第八十四条（法人の減価償却に関する経過措置）
施行日から附則第一条第二十一号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第四十三条の二第三項の規定の適用については、同項中「前二項」とあるのは、「第一項」とする。
法人が施行日前に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。次項において同じ。）をした旧租税特別措置法第四十四条第一項に規定する集積産業用資産については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十五条第一項（同項の表の第二号から第四号までに係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十五条第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第四十五条第一項の表の第三号の第一欄に掲げる地区は、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第四十一条第五項の規定による同条第一項に規定する国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの間は、新租税特別措置法第四十五条第一項の表の第三号の第一欄に掲げる地区とみなして、同項（同号に係る部分に限る。）の規定を適用する。
新租税特別措置法第四十五条（第二項の表の第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に同項に規定する取得等をする同項に規定する産業振興機械等について適用する。
法人が施行日前に旧租税特別措置法第四十五条第二項に規定する取得等をした同項に規定する産業振興機械等については、同条（同項の表の第二号（同号の上欄に規定する政令で定める区域に係る部分に限る。）に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第三項中「第六十八条の二十七第二項」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第百十五条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の二十七第二項」とする。
新租税特別措置法第四十七条の二（第三項第二号（同号に規定する区域計画に係る部分に限る。）に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第十七号に定める日以後に取得又は新築をする新租税特別措置法第四十七条の二第一項に規定する特定再開発建築物等について適用する。
新租税特別措置法第四十七条の二（第三項第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第十六号に定める日以後に取得又は新築をする新租税特別措置法第四十七条の二第一項に規定する特定再開発建築物等について適用する。
第八十五条（法人の準備金に関する経過措置）
新租税特別措置法第五十五条第五項、第五十五条の五第四項、第五十五条の六第四項、第五十六条第六項、第五十七条の三第四項、第五十七条の四第六項、第五十七条の七第六項、第五十七条の七の二第五項、第五十七条の八第六項及び第五十八条第六項の規定は、法人の施行日以後に青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合におけるその承認の取消しの基因となった事実のあった日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日。以下この項及び附則第八十七条第一項において「施行日以後取消事実発生日」という。）を含む事業年度（施行日以後に開始する事業年度に限る。）分の法人税について適用し、法人の施行日前に青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合におけるその承認の取消しの基因となった事実のあった日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日）を含む事業年度（施行日以後取消事実発生日を含む事業年度で施行日前に開始したものを含む。）から当該事業年度開始の日以後二年を経過した日の前日を含む事業年度までの各事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第五十五条（第五項に係る部分を除く。）の規定は、法人が施行日以後に取得をする同条第一項の特定株式等について適用し、法人が施行日前に取得をした旧租税特別措置法第五十五条第一項に規定する特定株式等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第五十五条の二及び第五十五条の三の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。
第八十六条（沖縄の認定法人の所得の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十条（第一項に係る部分に限る。）の規定は、同項の表（以下この条において「新表」という。）の各号の上欄に掲げる法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第六十条第一項の表（以下この条において「旧表」という。）の第一号又は第二号の上欄に掲げる法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
施行日前に設立された法人（第六項又は第七項の規定により新表の各号の中欄に掲げる地区とみなされる地区内においてそのみなされる間に設立された法人を含む。）の施行日以後に終了する事業年度における租税特別措置法第六十条（第一項に係る部分に限り、次項、第四項、第六項又は第七項の規定によりみなして適用する場合を含む。）の規定の適用については、同条第一項中「（当該各号の上欄に規定する提出の日」とあるのは「のうち地区指定（同表の第一号の上欄に掲げる法人にあつては沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第七号）による改正前の沖縄振興特別措置法第二十九条第一項の規定による指定をいい、同表の第二号の上欄に掲げる法人にあつては同法第四十二条第一項の規定による指定（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第二十六条第三項の規定により同条第一項に規定する新表の第二号の上欄に掲げる法人とみなされたものにあつては、沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十三号）による改正前の沖縄振興特別措置法第四十二条第一項の規定による指定）をいう。）の日」と、「ものに限る。」とあるのは「もの（」とする。
施行日前に旧表の第二号の上欄に規定する認定を受けた法人（沖縄振興特別措置法一部改正法附則第四条第三項の規定により新沖縄振興特別措置法第四十四条第一項の認定を受けたものとみなされるものに限り、租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第二十六条第三項の規定により同欄に掲げる法人とみなされたもの（以下この項において「旧認定法人」という。）を含む。）は、当該法人の施行日以後に終了する事業年度において、新表の第二号の上欄に掲げる法人とみなす。この場合において、旧認定法人に係る新租税特別措置法第六十条の規定の適用については、同条第一項中「事業（当該地区以外の地域において行われる当該事業に関連する事業として政令で定める事業を含む。）に係る」とあるのは「事業に係る」と、「百分の四十」とあるのは「百分の三十五」とする。
施行日前に旧表の第三号の上欄に規定する認定を受けた法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税については、旧租税特別措置法第六十条（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同号中「沖縄振興特別措置法」とあるのは、「沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第七号）による改正前の沖縄振興特別措置法」とする。
旧表の第二号の中欄に掲げる地区（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第二十六条第六項の規定により同欄に掲げる地区とみなされた地域を含む。）は、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第四十一条第五項の規定による同条第一項に規定する国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの間は、新表の第二号の中欄に掲げる地区とみなして、新租税特別措置法第六十条（同号に係る部分に限る。）の規定を適用する。
新租税特別措置法第六十条（第二項に係る部分に限る。）の規定は、同項に規定する法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。
第八十七条（認定農業生産法人等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十一条の二第四項の規定は、法人の施行日以後取消事実発生日を含む事業年度（施行日以後に開始する事業年度に限る。）分の法人税について適用し、法人の施行日前に青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合におけるその承認の取消しの基因となった事実のあった日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日）を含む事業年度（施行日以後取消事実発生日を含む事業年度で施行日前に開始したものを含む。）から当該事業年度開始の日以後二年を経過した日の前日を含む事業年度までの各事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十一条の三の規定は、法人が施行日以後に行われる現物分配により移転を受ける同条第一項に規定する農用地等について適用し、法人が施行日前に行われた現物分配により移転を受けた旧租税特別措置法第六十一条の三第一項に規定する農用地等については、なお従前の例による。
第八十八条（使途秘匿金の支出がある場合の課税の特例に関する経過措置）
国家戦略特別区域法附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日が施行日後である場合には、施行日から同号に掲げる規定の施行の日の前日までの間における新租税特別措置法第六十二条第六項の規定の適用については、同項第二号中「及び第四十二条の九」とあるのは「、第四十二条の九及び第四十二条の十一」と、「第四十二条の九第一項、第四十二条の十第二項」とあるのは「第四十二条の九第一項」とする。
第八十九条（法人の土地の譲渡等がある場合の特別税率に関する経過措置）
国家戦略特別区域法附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日が施行日後である場合には、施行日から同号に掲げる規定の施行の日の前日までの間における新租税特別措置法第六十二条の三第十一項の規定の適用については、同項第二号中「及び第四十二条の九」とあるのは「、第四十二条の九及び第四十二条の十一」と、「第四十二条の九第一項、第四十二条の十第二項」とあるのは「第四十二条の九第一項」とする。