この法律は、平成二十年四月一日から施行する。

①個人が施行日前に行った前条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧租税特別措置法」という。）第三十三条第一項第三号、第三十三条の二第一項第二号、第三十三条の三第一項又は第三十四条の三第二項第七号に規定する土地等の譲渡については、なお従前の例による。

②施行日以後に新研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧機構法第十一条第一項第七号イ若しくは第八号の事業又は新研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号。以下「旧農用地整備公団法」という。）第十九条第一項第一号イ若しくは第二号の事業が施行された場合における租税特別措置法第三十三条第一項、第三十三条の二第一項、第三十三条の三第一項及び第三十四条の三第二項の規定の適用については、同法第三十三条第一項第三号中「土地改良事業」とあるのは「土地改良事業若しくは独立行政法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号。以下この号、次条第一項第二号、第三十三条の三第一項及び第三十四条の三第二項において「研究所法」という。）附則第九条第一項に規定する業務のうち独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号）による廃止前の独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号。以下この号、次条第一項第二号、第三十三条の三第一項及び第三十四条の三第二項において「旧緑資源機構法」という。）第十一条第一項第七号イの事業若しくは研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号。以下この号、次条第一項第二号、第三十三条の三第一項及び第三十四条の三第二項において「旧農用地整備公団法」という。）第十九条第一項第一号イの事業」と、「第九十六条の四第一項」とあるのは「第九十六条の四第一項並びに研究所法附則第九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧緑資源機構法第十六条第二項及び研究所法附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項」と、「清算金（同法」とあるのは「清算金（土地改良法」と、同法第三十三条の二第一項第二号中「土地改良事業又は」とあるのは「土地改良事業、」と、「第十三条の二第一項の事業」とあるのは「第十三条の二第一項の事業又は研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧緑資源機構法第十一条第一項第八号の事業若しくは研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第二号の事業」と、同法第三十三条の三第一項中「土地改良事業」とあるのは「土地改良事業、研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧緑資源機構法第十一条第一項第七号イの事業若しくは研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業」と、同法第三十四条の三第二項中「次に掲げる場合」とあるのは「次に掲げる場合及び土地等（旧緑資源機構法第十一条第一項第七号イ又は旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イに規定する農用地及び当該農用地の上に存する権利に限る。）につき研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧緑資源機構法第十一条第一項第七号イの事業又は研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業が施行された場合において、当該土地等に係る換地処分により研究所法附則第九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧緑資源機構法第十六条第二項又は研究所法附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項において準用する土地改良法第五十四条の二第四項に規定する清算金（当該土地等について、研究所法附則第九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧緑資源機構法第十五条第六項若しくは研究所法附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十一条第六項において準用する土地改良法第八条第五項第二号に規定する施設の用若しくは同項第三号に規定する農用地以外の用途に供する土地又は研究所法附則第九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧緑資源機構法第十六条第二項若しくは研究所法附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項において準用する土地改良法第五十三条の三の二第一項第一号に規定する農用地に供することを予定する土地に充てるため研究所法附則第九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧緑資源機構法第十六条第二項又は研究所法附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項において準用する土地改良法第五十三条の二の二第一項の規定により、地積を特に減じて換地若しくは当該権利の目的となるべき土地若しくはその部分を定めたこと又は換地若しくは当該権利の目的となるべき土地若しくはその部分が定められなかつたことにより支払われるものに限る。）を取得する場合」とする。

③法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。）が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十四条第一項第三号又は第六十五条第一項第二号若しくは第三号に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

④連結親法人（法人税法第二条第十二号の七の二に規定する連結親法人をいう。）又は当該連結親法人による連結完全支配関係（同条第十二号の七の五に規定する連結完全支配関係をいう。）にある連結子法人（同条第十二号の七の三に規定する連結子法人をいう。）が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十第一項に規定する資産の譲渡（旧租税特別措置法第六十四条第一項第三号に規定する土地等の譲渡に限る。）又は旧租税特別措置法第六十八条の七十二第一項に規定する資産の譲渡（旧租税特別措置法第六十五条第一項第二号又は第三号に規定する土地等の譲渡に限る。）に係る法人税については、なお従前の例による。

⑤施行日以後に新研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧機構法第十一条第一項第七号イ若しくは第八号の事業又は新研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イ若しくは第二号の事業が施行された場合における租税特別措置法第六十四条第一項、第六十五条第一項、第六十八条の七十第一項及び第六十八条の七十二第一項の規定の適用については、同法第六十四条第一項第三号中「土地改良事業」とあるのは「土地改良事業若しくは独立行政法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号。以下この号並びに第六十五条第一項第二号及び第三号において「研究所法」という。）附則第九条第一項に規定する業務のうち独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号）による廃止前の独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号。以下この号並びに第六十五条第一項第二号及び第三号において「旧緑資源機構法」という。）第十一条第一項第七号イの事業若しくは研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号。以下この号並びに第六十五条第一項第二号及び第三号において「旧農用地整備公団法」という。）第十九条第一項第一号イの事業」と、「第九十六条の四第一項」とあるのは「第九十六条の四第一項並びに研究所法附則第九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧緑資源機構法第十六条第二項及び研究所法附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項」と、「清算金（同法」とあるのは「清算金（土地改良法」と、同法第六十五条第一項第二号中「土地改良事業又は」とあるのは「土地改良事業、」と、「第十三条の二第一項の事業」とあるのは「第十三条の二第一項の事業又は研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧緑資源機構法第十一条第一項第八号の事業若しくは研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第二号の事業」と、同項第三号中「土地改良事業」とあるのは「土地改良事業、研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧緑資源機構法第十一条第一項第七号イの事業若しくは研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業」とする。