第三十一条（特定の取締役等が受ける新株予約権の行使による株式の取得に係る経済的利益の非課税等に関する経過措置）
新租税特別措置法第二十九条の二第一項の規定は、令和六年分以後の所得税について適用し、令和五年分以前の所得税については、なお従前の例による。
施行日前に締結された旧租税特別措置法第二十九条の二第一項に規定する契約（以下この項において「旧契約」という。）で同条第一項各号に掲げる要件が定められているもの（施行日から令和六年十二月三十一日までの間に行われた当該旧契約の変更により、次の各号に掲げる場合に該当することとなった場合には、当該各号に定める旧契約を含む。）は、新租税特別措置法第二十九条の二第一項各号に掲げる要件が定められている同項の契約とみなして、同条の規定を適用する。
旧契約に定められていた旧租税特別措置法第二十九条の二第一項第二号に掲げる要件に代えて新租税特別措置法第二十九条の二第一項第二号に掲げる要件が定められた場合（第三号に掲げる場合を除く。） 当該要件及び旧租税特別措置法第二十九条の二第一項各号に掲げる要件（同項第二号に掲げるものを除く。）が定められている当該旧契約
旧契約に定められていた旧租税特別措置法第二十九条の二第一項第六号に掲げる要件に代えて新租税特別措置法第二十九条の二第一項第六号（ロに係る部分に限る。）に掲げる要件が定められた場合（次号に掲げる場合を除く。） 当該要件及び旧租税特別措置法第二十九条の二第一項各号に掲げる要件（同項第六号に掲げるものを除く。）が定められている当該旧契約
旧契約に定められていた旧租税特別措置法第二十九条の二第一項第二号及び第六号に掲げる要件に代えて新租税特別措置法第二十九条の二第一項第二号及び第六号（ロに係る部分に限る。）に掲げる要件が定められた場合 当該要件及び旧租税特別措置法第二十九条の二第一項各号に掲げる要件（同項第二号及び第六号に掲げるものを除く。）が定められている当該旧契約
新租税特別措置法第二十九条の二第二項及び第三項の規定は、施行日以後に同条第二項第一号から第三号までの株式会社に対して行う同項第一号から第三号までに規定する電磁的方法による同項第一号から第三号までの書面に記載すべき事項の提供について適用する。
新租税特別措置法第二十九条の二第七項の規定は、施行日以後に提出する同項に規定する特定株式等の異動状況に関する調書について適用し、施行日前に提出した旧租税特別措置法第二十九条の二第七項に規定する特定株式等の異動状況に関する調書については、なお従前の例による。
第三十二条（特定土地区画整理事業等のために土地等を譲渡した場合の譲渡所得の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第三十四条第二項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、個人の有する租税特別措置法第三十四条第一項に規定する土地等が附則第一条第十号に定める日以後に買い取られる場合について適用し、個人の有する同項に規定する土地等が同日前に買い取られた場合については、なお従前の例による。
第三十三条（非課税口座内の少額上場株式等に係る譲渡所得等の非課税に関する経過措置）
新租税特別措置法第三十七条の十四第五項（第六号ハに係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に取得をする租税特別措置法第三十七条の十四第一項第一号に規定する上場株式等について適用し、施行日前に取得をした当該上場株式等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第三十七条の十四第十項及び第十一項の規定は、施行日以後に租税特別措置法第三十七条の十四第五項第一号に規定する提出をする同号に規定する非課税口座開設届出書について適用し、施行日前に当該提出をした当該非課税口座開設届出書については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第三十七条の十四第十五項の規定は、施行日以後に租税特別措置法第三十七条の十四第十三項に規定する提出を受ける同項に規定する金融商品取引業者等変更届出書について適用し、施行日前に当該提出を受けた当該金融商品取引業者等変更届出書については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第三十七条の十四第十八項の規定は、施行日以後に租税特別措置法第三十七条の十四第十六項に規定する提出を受ける同項に規定する非課税口座廃止届出書について適用し、施行日前に当該提出を受けた当該非課税口座廃止届出書については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第三十七条の十四第十九項の規定は、施行日以後に同条第五項第七号に規定する特定累積投資勘定又は租税特別措置法第三十七条の十四第五項第八号に規定する特定非課税管理勘定を設けようとする場合について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第三十七条の十四第五項第七号に規定する特定累積投資勘定又は当該特定非課税管理勘定を設けようとする場合については、なお従前の例による。
