第四十二条（租税特別措置法の一部改正に伴う所得税の特例に関する経過措置の原則）
別段の定めがあるものを除き、第十条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新租税特別措置法」という。）第二章の規定は、平成二十六年分以後の所得税について適用し、平成二十五年分以前の所得税については、なお従前の例による。
第四十三条（利子所得の分離課税等に関する経過措置）
第四十四条（利子所得等に係る支払調書の特例に関する経過措置）
平成二十八年一月一日から同年三月三十一日までの間における新租税特別措置法第三条の二の規定の適用については、同条中「恒久的施設を」とあるのは、「国内に恒久的施設を」とする。
第四十五条（振替国債等の利子の課税の特例等に関する経過措置）
新租税特別措置法第五条の二第五項の規定は、同項の恒久的施設を有する非居住者が平成二十九年一月一日以後に支払を受ける同項に規定する振替国債及び振替地方債の利子について適用する。
旧租税特別措置法第五条の二第五項の国内に恒久的施設を有する非居住者が平成二十八年十二月三十一日以前に支払を受ける同項に規定する振替国債及び振替地方債の利子については、同項の規定は、なおその効力を有する。
前項の規定の適用がある場合における租税特別措置法第五条の二第六項の規定の適用については、同項中「前項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第四十五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第五条の二第五項」と、「同条第五項後段」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第四十五条第二項（振替国債等の利子の課税の特例等に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第五条の二第五項後段」と、「同条第一項」とあるのは「租税特別措置法第五条の二第一項」と、「又は第五項後段」とあるのは「又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号。以下この条及び第八条の五第一項において「平成二十六年改正法」という。）附則第四十五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十六年改正法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第五条の二第五項後段」と、「当該利子」と」とあるのは「当該利子」と、「同法第二百二十五条第一項」とあるのは「所得税法第二百二十五条第一項」と」と、「第五条の二第五項後段」とあるのは「平成二十六年改正法附則第四十五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十六年改正法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第五条の二第五項後段」と、「とする」とあるのは「と、「同法第百二十条、」とあるのは「所得税法第百二十条、」とする」とする。
平成二十八年一月一日から同年三月三十一日までの間における新租税特別措置法第五条の二第六項の規定の適用については、同項中「恒久的施設を」とあるのは、「国内に恒久的施設を」とする。
新租税特別措置法第五条の三第三項の規定は、同項の恒久的施設を有する非居住者が平成二十九年一月一日以後に支払を受ける同項に規定する特定振替社債等の利子等について適用する。
旧租税特別措置法第五条の三第三項の国内に恒久的施設を有する非居住者が平成二十八年十二月三十一日以前に支払を受ける同項に規定する特定振替社債等の利子等については、同項の規定は、なおその効力を有する。
前項の規定の適用がある場合における租税特別措置法第五条の三第九項の規定の適用については、同項の表前条第六項の項中「及び第三項」とあるのは「及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第四十五条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第五条の三第三項」と、「同条第五項後段」とあるのは「同条第五項後段の規定の適用を受けた場合には、同条第一項」と、「同条第三項後段」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第四十五条第六項（振替国債等の利子の課税の特例等に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第五条の三第三項後段の規定の適用を受けた場合には、租税特別措置法第五条の三第一項」と、「又は第三項後段」とあるのは「又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号。以下「平成二十六年改正法」という。）附則第四十五条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十六年改正法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第五条の三第三項後段」と、「第八条の二第一項」とあるのは「「同法第二百二十五条第一項」とあるのは「所得税法第二百二十五条第一項」と、第八条の二第一項」と、「第五条の三第三項後段」とあるのは「平成二十六年改正法附則第四十五条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十六年改正法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第五条の三第三項後段」とする。
第四十六条（民間国外債等の利子の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六条第一項及び第二項の規定は、外国法人が平成二十八年四月一日以後に開始する事業年度において発行する同条第一項に規定する債券又は同条第二項に規定する民間国外債の利子について適用し、外国法人が同日前に開始した事業年度において発行した旧租税特別措置法第六条第一項に規定する債券又は同条第二項に規定する民間国外債の利子については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六条第六項の規定は、同項の恒久的施設を有する非居住者が平成二十九年一月一日以後に支払を受ける同項に規定する民間国外債の利子について適用する。
旧租税特別措置法第六条第六項の国内に恒久的施設を有する非居住者が平成二十八年十二月三十一日以前に支払を受ける同項に規定する民間国外債の利子については、同項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「第六条第六項後段」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第四十六条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六条第六項後段」と、「同法」とあるのは「所得税法」とする。
新租税特別措置法第六条第九項の規定は、附則第一条第十五号に定める日以後に提出する同項において準用する新租税特別措置法第六条第四項に規定する非課税適用申告書について適用し、同日前に提出した旧租税特別措置法第六条第九項において準用する同条第四項に規定する非課税適用申告書については、なお従前の例による。
第四十七条（私募公社債等運用投資信託等の収益の分配に係る配当所得の分離課税等に関する経過措置）
新租税特別措置法第八条の二第二項及び第三項の規定は、これらの規定に規定する恒久的施設を有する非居住者が平成二十九年一月一日以後に支払を受けるべき同条第一項に規定する私募公社債等運用投資信託等の収益の分配に係る配当等について適用する。
第四十八条（上場証券投資信託等の償還金等に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第九条の四の二第一項及び第二項の規定は、平成二十八年四月一日以後の同条第一項に規定する上場証券投資信託等の終了又は一部の解約について適用し、同日前の旧租税特別措置法第九条の四の二第一項に規定する上場証券投資信託等の終了又は一部の解約については、なお従前の例による。
第四十九条（外国特定目的信託の利益の分配又は外国特定投資信託の収益の分配に係る課税の特例に関する経過措置）
旧租税特別措置法第九条の六第一項から第四項までの非居住者又は外国法人が平成二十八年四月一日前に支払を受けるべきこれらの規定に規定する外国特定目的信託の利益の分配及び外国特定投資信託の収益の分配については、なお従前の例による。
第五十条（試験研究を行った場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第十条第六項の規定は、平成二十七年分以後の所得税について適用し、平成二十六年分以前の所得税については、なお従前の例による。
第五十一条（エネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は所得税額の特別控除に関する経過措置）
個人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第十条の二の二第一項第一号ハに掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
第五十二条（所得税の額から控除される特別控除額の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第十条の六第一項（第五号及び第十号に係る部分を除く。）の規定は、平成二十七年分以後の所得税について適用し、平成二十六年分以前の所得税については、なお従前の例による。