第三十八条（特定一般用医薬品等購入費を支払った場合の医療費控除の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十七（第二項に係る部分に限る。）の規定は、令和四年分以後の所得税について適用し、令和三年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十一条の十七（第四項に係る部分に限る。）の規定は、令和四年一月一日以後に令和三年分以後の所得税に係る確定申告書を提出する場合について適用し、同日前に確定申告書を提出した場合及び同日以後に令和二年分以前の所得税に係る確定申告書を提出する場合については、なお従前の例による。
第三十九条（認定特定非営利活動法人等に寄附をした場合の寄附金控除の特例又は所得税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十八の二第一項及び第二項の規定は、個人が施行日以後に支出する支出金について適用し、個人が施行日前に支出した支出金については、なお従前の例による。
第四十条（非居住者又は外国法人である外国組合員に対する課税の特例に関する経過措置）
施行日前に提出された租税特別措置法第四十一条の二十一第五項に規定する特例適用申告書（以下この条において「特例適用申告書」という。）（当該特例適用申告書又は当該特例適用申告書につき提出された旧租税特別措置法第四十一条の二十一第九項に規定する変更申告書の提出後に同項に規定する変更をした場合において、その変更をした日以後施行日の前日までに同項に規定する変更申告書の提出がされていないときにおける当該特例適用申告書を除く。）は、施行日において提出された特例適用申告書とみなす。
新租税特別措置法第四十一条の二十一第十項において準用する租税特別措置法第四十一条の二十一第六項の規定は、新租税特別措置法第四十一条の二十一第九項第一号に掲げる場合に該当することとなった日が施行日以後である場合について適用し、旧租税特別措置法第四十一条の二十一第九項に規定する変更をした日が施行日前である場合については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十一条の二十一第十一項から第十三項までの規定は、施行日以後に同条第十一項の配分の取扱者に対して行う同項に規定する電磁的方法による特例適用申告書に記載すべき事項及び租税特別措置法第四十一条の二十一第五項に規定する財務省令で定める書類に記載されるべき事項又は新租税特別措置法第四十一条の二十一第九項第一号に定める申告書に記載すべき事項及び同項に規定する添付書類に記載されるべき事項の提供について適用する。
第四十一条（外国金融機関等の店頭デリバティブ取引の証拠金に係る利子の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条第十一項及び第十二項の規定は、施行日以後に同条第十一項の利子の支払をする者又は国内金融機関等若しくは金融商品取引清算機関に対して行う同項に規定する電磁的方法による租税特別措置法第四十二条第五項に規定する非課税適用申告書又は新租税特別措置法第四十二条第八項各号に定める申告書に記載すべき事項の提供について適用する。
第四十二条（外国金融機関等の債券現先取引等に係る利子の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の二第十四項及び第十五項の規定は、施行日以後に同条第十四項の特定利子の支払をする者又は特定金融機関等に対して行う同項に規定する電磁的方法による租税特別措置法第四十二条の二第八項に規定する非課税適用申告書又は新租税特別措置法第四十二条の二第十一項各号に定める申告書に記載すべき事項の提供について適用する。
第四十三条（租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則）
別段の定めがあるものを除き、新租税特別措置法第三章の規定は、法人（租税特別措置法第二条第二項第二号に規定する人格のない社団等を含む。以下附則第五十七条までにおいて同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人（同項第十号の四に規定する連結親法人をいう。以下附則第七十三条までにおいて同じ。）又は当該連結親法人による連結完全支配関係（同項第十号の七に規定する連結完全支配関係をいう。以下附則第七十三条までにおいて同じ。）にある連結子法人（同項第十号の五に規定する連結子法人をいう。以下附則第七十三条までにおいて同じ。）の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この条において同じ。）が施行日以後に開始する連結事業年度（租税特別措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度をいう。以下附則第七十二条までにおいて同じ。）分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第四十四条（高度省エネルギー増進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第四十二条の五第一項に規定する高度省エネルギー増進設備等（以下この条において「高度省エネルギー増進設備等」という。）及び次の各号に掲げる法人が施行日から令和四年三月三十一日までの間に取得又は製作若しくは建設をする高度省エネルギー増進設備等で当該各号に定めるものについては、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第四十二条の五第一項第一号に掲げる法人 同号に定める減価償却資産（租税特別措置法第二条第二項第二十五号に規定する減価償却資産をいう。以下附則第六十六条までにおいて同じ。）のうちエネルギー（旧租税特別措置法第四十二条の五第一項第一号に規定するエネルギーをいう。）の使用の合理化に特に効果の高いものであることが施行日前に確認されたものとして財務省令で定めるもの
施行日前にエネルギーの使用の合理化等に関する法律第四十六条第一項の認定を受けた同項の工場等を設置している者 旧租税特別措置法第四十二条の五第一項第二号に定める減価償却資産（施行日以後に当該認定に係るエネルギーの使用の合理化等に関する法律第四十七条第三項に規定する連携省エネルギー計画につき同条第一項の規定による変更の認定があるときは、その変更により当該連携省エネルギー計画に新たに記載されるものを除く。）
施行日前にエネルギーの使用の合理化等に関する法律第百十七条第一項の認定を受けた同項の荷主 旧租税特別措置法第四十二条の五第一項第三号に定める減価償却資産（施行日以後に当該認定に係るエネルギーの使用の合理化等に関する法律第百十八条第三項に規定する荷主連携省エネルギー計画につき同条第一項の規定による変更の認定があるときは、その変更により当該荷主連携省エネルギー計画に新たに記載されるものを除く。）
第四十五条（中小企業者等が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の六第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする同項に規定する特定機械装置等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第四十二条の六第一項に規定する特定機械装置等については、なお従前の例による。
第四十六条（沖縄の特定地域において工業用機械等を取得した場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の九第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第四十二条の九第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第四十二条の九第一項の規定の適用については、同項中「第四十二条の十二の六第一項」とあるのは、「第四十二条の十二の五の二第一項」とする。
第四十七条（特定中小企業者等が経営改善設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第四十二条の十二の三第一項に規定する経営改善設備については、なお従前の例による。
第四十八条（中小企業者等が特定経営力向上設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第七条の規定（附則第一条第十号イに掲げる改正規定を除く。以下この条において同じ。）による改正後の租税特別措置法第四十二条の十二の四第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同項に規定する特定経営力向上設備等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした第七条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の十二の四第一項に規定する特定経営力向上設備等については、なお従前の例による。
第四十九条（法人税の額から控除される特別控除額の特例に関する経過措置）
施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第四十二条の十三の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
| 第一項第十六号及び第十七号 | 十六 前条第四項から第六項までの規定 それぞれ同条第四項に規定する税額控除限度額のうち同項の規定による控除をしても控除しきれない金額を控除した金額、同条第五項に規定する繰延資産税額控除限度額のうち同項の規定による控除をしても控除しきれない金額を控除した金額又は同条第六項に規定する生産工程効率化等設備等税額控除限度額のうち同項の規定による控除をしても控除しきれない金額を控除した金額 十七 前各号に掲げるもののほか、法人税の額の計算に関する特例を定めている規定として政令で定める規定 当該各号に定める金額に類するものとして政令で定める金額 | 十六 前各号に掲げるもののほか、法人税の額の計算に関する特例を定めている規定として政令で定める規定 当該各号に定める金額に類するものとして政令で定める金額 |
| 第六項 | 、第十五号又は第十六号 | 又は第十五号 |