第三十八条（租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則）
別段の定めがあるものを除き、新租税特別措置法第三章の規定は、法人（租税特別措置法第二条第二項第二号に規定する人格のない社団等を含む。以下附則第五十三条までにおいて同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第三十九条（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の四第一項の規定は、法人の令和八年四月一日以後に開始する事業年度（同条第八項第三号の通算法人の租税特別措置法第四十二条の四第八項第二号（同条第十八項において準用する場合を含む。）に規定する適用対象事業年度（以下この条及び附則第四十六条第二項において「適用対象事業年度」という。）を除く。）分の法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度（旧租税特別措置法第四十二条の四第八項第三号の通算法人の適用対象事業年度を除く。）分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十二条の四第八項第三号の規定は、同号の通算法人に係る租税特別措置法第二条第二項第十号の四に規定する通算親法人（以下この条及び附則第四十六条第二項において「通算親法人」という。）の令和八年四月一日以後に開始する事業年度終了の日に終了する当該通算法人の適用対象事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第四十二条の四第八項第三号の通算法人に係る通算親法人の同月一日前に開始した事業年度終了の日に終了する当該通算法人の適用対象事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十二条の四第十九項第一号の規定は、法人の令和七年四月一日以後に開始する事業年度（租税特別措置法第四十二条の四第八項第三号の通算法人の適用対象事業年度を除く。）分の法人税及び租税特別措置法第四十二条の四第八項第三号の通算法人に係る通算親法人の同日以後に開始する事業年度終了の日に終了する当該通算法人の適用対象事業年度分の法人税について適用し、法人の同月一日前に開始した事業年度（旧租税特別措置法第四十二条の四第八項第三号の通算法人の適用対象事業年度を除く。）分の法人税及び旧租税特別措置法第四十二条の四第八項第三号の通算法人に係る通算親法人の同日前に開始した事業年度終了の日に終了する当該通算法人の適用対象事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第四十条（国際戦略総合特別区域において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十一第一項及び第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第一項に規定する特定機械装置等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第四十二条の十一第一項に規定する特定機械装置等については、なお従前の例による。
第四十一条（地域経済牽引事業の促進区域内において特定事業用機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十一の二第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする租税特別措置法第四十二条の十一の二第一項に規定する特定事業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした同項に規定する特定事業用機械等については、なお従前の例による。
第四十二条（地方活力向上地域等において特定建物等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第十三条の規定（附則第一条第十二号に掲げる改正規定を除く。）による改正後の租税特別措置法第四十二条の十一の三第一項及び第二項の規定は、施行日以後に同条第一項に規定する地方活力向上地域等特定業務施設整備計画について同項又は同条第二項に規定する認定を受ける法人が取得又は建設をする当該認定に係るこれらの規定に規定する認定地方活力向上地域等特定業務施設整備計画に記載された同条第一項に規定する特定建物等について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第四十二条の十一の三第一項に規定する地方活力向上地域等特定業務施設整備計画について同項又は同条第二項に規定する認定を受けた法人が取得又は建設をする当該認定に係るこれらの規定に規定する認定地方活力向上地域等特定業務施設整備計画に記載された同条第一項に規定する特定建物等については、なお従前の例による。
第十三条の規定（附則第一条第十二号に掲げる改正規定に限る。以下この項において同じ。）による改正後の租税特別措置法第四十二条の十一の三第一項及び第二項の規定は、同号に定める日以後に同条第一項に規定する地方活力向上地域等特定業務施設整備計画について同項又は同条第二項に規定する認定を受ける法人が取得又は建設をする当該認定に係るこれらの規定に規定する認定地方活力向上地域等特定業務施設整備計画に記載された同条第一項に規定する特定建物等について適用し、同日前に第十三条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の十一の三第一項に規定する地方活力向上地域等特定業務施設整備計画について同項又は同条第二項に規定する認定を受けた法人が取得又は建設をする当該認定に係るこれらの規定に規定する認定地方活力向上地域等特定業務施設整備計画に記載された同条第一項に規定する特定建物等については、なお従前の例による。
施行日から附則第一条第十二号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第四十二条の十一の三第一項及び第二項の規定の適用については、同条第一項中「一の特定業務施設」とあるのは、「一の同号に規定する特定業務施設」とする。
第四十三条（地方活力向上地域等において雇用者の数が増加した場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十二の規定は、施行日以後に同条第一項に規定する地方活力向上地域等特定業務施設整備計画について同項に規定する計画の認定を受ける法人の当該地方活力向上地域等特定業務施設整備計画について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第四十二条の十二第一項に規定する地方活力向上地域等特定業務施設整備計画について同項に規定する計画の認定を受けた法人の当該地方活力向上地域等特定業務施設整備計画については、なお従前の例による。
