第百十四条（連結法人の法人税の額から控除される特別控除額の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十五の七の規定は、連結法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百十五条（連結法人の減価償却に関する経過措置）
施行日から附則第一条第二十一号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第六十八条の十七第三項の規定の適用については、同項中「前二項」とあるのは、「第一項」とする。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。次項において同じ。）をした旧租税特別措置法第六十八条の二十第一項に規定する集積産業用資産については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の二十七第一項（新租税特別措置法第四十五条第一項の表の第二号から第四号までに係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新租税特別措置法第六十八条の二十七第一項に規定する工業用機械等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第六十八条の二十七第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第四十五条第一項の表の第三号の第一欄に掲げる地区は、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第四十一条第五項の規定による同条第一項に規定する国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの間は、新租税特別措置法第四十五条第一項の表の第三号の第一欄に掲げる地区とみなして、新租税特別措置法第六十八条の二十七第一項（同号に係る部分に限る。）の規定を適用する。
新租税特別措置法第六十八条の二十七（第二項の表の第三号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に同項に規定する取得等をする同項に規定する産業振興機械等について適用する。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に旧租税特別措置法第六十八条の二十七第二項に規定する取得等をした同項に規定する産業振興機械等については、同条（同項の表の第二号（旧租税特別措置法第四十五条第二項の表の第二号の上欄に規定する政令で定める区域に係る部分に限る。）に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、旧租税特別措置法第六十八条の二十七第二項の表の第二号の上欄及び第三項中「第四十五条第二項」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第八十四条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第四十五条第二項」とする。
新租税特別措置法第六十八条の三十五（第三項第二号（同号に規定する区域計画に係る部分に限る。）に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第十七号に定める日以後に取得又は新築をする新租税特別措置法第六十八条の三十五第一項に規定する特定再開発建築物等について適用する。
新租税特別措置法第六十八条の三十五（第三項第三号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第十六号に定める日以後に取得又は新築をする新租税特別措置法第六十八条の三十五第一項に規定する特定再開発建築物等について適用する。
第百十六条（連結法人の準備金に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の四十三の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得をする同条第一項の特定株式等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得をした旧租税特別措置法第六十八条の四十三第一項に規定する特定株式等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の四十三の二及び第六十八条の四十三の三の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用する。
第百十七条（沖縄の認定法人の連結所得の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の六十三（第一項に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、同項の表（以下この条において「新表」という。）の各号の上欄に掲げる連結法人に該当するものの施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、旧租税特別措置法第六十八条の六十三第一項の表（以下この条において「旧表」という。）の第一号又は第二号の上欄に掲げる連結法人に該当するものの施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、施行日前に設立されたもの（第六項又は第七項の規定により新表の各号の中欄に掲げる地区とみなされる地区内においてそのみなされる間に設立されたものを含む。）の施行日以後に終了する連結事業年度における新租税特別措置法第六十八条の六十三（第一項に係る部分に限り、次項、第四項、第六項又は第七項の規定によりみなして適用する場合を含む。）の規定の適用については、同条第一項中「（当該各号の上欄に規定する提出の日」とあるのは「のうち地区指定（同表の第一号の上欄に掲げる連結法人にあつては沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第七号）による改正前の沖縄振興特別措置法第二十九条第一項の規定による指定をいい、同表の第二号の上欄に掲げる連結法人にあつては同法第四十二条第一項の規定による指定（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第三十七条第三項の規定により同条第一項に規定する新表の第二号の上欄に掲げる連結法人とみなされたものにあつては、沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十三号）による改正前の沖縄振興特別措置法第四十二条第一項の規定による指定）をいう。）の日」と、「ものに限る。）」とあるのは「もの」とする。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、施行日前に旧表の第二号の上欄に規定する認定を受けたもの（沖縄振興特別措置法一部改正法附則第四条第三項の規定により新沖縄振興特別措置法第四十四条第一項の認定を受けたものとみなされるものに限り、租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第三十七条第三項の規定により同欄に掲げる連結法人とみなされたもの（以下この項において「旧認定法人」という。）を含む。）は、これらの連結親法人又はその連結子法人の施行日以後に終了する連結事業年度において、新表の第二号の上欄に掲げる連結法人とみなす。この場合において、旧認定法人に係る新租税特別措置法第六十八条の六十三の規定の適用については、同条第一項中「事業（当該地区以外の地域において行われる当該事業に関連する事業として政令で定める事業を含む。）に係る」とあるのは「事業に係る」と、「百分の四十」とあるのは「百分の三十五」とする。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、施行日前に旧表の第三号の上欄に規定する認定を受けたものの施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税については、旧租税特別措置法第六十八条の六十三（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同号中「沖縄振興特別措置法」とあるのは、「沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第七号）による改正前の沖縄振興特別措置法」とする。
旧表の第二号の中欄に掲げる地区（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第三十七条第六項の規定により同欄に掲げる地区とみなされた地域を含む。）は、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第四十一条第五項の規定による同条第一項に規定する国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの間は、新表の第二号の中欄に掲げる地区とみなして、新租税特別措置法第六十八条の六十三（同号に係る部分に限る。）の規定を適用する。
新租税特別措置法第六十八条の六十三（第二項に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、同項に規定する連結法人に該当するものの施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用する。