不動産取得税について適用し、同日前の当該不動産の取得又は当該土地の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

⑭平成十五年四月一日から平成十七年十二月三十一日までの間において、新法第七十三条の十四第八項に規定する被収用不動産等を収用され若しくは譲渡した場合、同条第十項に規定する従前の不動産について受けた同項各号に掲げる清算金若しくは補償金に応じ当該各号に定める日がある場合、同条第十二項に規定する交換分合によって失った土地に係る交換分合計画の公告があった場合、新法附則第十一条第三項に規定する交換によって土地が失われた場合、新法附則第十一条の四第三項第一号に規定する入会林野整備の対象となった土地に係る入会権が消滅した場合又は同項第二号に規定する旧慣使用林野整備の対象となった土地に係る旧慣使用権が消滅した場合であって、かつ、平成十八年一月一日以後に新法第七十三条の十四第八項、第十項若しくは第十二項、附則第十一条第三項又は附則第十一条の四第三項の規定に規定する不動産の取得又は土地の取得が行われた場合において、これらの規定に規定する固定資産課税台帳に登録された価格（当該価格が登録されていない場合にあっては、道府県知事が新法第三百八十八条第一項の固定資産評価基準（当該不動産が旧法附則第十七条の二第一項又は第二項の規定の適用を受ける土地である場合においては、新法第三百八十八条第一項の固定資産評価基準及び旧法附則第十七条の二第一項の修正基準）によって決定した価格）中に新法附則第十一条の五第一項に規定する宅地評価土地の価格があるときにおける新法第七十三条の十四第八項、第十項若しくは第十二項、附則第十一条第三項又は附則第十一条の四第三項の規定の適用については、これらの規定中「登録された価格」とあるのは「登録された価格のうち附則第十一条の五第一項に規定する宅地評価土地の部分以外の部分の価格に相当する額に当該宅地評価土地の部分の価格の二分の一に相当する額を加算して得た額」と、「決定した価格」とあるのは「決定した価格のうち附則第十一条の五第一項に規定する宅地評価土地の部分以外の部分の価格に相当する額に当該宅地評価土地の部分の価格の二分の一に相当する額を加算して得た額」とする。

⑮前項の規定により読み替えて適用される新法第七十三条の十四第八項、第十項若しくは第十二項、附則第十一条第三項又は附則第十一条の四第三項の規定により道府県知事が不動産の価格を決定する場合において、当該不動産が旧法附則第十七条の二第一項又は第二項の規定の適用を受ける土地であるときにおける前項の規定により読み替えて適用される新法第七十三条の十四第八項、第十項若しくは第十二項、附則第十一条第三項又は附則第十一条の四第三項の規定の適用については、これらの規定中「第三百八十八条第一項の固定資産評価基準」とあるのは、「第三百八十八条第一項の固定資産評価基準及び地方税法等の一部を改正する法律（平成十八年法律第七号）第一条の規定による改正前の地方税法附則第十七条の二第一項の修正基準」とする。