第九十八条（内国法人の外国関係会社に係る所得等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の六第二項及び第六項から第八項までの規定は、同条第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第一項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の六第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日前に開始した事業年度に係る同条第一項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の七第四項及び第七項から第十三項までの規定は、同条第四項に規定する外国関係会社の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する課税対象金額、部分課税対象金額又は金融子会社等部分課税対象金額に係る同項に規定する所得税等の額について適用する。
施行日から令和元年十二月三十一日までの間における新租税特別措置法第六十六条の七の規定の適用については、同条第七項中「同法第六十九条の二の規定による控除をした後に、かつ、同法」とあるのは「同法」と、同条第九項中「同法第七十条の二又は第百四十四条の二の三」とあるのは「同条第七項及び同法第七十条の二」と、「法人税法税額控除規定に」とあるのは「第六十六条の七第四項の規定及び法人税法税額控除規定に」とあるのは「法人税法税額控除規定による控除（内国法人にあつては、同法第七十条の二に定める順序による法人税法税額控除規定による控除）」とあるのは「同条第七項及び同法第七十条の二に定める順序により第六十六条の七第四項の規定及び法人税法税額控除規定による控除」と、同条第十二項中「同法第十二条の二の規定による控除をした後に、かつ、同法」とあるのは「同法」とする。
施行日から附則第一条第十四号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第六十六条の七第九項の規定の適用については、同項中「、第四十二条の十二の五第七項又は第四十二条の十二の六第六項」とあるのは、「又は第四十二条の十二の五第七項」とする。
新租税特別措置法第六十六条の九の二第二項及び第六項から第八項までの規定は、同条第一項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融関係法人部分適用対象金額及び当該金融関係法人部分適用対象金額に係る同項に規定する金融関係法人部分課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の九の二第一項に規定する外国関係法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融関係法人部分適用対象金額及び当該金融関係法人部分適用対象金額に係る同項に規定する金融関係法人部分課税対象金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の九の三第四項及び第七項から第十三項までの規定は、同条第四項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する課税対象金額、部分課税対象金額又は金融関係法人部分課税対象金額に係る同項に規定する所得税等の額について適用する。
施行日から令和元年十二月三十一日までの間における新租税特別措置法第六十六条の九の三の規定の適用については、同条第七項中「同法第六十九条の二の規定による控除をした後に、かつ、同法」とあるのは「同法」と、同条第九項中「同法第七十条の二又は第百四十四条の二の三」とあるのは「同条第七項及び同法第七十条の二」と、「法人税法税額控除規定に」とあるのは「第六十六条の九の三第四項の規定及び法人税法税額控除規定に」とあるのは「法人税法税額控除規定による控除（内国法人にあつては、同法第七十条の二に定める順序による法人税法税額控除規定による控除）」とあるのは「同条第七項及び同法第七十条の二に定める順序により第六十六条の九の三第四項の規定及び法人税法税額控除規定による控除」と、同条第十二項中「同法第十二条の二の規定による控除をした後に、かつ、同法」とあるのは「同法」とする。
施行日から附則第一条第十四号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第六十六条の九の三第九項の規定の適用については、同項中「、第四十二条の十二の五第七項又は第四十二条の十二の六第六項」とあるのは、「又は第四十二条の十二の五第七項」とする。
第九十九条（特定目的会社に係る課税の特例等に関する経過措置）
令和二年一月一日前に支払われた旧租税特別措置法第六十七条の十四第四項の特定目的会社の同項の利益の配当の額については、なお従前の例による。
令和二年一月一日前に支払われた旧租税特別措置法第六十七条の十五第四項の投資法人の同項の配当等の額については、なお従前の例による。
第百条（外国法人である外国組合員に対する課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十六の規定は、同条第一項の外国法人が平成三十一年一月一日以後に開始する事業年度において有することとなる同項及び同条第三項に規定する国内源泉所得について適用し、旧租税特別措置法第六十七条の十六第一項の外国法人が同日前に開始した事業年度において有することとなった法人税法第百三十八条第一項に規定する国内源泉所得については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第六十七条の十六第三項に規定する外国法人が平成三十一年一月一日前に開始した事業年度において同項に規定する国内源泉所得を有することとなった場合における同項の書類の提出については、なお従前の例による。
第百一条（特定目的信託に係る受託法人の課税の特例等に関する経過措置）
第百二条（租税特別措置の適用を受ける場合の電子情報処理組織による法人税及び地方法人税の申告の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の四の規定は、法人の令和二年四月一日以後に開始する事業年度分の法人税及び同日以後に開始する課税事業年度分の地方法人税について適用する。
第百三条（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除等に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の九第十二項及び第十三項（これらの規定を新租税特別措置法第六十八条の十一第十一項、第六十八条の十三第八項、第六十八条の十四第八項、第六十八条の十四の二第七項、第六十八条の十四の三第七項、第六十八条の十五第七項、第六十八条の十五の三第四項、第六十八条の十五の四第十一項又は第六十八条の十五の五第十一項において準用する場合を含む。）の規定は、連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下同じ。）が施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結親法人事業年度が令和元年十月一日前に開始した連結事業年度における租税特別措置法第六十八条の九第十三項（同法第六十八条の十第八項、第六十八条の十一第十一項、第六十八条の十三第八項、第六十八条の十四第七項、第六十八条の十四の二第七項、第六十八条の十四の三第七項、第六十八条の十五第七項、第六十八条の十五の二第十項、第六十八条の十五の三第四項、第六十八条の十五の四第十一項、第六十八条の十五の五第十一項、第六十八条の十五の六第七項若しくは第六十八条の十五の六の二第七項の規定又は附則第百五条第二項、第百七条第五項若しくは第百八条第三項の規定において準用する場合を含む。）の規定の適用については、同法第六十八条の九第十三項第五号中「百分の十・三」とあるのは、「百分の四・四」とする。
第百四条（連結法人が高度省エネルギー増進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
施行日からエネルギーの使用の合理化等に関する法律の一部を改正する法律（平成三十年法律第四十五号）の施行の日の前日までの間における新租税特別措置法第六十八条の十第一項の規定の適用については、同項中「平成三十年四月一日（第四十二条の五第一項第二号及び第三号に掲げるものにあつては、エネルギーの使用の合理化等に関する法律の一部を改正する法律（平成三十年法律第四十五号）の施行の日）」とあるのは「平成三十年四月一日」と、「同条第一項各号」とあるのは「第四十二条の五第一項各号」とする。
施行日から平成三十一年三月三十一日までの間における新租税特別措置法第六十八条の十第二項の規定の適用については、同項中「中小連結法人（同項第五号の二に規定する適用除外事業者に該当するものを除く。）」とあるのは、「中小連結法人」とする。