この法律は、平成二十四年四月一日から施行する。

①施行日前に前条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧租税特別措置法」という。）第六十六条の十一の二第三項の認定を受けた法人のその認定の有効期間については、なお従前の例による。

②法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請につき、国税庁長官が施行日以後に行う同項の認定については、なお従前の例による。

③施行日前に旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項の認定を受けた法人（施行日以後に前項の規定に基づきなお従前の例により同条第三項の認定を受けた法人を含み、新特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人を除く。）の国税庁長官が施行日以後に行う旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第五項の認定の取消しについては、なお従前の例による。

④施行日前に旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項の認定を受けた法人（施行日以後に第二項の規定に基づきなお従前の例により同条第三項の認定を受けた法人を含み、施行日以後に前項の規定に基づきなお従前の例により認定を取り消された法人、その認定の有効期間が終了した法人及び新特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人を除く。以下「旧認定特定非営利活動法人」という。）については、新特定非営利活動促進法第五十条第一項の規定は、適用しない。

⑤前条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新租税特別措置法」という。）第四十一条の十八の二の規定は、平成二十四年分以後の所得税について適用し、平成二十三年分以前の所得税については、なお従前の例による。

⑥個人が平成二十四年以後の各年において支出する寄附金の額のうちに旧認定特定非営利活動法人に対する寄附金の額がある場合においては、当該旧認定特定非営利活動法人を新特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人とみなして、新租税特別措置法第四十一条の十八の二の規定その他の所得税に関する法令の規定を適用する。

⑦新租税特別措置法第六十六条の十一の二第一項の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税（次項に規定する事業年度分の法人税を除く。）について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

⑧旧認定特定非営利活動法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税については、旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第一項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「第四十六条第一項」とあるのは「第七十条第一項」と、「同項中「第三十七条の規定を適用する場合」とあるのは、「第三十七条の規定を適用する場合（租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十六条の十一の二第三項に規定する認定特定非営利活動法人について法人税法第三十七条の規定を適用する場合を除く。）」」とあるのは「同条第四項中「公益法人等が」とあるのは「公益法人等又は認定特定非営利活動法人（特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第十条第八項（租税特別措置法の一部改正に伴う経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法附則第九条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条の十一の二第一項（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入等の特例）に規定する認定特定非営利活動法人をいう。次項において同じ。）が」と、同条第五項中「公益法人等が」とあるのは「公益法人等又は認定特定非営利活動法人が」」とする。

⑨新租税特別措置法第六十六条の十一の二第二項の規定は、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下この項及び次項において同じ。）の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

⑩法人が施行日以後に終了する事業年度において支出する寄附金の額のうちに旧認定特定非営利活動法人に対する寄附金の額がある場合においては、当該旧認定特定非営利活動法人を新特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人とみなして、新租税特別措置法第六十六条の十一の二第二項の規定を適用する。この場合において、同項中「をいう。）」とあるのは「をいい、特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第十条第四項（租税特別措置法の一部改正に伴う経過措置）に規定する旧認定特定非営利活動法人を含む。）」と、「同条第二項」とあるのは「租税特別措置法第六十六条の十一の二第二項」とする。

⑪新租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項の規定は、施行日以後に同項に規定する認定を取り消された法人について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第九項に規定する認定を取り消された法人については、なお従前の例による。

⑫施行日以後に第三項の規定に基づきなお従前の例により認定を取り消された法人については、旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第九項から第十一項までの規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第九項中「第三項」とあるのは、「特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第九条の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項」とする。

⑬新租税特別措置法第六十八条の九十六第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

⑭連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に終了する連結事業年度において支出する寄附金の額のうちに旧認定特定非営利活動法人に対する寄附金の額がある場合においては、当該旧認定特定非営利活動法人を新特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人とみなして、新租税特別措置法第六十八条の九十六第一項の規定を適用する。この場合において、同項中「をいう。）」とあるのは「をいい、特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第十条第四項（租税特別措置法の一部改正に伴う経過措置）に規定する旧認定特定非営利活動法人を含む。）」と、「同法」とあるのは「租税特別措置法」とする。

⑮新租税特別措置法第七十条第十項の規定は、施行日以後に相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）により取得する財産に係る相続税について適用し、施行日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。

⑯施行日以後に相続又は遺贈により財産を取得した者が、当該取得した財産を新租税特別措置法第七十条第一項に規定する申告書の提出期限までに旧認定特定非営利活動法人に対し、当該旧認定特定非営利活動法人の行う新特定非営利活動促進法第二条第一項に規定する特定非営利活動に係る事業に関連する贈与（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。）をする場合においては、当該旧認定特定非営利活動法人を同条第三項に規定する認定特定非営利活動法人とみなして、新租税特別措置法第七十条第十項の規定を適用する。

この附則に定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。