第五十条（法人の減価償却に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十三条の三第二項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同条第一項に規定する被災代替資産等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十三条の三第一項に規定する被災代替資産等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十四条の二第一項及び第二項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同条第一項に規定する特定事業継続力強化設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条の二第一項に規定する特定事業継続力強化設備等については、なお従前の例による。
施行日から附則第一条第十一号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第四十四条の二第一項の規定の適用については、同項中「第五十六条第一項」とあるのは、「第五十条第一項」とする。
新租税特別措置法第四十五条第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項の表の第一号から第三号までの第三欄に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十五条第一項の表の第二号から第四号までの第三欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第四十五条第一項の規定の適用については、同項中「第四十二条の十二の六第一項」とあるのは、「第四十二条の十二の五の二第一項」とする。
法人が施行日前に旧租税特別措置法第四十五条第二項に規定する取得等をした同項に規定する産業振興機械等については、同条（同項の表の第四号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第三項中「連結事業年度」とあるのは「連結事業年度（所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度をいう。）」と、「第六十八条の二十七第二項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和三年法律第十一号）附則第六十六条第七項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第七条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の二十七第二項」とする。
施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第五十二条の二の規定の適用については、同条第一項中「減価償却資産又は繰延資産で、」とあるのは、「減価償却資産で」とする。
施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第五十三条の規定の適用については、同条第二項中「又は繰延資産の額のうち」とあるのは「のうち」と、「又は繰延資産について」とあるのは「について」とする。
第五十一条（法人の農業経営基盤強化準備金に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十一条の二第一項の規定は、法人の令和四年四月一日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第五十二条（法人の資産の譲渡の場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十五条の四第一項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
法人が施行日前に旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第三号又は第五号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における施行日前に取得（建設及び製作を含む。以下この項において同じ。）をしたこれらの号の下欄に掲げる資産又は施行日以後に取得をする同欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る旧租税特別措置法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定については、なお従前の例による。
第五十三条（株式等を対価とする株式の譲渡に係る所得の計算の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の二の二の規定は、施行日以後に行われる同条第一項に規定する株式交付について適用する。
第五十四条（特別事業再編を行う法人の株式を対価とする株式等の譲渡に係る所得の計算の特例に関する経過措置）
施行日前に受けた旧租税特別措置法第六十六条の二の二第一項に規定する認定に係る同項に規定する特別事業再編計画に係る同項に規定する特別事業再編による同項に規定する株式等の譲渡については、なお従前の例による。
第五十五条（対象純支払利子等に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の五の二の規定は、法人の令和三年三月三十一日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第五十六条（内国法人の外国関係会社に係る所得等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の八の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度において外国法人から受ける租税特別措置法第六十六条の八第一項に規定する剰余金の配当等の額がある場合について適用し、内国法人の施行日前に開始した事業年度において外国法人から受けた同項に規定する剰余金の配当等の額がある場合については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の九の四の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度において外国法人から受ける租税特別措置法第六十六条の九の四第一項に規定する剰余金の配当等の額がある場合について適用し、内国法人の施行日前に開始した事業年度において外国法人から受けた同項に規定する剰余金の配当等の額がある場合については、なお従前の例による。
第五十七条（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入等の特例に関する経過措置）
第七条の規定（附則第一条第十五号イに掲げる改正規定を除く。以下この条において同じ。）による改正後の租税特別措置法第六十六条の十一の二第二項の規定により読み替えて適用する新法人税法第三十七条第四項の規定は、法人が施行日以後に支出する同項に規定する寄附金の額について適用し、法人が施行日前に支出した第七条の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条の十一の二第二項の規定により読み替えて適用する旧法人税法第三十七条第四項に規定する寄附金の額については、なお従前の例による。
第五十八条（特別新事業開拓事業者に対し特定事業活動として出資をした場合の課税の特例に関する経過措置）
附則第一条第十一号に定める日から同条第十号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第六十六条の十三第一項の規定の適用については、同項中「同条第二十五項」とあるのは、「同条第二十一項」とする。
第五十九条（外国法人である外国組合員に対する課税の特例に関する経過措置）
施行日前に提出された旧租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する租税特別措置法第四十一条の二十一第五項に規定する特例適用申告書（当該特例適用申告書又は当該特例適用申告書につき提出された旧租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する旧租税特別措置法第四十一条の二十一第九項に規定する変更申告書の提出後に同項に規定する変更をした場合において、その変更をした日以後施行日の前日までに同項に規定する変更申告書の提出がされていないときにおける当該特例適用申告書を除く。）は、施行日において提出された新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する租税特別措置法第四十一条の二十一第五項に規定する特例適用申告書（第三項において「特例適用申告書」という。）とみなす。
新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する新租税特別措置法第四十一条の二十一第十項の規定により読み替えられた租税特別措置法第四十一条の二十一第六項の規定は、新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する新租税特別措置法第四十一条の二十一第九項第一号に掲げる場合に該当することとなった日が施行日以後である場合について適用し、旧租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する旧租税特別措置法第四十一条の二十一第九項に規定する変更をした日が施行日前である場合については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する新租税特別措置法第四十一条の二十一第十一項から第十三項までの規定は、施行日以後に新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する新租税特別措置法第四十一条の二十一第十一項の配分の取扱者に対して行う同項に規定する電磁的方法による特例適用申告書に記載すべき事項及び新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する租税特別措置法第四十一条の二十一第五項に規定する財務省令で定める書類に記載されるべき事項又は新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する新租税特別措置法第四十一条の二十一第九項第一号に定める申告書に記載すべき事項及び同項に規定する添付書類に記載されるべき事項の提供について適用する。
第六十条（連結法人が高度省エネルギー増進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）