附 則
第一条（施行期日）
この法律は、平成十一年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
第一条中租税特別措置法の目次の改正規定（「／ 第四節 印紙税法の特例（第九十一条―第九十二条）／附則／」を「／ 第四節 印紙税法の特例（第九十一条―第九十二条）／第七章 利子税等の割合の特例（第九十三条―第九十六条）／附則／」に改める部分に限る。）、同法第一条の改正規定、同法第六十六条の三の改正規定及び同法の本則に一章を加える改正規定並びに附則第四十一条の規定 平成十二年一月一日
第一条中租税特別措置法第八条第一項第一号の改正規定（「により登録した公社債」の下に「（国債にあつては、第五条の二第四項第四号に規定する一括登録がされているものに限る。）」を加える部分に限る。）及び附則第四条の規定 平成十三年一月一日
第一条中租税特別措置法第十条の四第一項の改正規定（「（当該特定事業基盤強化設備が第六号に定める資産である場合には、百分の二十）」を削る部分及び同項第六号の改正規定に限る。）、同条第三項の改正規定（「（当該特定事業基盤強化設備が第一項第六号に定める資産である場合には、百分の五）」を削る部分に限る。）、同条第四項の改正規定、同法第四十二条の七第一項の改正規定（「（当該特定事業基盤強化設備が第六号に定める資産である場合には、百分の二十）」を削る部分及び同項第六号の改正規定に限る。）、同条第二項の改正規定（「（当該特定事業基盤強化設備が前項第六号に定める資産である場合には、百分の五）」を削る部分に限る。）及び同条第三項の改正規定並びに附則第八条第一項及び第二十四条第二項の規定 持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律（平成十一年法律第百十号）の施行の日
第一条中租税特別措置法第十条の四第一項第七号の改正規定、同法第十三条の二の見出しの改正規定、同条第一項の改正規定（同項に一号を加える部分に限る。）、同法第十八条第一項の改正規定（「平成十一年三月三十一日」を「平成十三年三月三十一日」に改める部分を除く。）、同法第四十二条の七第一項第七号の改正規定、同法第四十六条の見出しの改正規定、同条第一項の改正規定（同項に一号を加える部分に限る。）、同法第五十二条第一項の改正規定（「平成十一年三月三十一日」を「平成十三年三月三十一日」に改める部分を除く。）、同法第六十六条の十第一項の改正規定（「平成十一年三月三十一日」を「平成十三年三月三十一日」に改める部分を除く。）及び同法第六十六条の十四に各号を加える改正規定（第二号に係る部分に限る。）並びに附則第八条第二項、第十条第十項及び第十六項、第十四条第七項、第二十四条第三項、第二十六条第十三項及び第十九項、第二十九条第五項並びに第三十条の規定 中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）の施行の日
第一条中租税特別措置法第三十七条の十六第一項に一号を加える改正規定及び附則第十七条第二項の規定 都市基盤整備公団法（平成十一年法律第七十六号）附則第一条ただし書に規定する日
第一条中租税特別措置法第八十五条第一項の改正規定、同法第八十八条の改正規定及び同法第八十八条の三及び第八十八条の四の改正規定並びに附則第三十八条第一項及び第四項、第五十一条並びに第五十三条の規定 平成十一年五月一日
第一条中租税特別措置法第九十条の八第一項の改正規定（「一万五千六百円」を「一万三千円」に改める部分に限る。）及び附則第三十九条の規定 平成十一年七月一日
第二条（租税特別措置法の一部改正に伴う所得税の特例に関する経過措置の原則）
第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新租税特別措置法」という。）第二章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、平成十一年分以後の所得税について適用し、平成十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
第三条（一括登録国債の利子の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第五条の二の規定は、非居住者又は外国法人が支払を受ける同条第一項に規定する一括登録国債の利子でその計算期間の初日が平成十一年九月一日以後であるものについて適用する。
第四条（金融機関等の受ける利子所得に対する源泉徴収の不適用に関する経過措置）
新租税特別措置法第八条第一項第一号の規定は、同項に規定する金融機関又は同条第二項に規定する証券業者等が支払を受ける同号に掲げる利子でその計算期間の初日が平成十三年一月一日以後であるものについて適用し、その計算期間の初日が平成十三年一月一日前であるものについては、なお従前の例による。
第五条（上場会社等の利益をもってする株式の消却の場合のみなし配当の課税の特例等に関する経過措置）
この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前に利益をもってする株式の消却に係る第一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧租税特別措置法」という。）第九条の五第一項に規定する公開買付けに応じて行う同項に規定する上場会社等の株式の譲渡をした個人の同条第三項に規定する場合における当該株式の譲渡による所得については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第九条の五第一項に規定する個人が、施行日から平成十四年十二月三十一日までの間に、利益をもってする株式の消却に係る同項に規定する公開買付けに応じて行う同項に規定する上場会社等の株式の譲渡をした場合における当該株式の譲渡による所得については、同条第三項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「第一項の規定の」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第七号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法第九条の四第一項の規定の」と、「第三十七条の十一」とあるのは「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第三十七条の十一」とする。
個人が、施行日前に旧租税特別措置法第九条の七第三項に規定する決議による株式の買受けに係る同項に規定する公開買付けに応じて行う株式の譲渡をした場合における当該株式の譲渡による所得については、なお従前の例による。
個人が、施行日から商法等の一部を改正する等の法律（平成十三年法律第七十九号）附則第二十四条第一項に規定する株式会社の同項に規定する次期決算期に関する定時総会の終結の時までの間に、当該株式会社の同法による廃止前の株式の消却の手続に関する商法の特例に関する法律（平成九年法律第五十五号）第三条の二第四項の決議による株式の買受けに係る旧租税特別措置法第九条の七第三項に規定する公開買付けに応じて行う株式の譲渡をした場合における当該株式の譲渡による所得については、同項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「第三十七条の十一」とあるのは、「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第三十七条の十一」とする。
第六条（試験研究費の額が増加した場合等の所得税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第十条の規定は、個人の平成十二年以後の各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される同条第三項第一号に規定する試験研究費の額及び同項第四号に規定する特別試験研究費の額について適用し、平成十一年以前の各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される旧租税特別措置法第十条第七項第一号に規定する試験研究費の額、平成十一年三月三十一日以前に個人の事業の用に供した同項第二号に規定する基盤技術開発研究用資産、同年以前の各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される同項第三号に規定する特別試験研究費の額については、なお従前の例による。
前項の基盤技術開発研究用資産につき旧租税特別措置法第十条第二項から第四項までの規定の適用がある場合における当該基盤技術開発研究用資産の取得に係る新租税特別措置法第二十八条の三第十一項、第三十三条の六第二項、第三十七条の三第三項（新租税特別措置法第三十七条の五第二項において準用する場合を含む。）及び第三十七条の九の二第五項の規定の適用については、新租税特別措置法第二十八条の三第十一項中「までの規定」とあるのは「まで並びに租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「平成十一年旧法」という。）第十条第二項から第四項までの規定」と、新租税特別措置法第三十三条の六第二項、第三十七条の三第三項及び第三十七条の九の二第五項中「までの規定」とあるのは「まで並びに平成十一年旧法第十条第二項から第四項までの規定」とする。
第七条（エネルギー需給構造改革推進設備を取得した場合の特別償却又は所得税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第十条の二の規定は、個人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備について適用し、個人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第十条の二第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備については、なお従前の例による。