第六十八条（特定災害防止準備金に関する経過措置）
新租税特別措置法第二十条の二（第三項第一号及び第二号に係る部分に限る。）の規定は、個人が施行日以後に同項第一号に規定する確認を受ける場合におけるその確認を受ける日の属する年分の所得税及び個人が施行日以後に同項第二号に規定する許可を取り消される場合におけるその取り消される日の属する年分の所得税について適用する。
第六十九条（農業経営基盤強化準備金等に関する経過措置）
新租税特別措置法第二十四条の二及び第二十四条の三（新租税特別措置法第二十四条の二第三項第二号に係る部分に限る。）の規定は、個人が施行日以後に同号に規定する農用地等の同号に規定する取得等をする場合におけるその取得等をする日の属する年分の所得税について適用する。
第七十条（青色申告特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第二十五条の二の規定は、令和二年分以後の所得税について適用し、令和元年分以前の所得税については、なお従前の例による。
青色申告書を提出することにつき税務署長の承認を受けている個人のその承認を受けている年分（令和二年分に限る。）の所得税に係る所得税法等の一部を改正する法律（令和三年法律第十一号。以下この項において「令和三年改正法」という。）第七条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この項において「令和三年改正前租税特別措置法」という。）第二十五条の二第四項第一号に規定する財務省令で定める帳簿書類については、当該個人が令和二年における当該帳簿書類の備付けを開始する日において当該帳簿書類に係る令和三年改正法第十二条の規定による改正前の電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律（平成十年法律第二十五号。以下この項において「令和三年改正前電子帳簿保存法」という。）第四条第一項又は第五条第一項の承認を受けていない場合であって、同日の三月前の日が、当該帳簿書類に係る令和三年改正前電子帳簿保存法第七条第一項（令和三年改正前電子帳簿保存法第九条において準用する場合を含む。）の規定による届出書の提出がされた日又は令和三年改正前電子帳簿保存法第八条第二項（令和三年改正前電子帳簿保存法第九条において準用する場合を含む。）の規定による通知を受けた日以後一年以内の日でない場合には、令和三年改正前租税特別措置法第二十五条の二第四項第一号中「その年における前項に規定する帳簿書類のうち財務省令で定めるものにあつては、電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律（平成十年法律第二十五号）第四条第一項又は第五条第一項の承認を受けて」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成三十年法律第七号）附則第七十条第二項の規定により読み替えられた所得税法等の一部を改正する法律（令和三年法律第十一号）第十二条の規定による改正前の電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律（平成十年法律第二十五号）第六条第一項（同法第九条において準用する場合を含む。）の規定による申請に基づき同法第四条第一項又は第五条第一項の承認を受けて前項に規定する帳簿書類のうち財務省令で定めるものに係る同法第二条第三号に規定する電磁的記録の備付けを開始する日から令和二年十二月三十一日までの間における当該帳簿書類にあつては」と、「同法第二条第三号」とあるのは「同号」とし、令和三年改正前電子帳簿保存法第四条第一項及び第五条第一項中「最初の記録段階から一貫して」とあるのは「令和二年において電磁的記録の備付けを開始する日から一貫して」と、令和三年改正前電子帳簿保存法第六条第一項及び第五項第一号中「国税関係帳簿の備付けを開始する日」とあるのは「国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付けを開始する日」として、これらの法律の規定を適用することができる。
第七十一条（社会保険診療報酬の所得計算の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第二十六条（第二項第二号及び第四号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に行われる同項に規定する社会保険診療について適用し、施行日前に行われた旧租税特別措置法第二十六条第二項に規定する社会保険診療については、なお従前の例による。
第七十二条（家内労働者等の事業所得等の所得計算の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第二十七条の規定は、令和二年分以後の所得税について適用し、令和元年分以前の所得税については、なお従前の例による。
第七十三条（個人の譲渡所得の課税の特例に関する経過措置）
個人が施行日前に行った旧租税特別措置法第三十七条の七第一項に規定する土地等の交換又は譲渡については、なお従前の例による。
第七十四条（非課税口座内の少額上場株式等に係る譲渡所得等の非課税に関する経過措置）
新租税特別措置法第三十七条の十四第五項（第二号及び第四号に係る部分を除く。）、第十項から第十六項まで及び第二十七項の規定は、平成三十一年一月一日以後に同条第五項第一号に規定する提出をする同号に規定する非課税口座簡易開設届出書について適用する。
第七十五条（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十条第三項の規定は、施行日以後にされる同条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈について適用し、施行日前にされた旧租税特別措置法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十条第五項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後にされる同号に規定する財産の譲渡について適用し、施行日前にされた旧租税特別措置法第四十条第五項に規定する財産の譲渡については、なお従前の例による。
