①別段の定めがあるものを除き、新法の規定中不動産取得税に関する部分は、施行日以後の不動産の取得に対して課すべき不動産取得税について適用し、施行日前の不動産の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

②旧法附則第十一条の四第十一項から第十四項までの規定は、同条第十一項に規定する住宅の取得又は同条第十二項に規定する土地の取得が施行日から平成十二年六月三十日までの間に行われたときに限り、これらの取得に対して課すべき不動産取得税については、なおその効力を有する。この場合において、同条第十四項中「附則第十一条の四第十一項」とあるのは「地方税法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第四号）附則第五条第二項の規定によりなお効力を有することとされる同法第一条の規定による改正前の地方税法附則第十一条の四第十一項」と、「同条第十一項」とあるのは「地方税法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第四号）附則第五条第二項の規定によりなお効力を有することとされる同法第一条の規定による改正前の地方税法附則第十一条の四第十一項」と、「附則第十一条の四第十二項」とあるのは「地方税法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第四号）附則第五条第二項の規定によりなお効力を有することとされる同法第一条の規定による改正前の地方税法附則第十一条の四第十二項」とする。

③前項の規定の適用がある場合における新法附則第十一条の三第二項及び第十一条の五第二項の規定の適用については、新法附則第十一条の三第二項中「又は第七十三条の二十七の二第一項」とあるのは「、第七十三条の二十七の二第一項又は地方税法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第四号）附則第五条第二項の規定によりなお効力を有するものとして読み替えて適用される同法第一条の規定による改正前の地方税法附則第十一条の四第十二項」とし、新法附則第十一条の五第二項中「又は第二項」とあるのは「若しくは第二項又は地方税法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第四号）附則第五条第二項の規定によりなお効力を有するものとして読み替えて適用される同法第一条の規定による改正前の地方税法附則第十一条の四第十二項」とする。

④新法附則第十一条の五第一項及び第二項の規定は、平成十二年一月一日以後の不動産の取得に対して課すべき不動産取得税について適用し、同日前の不動産の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

⑤次項に定めるものを除き、新法附則第十一条の五第三項の規定は、平成十二年一月一日以後の新法第七十三条の十四第八項、第十項若しくは第十三項、第七十三条の二十七の二第一項、附則第十一条第二項若しくは第十二項又は第十一条の四第三項若しくは第五項の規定に規定する不動産の取得又は土地の取得に対して課すべき不動産取得税について適用し、同日前の当該不動産の取得又は当該土地の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。

⑦前項の規定により読み替えて適用される平成十四年改正後の地方税法第七十三条の十四第八項、第十項若しくは第十三項、附則第十一条第三項又は第十一条の四第三項若しくは第五項の規定により道府県知事が不動産の価格を決定する場合において、当該不動産が旧法附則第十七条の二第一項又は第二項の規定の適用を受ける土地であるときにおける前項の規定により読み替えて適用される平成十四年改正後の地方税法第七十三条の十四第八項、第十項若しくは第十三項、附則第十一条第三項又は第十一条の四第三項若しくは第五項の規定の適用については、これらの規定中「第三百八十八条第一項の固定資産評価基準」とあるのは、「第三百八十八条第一項の固定資産評価基準及び地方税法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第四号）第一条の規定による改正前の地方税法附則第十七条の二第一項の修正基準」と読み替えるものとする。

⑧新法附則第十二条第一項から第三項までの規定は、施行日以後に租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第七十条の四第一項の規定の適用を受ける農地又は採草放牧地につき同条第七項に規定する賃借権等の設定がされる場合における同項に規定する貸付特例適用農地等に係る不動産取得税について適用する。

⑨平成十二年四月一日から平成十四年十二月三十一日までの間において、小笠原諸島振興開発特別措置法（昭和四十四年法律第七十九号）第十六条第一項に規定する譲渡した不動産を譲渡した場合において、同項に規定する固定資産課税台帳に登録された価格（当該価格が登録されていない場合にあっては、東京都知事が新法第三百八十八条第一項の固定資産評価基準（当該不動産が新法附則第十七条の二第一項又は第二項の規定の適用を受ける土地である場合においては、新法第三百八十八条第一項の固定資産評価基準及び新法附則第十七条の二第一項の修正基準）によって決定した価格）中に新法附則第十一条の五第一項に規定する宅地評価土地の価格があるときにおける小笠原諸島振興開発特別措置法第十六条第一項の規定の適用については、同項中「登録された価格」とあるのは「登録された価格（当該価格のうち地方税法（昭和二十五年法律第二百二十六号）附則第十一条の五第一項に規定する宅地評価土地の部分以外の部分の価格に相当する額に当該宅地評価土地の部分の価格の二分の一に相当する額を加算して得た額）」と、「地方税法（昭和二十五年法律第二百二十六号）」とあるのは「同法」と、「決定した価格」とあるのは「決定した価格（当該価格のうち同法附則第十一条の五第一項に規定する宅地評価土地の部分以外の部分の価格に相当する額に当該宅地評価土地の部分の価格の二分の一に相当する額を加算して得た額）」と読み替えるものとする。

⑩小笠原諸島振興開発特別措置法第十六条第一項の規定により東京都知事が不動産の価格を決定する場合において、当該不動産が新法附則第十七条の二第一項又は第二項の規定の適用を受ける土地であるときにおける小笠原諸島振興開発特別措置法第十六条第一項の規定の適用については、同項中「第三百八十八条第一項の固定資産評価基準」とあるのは、「第三百八十八条第一項の固定資産評価基準及び同法附則第十七条の二第一項の修正基準」と読み替えるものとする。