第八十五条（支払調書等の提出の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の二の二第一項の規定は、令和三年一月一日以後に提出すべき同項に規定する調書等について適用し、同日前に提出すべき旧租税特別措置法第四十二条の二の二第一項に規定する調書等については、なお従前の例による。
第八十六条（租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則）
別段の定めがあるものを除き、新租税特別措置法第三章の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第八十七条（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除等に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の四第十二項及び第十三項（これらの規定を新租税特別措置法第四十二条の六第十項、第四十二条の九第七項、第四十二条の十第七項、第四十二条の十一第七項、第四十二条の十一の二第六項、第四十二条の十一の三第六項、第四十二条の十二の二第三項、第四十二条の十二の三第十項又は第四十二条の十二の四第十項において準用する場合を含む。）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
施行日から令和元年十二月三十一日までの間における新租税特別措置法第四十二条の四第十二項（新租税特別措置法第四十二条の五第七項、第四十二条の六第十項、第四十二条の九第七項、第四十二条の十第七項、第四十二条の十一第七項、第四十二条の十一の二第六項、第四十二条の十一の三第六項、第四十二条の十二第十項、第四十二条の十二の二第三項、第四十二条の十二の三第十項、第四十二条の十二の四第十項、第四十二条の十二の五第七項若しくは第四十二条の十二の六第六項の規定又は附則第八十九条第二項、第九十一条第四項若しくは第九十二条第二項の規定において準用する場合を含む。）の規定の適用については、新租税特別措置法第四十二条の四第十二項中「同法第七十条の二又は第百四十四条の二の三に定める順序により法人税法税額控除規定による控除」とあるのは、「法人税法税額控除規定による控除（内国法人にあつては、同法第七十条の二に定める順序による法人税法税額控除規定による控除）」とする。
第八十八条（高度省エネルギー増進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
施行日からエネルギーの使用の合理化等に関する法律の一部を改正する法律（平成三十年法律第四十五号）の施行の日の前日までの間における新租税特別措置法第四十二条の五第一項の規定の適用については、同項中次の表の上欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
| 平成三十年四月一日（第二号及び第三号に掲げるものにあつては、エネルギーの使用の合理化等に関する法律の一部を改正する法律（平成三十年法律第四十五号）の施行の日） | 平成三十年四月一日 |
| 一 エネルギーの使用の合理化等に関する法律第七条第三項ただし書に規定する特定事業者又は同法第十八条第二項ただし書に規定する特定連鎖化事業者（同項ただし書に規定する特定連鎖化事業者が行う同条第一項に規定する連鎖化事業（以下この号において「特定連鎖化事業」という。）の同項に規定する加盟者（以下この号において「特定加盟者」という。）を含む。） 同法第十五条第一項又は第二十六条第一項の規定によりこれらの規定の主務大臣に提出されたこれらの規定の計画において設置するものとして記載されたエネルギー（同法第二条第一項に規定するエネルギーをいう。以下第三号までにおいて同じ。）の使用の合理化のための機械その他の減価償却資産でエネルギーの使用の合理化に特に効果の高いものとして政令で定めるもの（当該特定加盟者の同法第二十六条第一項の計画に係るものにあつては、当該特定加盟者が設置している当該特定連鎖化事業に係る同法第三条第一項に規定する工場等に係るものとして政令で定めるものに限る。） 二 エネルギーの使用の合理化等に関する法律第四十六条第一項の認定を受けた同項の工場等を設置している者 当該認定に係る同法第四十七条第三項に規定する連携省エネルギー計画に記載された同法第四十六条第一項に規定する連携省エネルギー措置の実施により取得又は製作若しくは建設（次号において「取得等」という。）をされる機械その他の減価償却資産でエネルギーの使用の合理化に資するものとして政令で定めるもの 三 エネルギーの使用の合理化等に関する法律第百十七条第一項の認定を受けた同項の荷主 当該認定に係る同法第百十八条第三項に規定する荷主連携省エネルギー計画に記載された同法第百十七条第一項に規定する荷主連携省エネルギー措置の実施により取得等をされる機械その他の減価償却資産でエネルギーの使用の合理化に資するものとして政令で定めるもの | 一 エネルギーの使用の合理化等に関する法律第七条第三項ただし書に規定する特定事業者 同法第十四条第一項の規定により同項の主務大臣に提出された同項の計画において設置するものとして記載されたエネルギー（同法第二条第一項に規定するエネルギーをいう。以下この号及び次号において同じ。）の使用の合理化のための機械その他の減価償却資産でエネルギーの使用の合理化に特に効果の高いものとして政令で定めるもの 二 エネルギーの使用の合理化等に関する法律第十九条第二項ただし書に規定する特定連鎖化事業者（同項ただし書に規定する特定連鎖化事業者が行う同条第一項に規定する連鎖化事業（以下この号において「特定連鎖化事業」という。）の同項に規定する加盟者（以下この号において「特定加盟者」という。）を含む。） 同法第十四条第一項（同法第十九条の二第一項において準用する場合に限る。以下この号において同じ。）の規定により同法第十四条第一項の主務大臣に提出された同項の計画において設置するものとして記載されたエネルギーの使用の合理化のための機械その他の減価償却資産でエネルギーの使用の合理化に特に効果の高いものとして政令で定めるもの（当該特定加盟者の同項の計画に係るものにあつては、当該特定加盟者が設置している当該特定連鎖化事業に係る同法第三条第一項に規定する工場等に係るものとして政令で定めるものに限る。） |
施行日から平成三十一年三月三十一日までの間における新租税特別措置法第四十二条の五第二項の規定の適用については、同項中「中小企業者（適用除外事業者に該当するものを除く。）」とあるのは、「中小企業者」とする。
第八十九条（エネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第四十二条の五第一項に規定するエネルギー環境負荷低減推進設備等については、なお従前の例による。
前項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧租税特別措置法第四十二条の五第二項又は第三項の規定の適用がある場合における新法人税法第二編第一章及び第三編第二章の規定の適用については、前項の規定にかかわらず、租税特別措置法第四十二条の四第十二項及び第十三項の規定を準用する。この場合において、同条第十二項中「第一項、第四項及び第七項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成三十年法律第七号）附則第八十九条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第十五条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の五第二項及び第三項」と、「同法」とあるのは「法人税法」と読み替えるものとする。
第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧租税特別措置法第四十二条の五第二項又は第三項の規定の適用がある場合における租税特別措置法第六十六条の七第十項及び第六十六条の九の三第九項の規定の適用については、これらの規定中「又は第四十二条の十二の五の二第六項」とあるのは、「若しくは第四十二条の十二の五の二第六項又は所得税法等の一部を改正する法律（平成三十年法律第七号）附則第八十九条第二項」とする。
第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧租税特別措置法第四十二条の五第五項の規定の適用がある場合における新法人税法第二編第一章（第二節を除く。）の規定の適用については、第一項の規定にかかわらず、所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の六第十二項の規定を準用する。この場合において、同項中「及び第五項」とあるのは、「及び所得税法等の一部を改正する法律（平成三十年法律第七号）附則第八十九条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第十五条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の五第五項」と読み替えるものとする。
第九十条（中小企業者等が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除等に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の六第十二項（新租税特別措置法第四十二条の九第九項、第四十二条の十二の三第十二項又は第四十二条の十二の四第十二項において準用する場合を含む。）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。