第四十四条（給与等の支給額が増加した場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十二の五第四項の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度において生ずる同条第五項第十二号に規定する控除しきれない金額について適用する。
第四十五条（事業適応設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十二の七第三項及び第六項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第三項に規定する生産工程効率化等設備について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第四十二条の十二の七第三項に規定する生産工程効率化等設備等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十二条の十二の七（第七項、第八項、第十項及び第十一項に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第十三号に定める日以後に取得又は製作若しくは建設をする新租税特別措置法第四十二条の十二の七第七項に規定する半導体生産用資産及び同条第十項に規定する特定商品生産用資産について適用する。
第十三条の規定（附則第一条第十三号イに掲げる改正規定を除く。）による改正後の租税特別措置法（次項において「四月新租税特別措置法」という。）第四十二条の十二の七第九項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。
施行日から附則第一条第十三号に定める日の前日までの間における四月新租税特別措置法第四十二条の十二の七第三項、第六項及び第九項の規定の適用については、同条第三項中「第二十一条の二十二第一項」とあるのは「第二十一条の十五第一項」と、「第二十一条の二十三第一項」とあるのは「第二十一条の十六第一項」と、「第二十一条の二十第二項第二号」とあるのは「第二十一条の十三第二項第三号」と、同条第六項中「第二十一条の二十二第一項」とあるのは「第二十一条の十五第一項」と、同条第九項第三号中「第二十一条の二十二第一項」とあるのは「第二十一条の十五第一項」と、「第二十一条の二十三第一項」とあるのは「第二十一条の十六第一項」とする。
第四十六条（法人税の額から控除される特別控除額の特例に関する経過措置）
施行日から附則第一条第十三号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第四十二条の十三第二項及び第三項の規定の適用については、同条第二項中「、第四十二条の十二の五第四項又は前条第八項若しくは第十一項」とあるのは「又は第四十二条の十二の五第四項」と、同条第三項中「、第四十二条の十二の五第五項第十二号又は前条第九項若しくは第十二項」とあるのは「又は第四十二条の十二の五第五項第十二号」とする。
新租税特別措置法第四十二条の十三第七項の規定は、租税特別措置法第四十二条の四第八項第三号の通算法人に係る通算親法人の施行日以後に開始する事業年度終了の日に終了する当該通算法人の適用対象事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第四十二条の四第八項第三号の通算法人に係る通算親法人の施行日前に開始した事業年度終了の日に終了する当該通算法人の適用対象事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第四十七条（通算法人の仮装経理に基づく過大申告の場合等の法人税額に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十四第四項（新租税特別措置法第四十二条の十二の五第三項に係る部分に限る。）の規定は、新租税特別措置法第四十二条の十二の五第三項の規定により施行日以後に開始する各事業年度の所得に対する法人税の額から控除された金額について適用する。
施行日から附則第一条第十三号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第四十二条の十四第四項の規定の適用については、同項中「、第四十二条の十二の五第三項若しくは第四項又は第四十二条の十二の七第七項、第八項、第十項若しくは第十一項」とあるのは、「又は第四十二条の十二の五第三項若しくは第四項」とする。
第四十八条（法人の減価償却に関する経過措置）
法人が施行日前に租税特別措置法第四十五条第二項に規定する取得等をした旧租税特別措置法第四十五条第三項に規定する産業振興機械等（同項の表の第四号の下欄に掲げる設備を構成するものに限る。）については、なお従前の例による。
法人が取得又は製作若しくは建設（以下この項及び次項において「取得等」という。）をした旧租税特別措置法第四十六条第一項に規定する事業再編促進機械等で施行日前に受けた農業競争力強化支援法第十八条第一項の認定に係る同法第十九条第二項に規定する認定事業再編計画に記載されたもの（法人が施行日以後に取得等をする旧租税特別措置法第四十六条第一項に規定する事業再編促進機械等にあっては、施行日の前日において記載されているものに限る。）については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十六条第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する輸出事業用資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十六条の二第一項に規定する輸出事業用資産については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十八条第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は建設をする同項に規定する倉庫用建物等について適用し、法人が施行日前に取得又は建設をした旧租税特別措置法第四十八条第一項に規定する倉庫用建物等については、なお従前の例による。
施行日から附則第一条第十五号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第四十八条第一項の規定の適用については、同項中「物資の流通の効率化に関する法律第四条第二号」とあるのは、「流通業務の総合化及び効率化の促進に関する法律第二条第二号」とする。