第四十九条（中小企業事業再編投資損失準備金に関する経過措置）
新租税特別措置法第五十六条第三項（第七号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に締結する同条第一項に規定する特定保険契約について適用する。
施行日から附則第一条第十三号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第五十六条第一項及び第三項の規定の適用については、同条第一項中「青色申告書を提出する法人で次の表の各号の第一欄に掲げる法人に該当するもの」とあるのは「第四十二条の四第十九項第七号に規定する中小企業者（同項第八号に規定する適用除外事業者又は同項第八号の二に規定する通算適用除外事業者に該当するものを除く。）で青色申告書を提出するもののうち、産業競争力強化法等の一部を改正する等の法律（令和三年法律第七十号）の施行の日から令和九年三月三十一日までの間に中小企業等経営強化法第十七条第一項に規定する経営力向上計画（同条第四項第二号に掲げる事項の記載があるものに限る。以下この項において「経営力向上計画」という。）について同条第一項の認定を受けたもの」と、同条第三項第七号中「の表の各号の第二欄に掲げる措置」とあるのは「に規定する事業承継等」とする。
第五十条（国家戦略特別区域における指定法人の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十一条第一項の規定は、施行日以後に同項の指定を受ける租税特別措置法第二条第二項第一号の二に規定する内国法人（新租税特別措置法第六十一条第一項の指定に係る国家戦略特別区域法（平成二十五年法律第百七号）第二十七条の三の認定区域計画に定められている同条に規定する特定事業の実施に関する計画として財務省令で定める計画を施行日前に同法第七条第一項第一号に規定する国家戦略特別区域担当大臣に提出したもの（以下この条において「経過内国法人」という。）を除く。）の各事業年度分の法人税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第六十一条第一項の指定を受けた租税特別措置法第二条第二項第一号の二に規定する内国法人（経過内国法人を含む。）の各事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十一条第五項の規定は、施行日以後に同条第一項の指定を受ける租税特別措置法第二条第二項第一号の二に規定する内国法人（経過内国法人を除く。）の新租税特別措置法第六十一条第五項に規定する適用事業年度において同条第一項の規定により損金の額に算入した金額について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第六十一条第一項の指定を受けた同号に規定する内国法人（経過内国法人を含む。）の同条第五項に規定する適用事業年度において同条第一項の規定により損金の額に算入した金額については、なお従前の例による。
第五十一条（特定土地区画整理事業等のために土地等を譲渡した場合の所得の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十五条の三第一項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人の有する同項に規定する土地等が附則第一条第十号に定める日以後に買い取られる場合について適用し、法人の有する旧租税特別措置法第六十五条の三第一項に規定する土地等が同日前に買い取られた場合については、なお従前の例による。
第五十二条（技術研究組合の所得の計算の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の十第一項の規定は、同項に規定する技術研究組合が施行日以後に取得又は製作をする同項に規定する試験研究用資産について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の十第一項に規定する技術研究組合が施行日前に取得又は製作をした同項に規定する試験研究用資産については、なお従前の例による。
第五十三条（特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の十一第二項の規定は、法人の締結していた同項に規定する共済契約につき令和六年十月一日以後に解除があった後同項に規定する共済契約を締結した当該法人が当該共済契約について支出する同項に規定する掛金について適用する。
第五十四条（相続税及び贈与税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第七十条第三項及び第四項の規定は、附則第一条第九号に定める日以後に支出をする財産に係る相続税について適用する。
相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。）により財産を取得した者が当該財産に属する金銭を旧租税特別措置法第七十条第三項に規定する特定公益信託（移行認可を受けたものを除く。）の信託財産とするために支出をした場合については、同項及び同条第四項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第三項中「公益信託ニ関スル法律（大正十一年法律第六十二号）第一条に規定する公益信託で信託の終了の時における信託財産がその信託財産に係る信託の委託者に帰属しないこと及びその信託事務の実施につき政令で定める要件を満たすものであることについて政令で定めるところにより証明がされたもの」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（令和六年法律第八号）附則第五十四条第二項に規定する特定公益信託」とする。
前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧租税特別措置法第七十条第三項の規定の適用を受けた金銭を受け入れた前項の特定公益信託が移行認可を受けた場合には、当該移行認可の日以後は、当該金銭を新租税特別措置法第七十条第三項の規定の適用を受けた財産とみなして、同条第四項の規定を適用する。
新租税特別措置法第七十条の二の規定は、特定受贈者（租税特別措置法第七十条の二第二項第一号に規定する特定受贈者をいう。以下この項及び次項において同じ。）が令和六年一月一日以後に贈与（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。以下同じ。）により取得をする住宅取得等資金（租税特別措置法第七十条の二第二項第五号に規定する住宅取得等資金をいう。以下この条において同じ。）に係る贈与税について適用し、特定受贈者が同日前に贈与により取得をした住宅取得等資金に係る贈与税については、なお従前の例による。
特定受贈者が令和六年一月一日以後に贈与により取得をする住宅取得等資金を充てて住宅用家屋（租税特別措置法第七十条の二第二項第二号に規定する住宅用家屋をいう。以下この項において同じ。）の新築又は建築後使用されたことのない住宅用家屋の取得をする場合において、これらの住宅用家屋が旧租税特別措置法第七十条の二第二項第六号イに規定するエネルギーの使用の合理化に著しく資する住宅用の家屋として政令で定めるものに該当し、かつ、次に掲げる要件のいずれかを満たすときは、これらの住宅用家屋を新租税特別措置法第七十条の二第二項第六号イ（１）に掲げる要件を満たす住宅用の家屋とみなして、同条の規定を適用する。
これらの住宅用家屋が令和五年十二月三十一日以前に建築基準法（昭和二十五年法律第二百一号）第六条第一項の規定による確認を受けているものであること。
これらの住宅用家屋が令和六年六月三十日以前に建築されたものであること。
次に掲げる者が、令和六年一月一日以後に贈与により取得をする住宅取得等資金については、新租税特別措置法第七十条の二の規定は、適用しない。
所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）第十八条の規定による改正前の租税特別措置法第七十条の二第一項の規定の適用を受けた同条第二項第一号に規定する特定受贈者
租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法第七十条の二第一項の規定の適用を受けた同条第二項第一号に規定する特定受贈者
所得税法等の一部を改正する法律（平成二十七年法律第九号）第八条の規定による改正前の租税特別措置法第七十条の二第一項の規定の適用を受けた同条第二項第一号に規定する特定受贈者
所得税法等の一部を改正する法律（令和四年法律第四号）第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第七十条の二第一項の規定の適用を受けた同条第二項第一号に規定する特定受贈者
旧租税特別措置法第七十条の二第一項の規定の適用を受けた同条第二項第一号に規定する特定受贈者
第五十五条（登録免許税の特例に関する経過措置）
施行日前にされた旧租税特別措置法第八十条第三項に規定する認定に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
施行日前にされた旧租税特別措置法第八十条第四項に規定する認定に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
施行日前に旧租税特別措置法第八十一条第一項に規定する認定特定民間中心市街地経済活力向上事業者が受けた同項の認定に係る同項の不動産の所有権の移転の登記又は同条第二項の建物の所有権の保存の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
第七十二条（罰則に関する経過措置）
この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為並びにこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合及びこの附則の規定によりなおその効力を有することとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第七十三条（政令への委任）
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。