第七十六条（国等に対して重要文化財を譲渡した場合の譲渡所得の非課税に関する経過措置）
個人が平成三十一年一月一日前に行った旧租税特別措置法第四十条の二第二項に規定する重要有形民俗文化財の譲渡については、なお従前の例による。
第七十七条（居住者の外国関係会社に係る所得等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十条の四第二項、第六項及び第七項の規定は、同条第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第一項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第四十条の四第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日前に開始した事業年度に係る同条第一項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十条の七第二項、第六項及び第七項の規定は、同条第一項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融関係法人部分適用対象金額及び当該金融関係法人部分適用対象金額に係る同項に規定する金融関係法人部分課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第四十条の七第一項に規定する外国関係法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融関係法人部分適用対象金額及び当該金融関係法人部分適用対象金額に係る同項に規定する金融関係法人部分課税対象金額については、なお従前の例による。
第七十八条（年末調整に係る住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の二の二第四項から第六項まで及び第九項（これらの規定を新租税特別措置法第四十一条の三の二第二十項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定は、令和二年十月一日以後に提出する新租税特別措置法第四十一条の二の二第一項に規定する申告書について適用する。
第七十九条（所得金額調整控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の三の三の規定は、令和二年分以後の所得税について適用する。
第八十条（年末調整に係る所得金額調整控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の三の四の規定は、令和二年一月一日以後に支払うべき同条第一項に規定する給与等について適用する。
第八十一条（公的年金等控除の最低控除額等の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十五の三第一項の規定により読み替えられた新所得税法第三十五条第四項の規定は、令和二年分以後の所得税について適用し、令和元年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十一条の十五の三第三項の規定により読み替えられた新所得税法第百六十九条第三号及び第二百十三条第一項第一号イの規定は、令和二年一月一日以後に支払うべき所得税法第百六十一条第一項第十二号ロに掲げる年金について適用し、同日前に支払うべき当該年金については、なお従前の例による。
第八十二条（消滅時効を援用せずに支払うこととされた公的年金等に対する源泉徴収の不適用に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十五の四の規定は、施行日以後に支払う同条第一項に規定する公的年金等について適用する。
第八十三条（特定新規中小会社が発行した株式を取得した場合の課税の特例に関する経過措置）
施行日前に旧租税特別措置法第四十一条の十九第一項第二号の指定を受けた同号に規定する指定会社により当該指定の日以後に発行される株式については、なお従前の例による。
附則第一条第十五号に定める日前に旧租税特別措置法第四十一条の十九第一項第五号の確認を受けた同号に規定する株式会社により当該確認を受けた日以後に発行される株式については、同条（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同号中「平成三十年三月三十一日」とあるのは、「地域再生法の一部を改正する法律（平成三十年法律第三十八号）の施行の日の前日」とする。
第八十四条（非居住者又は外国法人である外国組合員に対する課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の二十一の規定は、同条第一項の非居住者が令和元年以後の各年において有することとなる当該非居住者に係る同項及び同条第三項に規定する国内源泉所得又は同条第一項の外国法人が平成三十一年一月一日以後に開始する事業年度において支払を受けるべき当該外国法人に係る同項に規定する国内源泉所得について適用し、旧租税特別措置法第四十一条の二十一第一項の非居住者が平成三十年以前の各年において有することとなった所得税法第百六十一条第一項に規定する国内源泉所得又は旧租税特別措置法第四十一条の二十一第一項の外国法人が同日前に開始した事業年度において支払を受けるべき所得税法第百六十一条第一項第四号から第十一号まで若しくは第十三号から第十六号までに掲げる国内源泉所得については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第四十一条の二十一第九項に規定する非居住者が平成三十年以前の各年において同項に規定する国内源泉所得を有することとなった場合における同項の書類の提出については、なお従前の例による。