第三十四条（令和六年分における特別税額控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の三の三第五項及び第六項の規定は、令和六年六月一日以後に提出する確定申告書に係る同年分の所得税について適用する。
令和六年六月一日前に同年分の所得税につき所得税法第百二十五条又は第百二十七条の規定による確定申告書を提出した者及び同日前に同年分の所得税につき同法第二条第一項第四十四号に規定する決定を受けた者は、当該確定申告書に記載された事項又は当該決定に係る事項（これらの事項につき同日前に同項第四十三号に規定する更正があった場合には、その更正後の事項）につき新租税特別措置法第四十一条の三の三の規定の適用により異動を生ずることとなったときは、その異動を生ずることとなった事項について、同日から五年以内に、税務署長に対し、国税通則法第二十三条第一項の更正の請求をすることができる。
令和六年六月一日から同年十二月三十一日までの間における新租税特別措置法第四十一条の三の七の規定の適用については、同条第一項中「第百九十四条第八項」とあるのは「第百九十四条第七項」と、同条第十一項中「第四十五条の三の二第三項又は第三百十七条の三の二第三項」とあるのは「第四十五条の三の二第二項又は第三百十七条の三の二第二項」と、「第四十五条の三の二第五項又は第三百十七条の三の二第五項」とあるのは「第四十五条の三の二第四項又は第三百十七条の三の二第四項」とする。
新租税特別措置法第四十一条の三の七第五項又は第四十一条の三の八第四項に規定する居住者及びこれらの規定に規定する給与等の支払者は、令和六年六月一日前においても、新租税特別措置法第四十一条の三の七第五項から第十項まで（同条第六項から第九項までの規定を新租税特別措置法第四十一条の三の八第六項において準用する場合を含む。）並びに第四十一条の三の八第四項及び第五項の規定の例により、新租税特別措置法第四十一条の三の七第五項又は第四十一条の三の八第四項に規定する申告書の提出その他必要な行為をすることができる。この場合において、これらの規定の例によりされた当該申告書の提出は、同日においてこれらの規定により行われたものとみなす。
新租税特別措置法第四十一条の三の八第一項から第三項までの規定は、令和六年中に支払うべき同条第一項に規定する給与等でその最後に支払をする日が同年六月一日以後であるものについて適用する。
令和六年六月一日から同年十二月三十一日までの間における新租税特別措置法第四十一条の三の八の規定の適用については、同条第七項中「第四十五条の三の二第三項又は第三百十七条の三の二第三項」とあるのは「第四十五条の三の二第二項又は第三百十七条の三の二第二項」と、「第四十五条の三の二第五項又は第三百十七条の三の二第五項」とあるのは「第四十五条の三の二第四項又は第三百十七条の三の二第四項」とする。
第三十五条（既存住宅に係る特定の改修工事をした場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十九の三第九項の規定は、同条第一項に規定する特定個人又は個人が、当該特定個人又は個人の所有する同項に規定する居住用の家屋について同項に規定する対象高齢者等居住改修工事等、同条第二項に規定する対象一般断熱改修工事等、同条第三項に規定する対象多世帯同居改修工事等又は同条第四項に規定する対象住宅耐震改修若しくは対象耐久性向上改修工事等をして、当該居住用の家屋を令和六年一月一日以後に当該特定個人又は個人の居住の用に供する場合について適用し、旧租税特別措置法第四十一条の十九の三第一項に規定する特定個人又は個人が、当該特定個人又は個人の所有する同項に規定する居住用の家屋について同項に規定する対象高齢者等居住改修工事等、同条第二項に規定する対象一般断熱改修工事等、同条第三項に規定する対象多世帯同居改修工事等又は同条第四項に規定する対象住宅耐震改修若しくは対象耐久性向上改修工事等をして、当該居住用の家屋を同日前に当該特定個人又は個人の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。
第三十六条（認定住宅等の新築等をした場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十九の四第三項及び第四項の規定は、個人が、認定住宅等（同条第一項に規定する認定住宅等をいう。以下この条において同じ。）の新築又は認定住宅等で建築後使用されたことのないものの新租税特別措置法第四十一条の十九の四第一項に規定する取得をして、当該認定住宅等を令和六年一月一日以後にその者の居住の用に供する場合について適用し、個人が、認定住宅等の新築又は認定住宅等で建築後使用されたことのないものの旧租税特別措置法第四十一条の十九の四第一項に規定する取得をして、当該認定住宅等を同日前にその者の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。