附 則
第一条（施行期日）
この法律は、平成十一年十月一日から施行する。
第二十三条（租税特別措置法の一部改正に伴う経過措置）
個人又は法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。）が施行日前に行った前条の規定による改正前の租税特別措置法第三十三条第一項、第三十三条の二第一項、第三十三条の三第一項、第三十四条の三第二項、第六十四条第一項又は第六十五条第一項の規定に該当するこれらの規定に規定する土地等の譲渡については、なお従前の例による。
施行日以後に新法附則第十三条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イ又は同項第二号の事業が施行された場合における新租税特別措置法第三十三条第一項、第三十三条の二第一項、第三十三条の三第一項、第三十四条の三第二項、第六十四条第一項及び第六十五条第一項の規定の適用については、新租税特別措置法第三十三条第一項第三号中「土地改良事業」とあるのは「土地改良事業若しくは緑資源公団法（昭和三十一年法律第八十五号）附則第十三条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号）第十九条第一項第一号イの事業」と、「第九十六条の四」とあるのは「第九十六条の四並びに緑資源公団法附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項」と、「同法第五十三条の二の二第一項」とあるのは「土地改良法第五十三条の二の二第一項」と、新租税特別措置法第三十三条の二第一項第二号中「又は農業振興地域の整備に関する法律（昭和四十四年法律第五十八号）第十三条の二第一項の事業」とあるのは「、農業振興地域の整備に関する法律（昭和四十四年法律第五十八号）第十三条の二第一項の事業又は緑資源公団法附則第十三条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第二号の事業」と、新租税特別措置法第三十三条の三第一項中「土地改良事業」とあるのは「土地改良事業、緑資源公団法附則第十三条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業」と、新租税特別措置法第三十四条の三第二項中「次に掲げる場合」とあるのは「次に掲げる場合及び土地等（旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イに規定する農用地及び当該農用地の上に存する権利に限る。）につき緑資源公団法附則第十三条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業が施行された場合において、当該土地等に係る換地処分により緑資源公団法附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項において準用する土地改良法第五十四条の二第四項に規定する清算金（当該土地等について、緑資源公団法附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十一条第六項において準用する土地改良法第八条第五項第二号に規定する施設の用若しくは同項第三号に規定する農用地以外の用途に供する土地又は緑資源公団法附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項において準用する土地改良法第五十三条の三の二第一項第一号に規定する農用地に供することを予定する土地に充てるため緑資源公団法附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項において準用する土地改良法第五十三条の二の二第一項の規定により、地積を特に減じて換地若しくは当該権利の目的となる土地若しくはその部分を定めたこと又は換地若しくは当該権利の目的となるべき土地若しくはその部分が定められなかつたことにより支払われるものに限る。）を取得する場合」と、新租税特別措置法第六十四条第一項第三号中「土地改良事業」とあるのは「土地改良事業若しくは緑資源公団法附則第十三条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業」と、「第九十六条の四」とあるのは「第九十六条の四並びに緑資源公団法附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項」と、「同法第五十三条の二の二第一項」とあるのは「土地改良法第五十三条の二の二第一項」と、新租税特別措置法第六十五条第一項第二号中「又は農業振興地域の整備に関する法律第十三条の二第一項の事業」とあるのは「、農業振興地域の整備に関する法律第十三条の二第一項の事業又は緑資源公団法附則第十三条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第二号の事業」と、同項第四号中「土地改良事業」とあるのは「土地改良事業、緑資源公団法附則第十三条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業」とする。
租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）の施行の日以後における前項の規定の適用については、同項中次の表の上欄に掲げる字句は同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
| 場合における新租税特別措置法 | 場合における租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新租税特別措置法」という。） |
| 土地改良事業」とあるのは「土地改良事業若しくは緑資源公団法（昭和三十一年法律第八十五号） | 第十八条第一項第七号イの事業」とあるのは「第十八条第一項第七号イの事業若しくは同法 |
| 第九十六条の四」とあるのは「第九十六条の四並びに緑資源公団法 | 第二十二条の四第二項」とあるのは「第二十二条の四第二項及び同法 |
| 第二十三条第二項」と、「同法第五十三条の二の二第一項」とあるのは「土地改良法第五十三条の二の二第一項」と | 第二十三条第二項」と |
| 又は農業振興地域の整備に関する法律（昭和四十四年法律第五十八号）第十三条の二第一項の事業」とあるのは「、農業振興地域の整備に関する法律（昭和四十四年法律第五十八号）第十三条の二第一項の事業又は緑資源公団法 | 第十八条第一項第八号の事業」とあるのは「第十八条第一項第八号の事業若しくは同法 |
| 土地改良事業」とあるのは「土地改良事業、緑資源公団法 | 第十八条第一項第七号イの事業」とあるのは「第十八条第一項第七号イの事業、同法 |
| 土地改良事業」とあるのは「土地改良事業若しくは緑資源公団法附則 | 第十八条第一項第七号イの事業」とあるのは「第十八条第一項第七号イの事業若しくは同法附則 |
| 又は農業振興地域の整備に関する法律第十三条の二第一項の事業」とあるのは「、農業振興地域の整備に関する法律第十三条の二第一項の事業又は緑資源公団法 | 第十八条第一項第八号の事業」とあるのは「第十八条第一項第八号の事業若しくは同法 |
前三項の規定の適用がある場合における所得税等負担軽減措置法第六条の規定の適用については、所得税等負担軽減措置法第二条第三号中「規定並びに」とあるのは「規定、」と、「第二条の規定」とあるのは「第二条の規定並びに森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第二十三条第一項から第三項までの規定」とする。