第二十六条（沖縄の認定法人の所得の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十条の規定は、同条第一項の表（以下この条において「新表」という。）の各号の上欄に掲げる法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第六十条第一項の表（以下この条において「旧表」という。）の各号の上欄に掲げる法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
施行日前に旧表の第一号又は第二号の上欄に規定する認定を受けた法人（施行日以後に新表の第一号又は第二号の上欄に規定する認定を受けた法人を除くものとし、旧表の第二号の上欄に掲げる法人にあっては、沖縄振興特別措置法一部改正法附則第四条第三項の規定により新沖縄振興特別措置法第四十四条第一項の認定を受けたものとみなされるものに限る。）は、これらの法人の施行日以後に終了する事業年度（旧表の第一号の上欄に掲げる法人にあっては、沖縄振興特別措置法一部改正法附則第四条第一項の規定により新沖縄振興特別措置法第三十条第一項の認定を受けたものとみなされる間に終了する事業年度に限る。）において、それぞれ新表の第一号又は第二号の上欄に掲げる法人とみなす。この場合において、新租税特別措置法第六十条第一項中「事業（当該地区以外の地域において行われる当該事業に関連する事業として政令で定める事業を含む。）に係る」とあるのは「事業に係る」と、「百分の四十」とあるのは「百分の三十五」とする。
第二十七条（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十五条の四第一項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人が平成二十四年一月一日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の七から第六十五条の九まで（新租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第九号の下欄に係る部分に限る。）の規定は、法人が平成二十四年一月一日以後に同号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、同日以後に同号の下欄に掲げる資産の取得をする場合の当該資産及び当該資産に係る新租税特別措置法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定について適用し、法人が同日前に旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第九号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における同日前に取得をした同号の下欄に掲げる資産又は同日以後に取得をする同欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る旧租税特別措置法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定並びに法人が同日以後に同号の上欄に掲げる資産の譲渡をする場合における同日前に取得をした同号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
第二十八条（国外支配株主等に係る負債の利子等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の五第四項の規定は、法人の平成二十五年四月一日以後に開始する事業年度分の法人税について適用する。
第二十九条（関連者等に係る純支払利子等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の五の三第三項の規定は、同項に規定する適格合併又は残余財産の確定の日が平成二十五年四月一日以後の日である場合の同項に規定する合併等事業年度以後の各事業年度（同年四月一日以後に開始する各事業年度に限る。）において同条第一項又は第二項の規定を適用する場合について適用する。
第三十条（連結法人がエネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十（第一項第一号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第十号に定める日以後に取得又は製作若しくは建設をする同項に規定するエネルギー環境負荷低減推進設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第六十八条の十第一項に規定するエネルギー環境負荷低減推進設備等については、なお従前の例による。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、電気事業者による再生可能エネルギー電気の調達に関する特別措置法附則第三条第一項の認定を受けたものの附則第一条第十号に定める日から平成二十四年六月三十日までの間における新租税特別措置法第六十八条の十の規定の適用については、同条第一項中「平成二十四年七月一日」とあるのは「電気事業者による再生可能エネルギー電気の調達に関する特別措置法附則第一条第三号に掲げる規定の施行の日」と、同項第一号イ中「第三条第二項に規定する認定発電設備に該当するもの」とあるのは「附則第三条第一項の認定に係る発電に係る同項の再生可能エネルギー発電設備」とする。
電気事業者による再生可能エネルギー電気の調達に関する特別措置法附則第三条第二項の規定により平成二十四年七月一日において同法第六条第一項の規定による認定を受けたものとみなされる前項に規定する認定に係る同法第二条第三項に規定する再生可能エネルギー発電設備は、新租税特別措置法第六十八条の十第一項に規定する指定期間内に取得した同項第一号イに規定する認定発電設備に該当するものとみなして、同条（同号に係る部分に限る。）の規定を適用する。
第三十一条（中小連結法人が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十一（新租税特別措置法第四十二条の六第一項第一号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作をする新租税特別措置法第六十八条の十一第一項に規定する特定機械装置等について適用する。
第三十二条（連結法人が沖縄の特定地域において工業用機械等を取得した場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十三第一項（新租税特別措置法第四十二条の九第一項の表の第一号から第四号までに係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新租税特別措置法第六十八条の十三第一項に規定する工業用機械等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第六十八条の十三第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第四十二条の九第一項の表の第二号の第一欄に掲げる地区は、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第二十八条第一項の規定による指定があった場合には、その指定があった日の前日）までの間は、新租税特別措置法第四十二条の九第一項の表の第二号の第一欄に掲げる地区とみなして、新租税特別措置法第六十八条の十三（同号に係る部分に限る。）の規定を適用する。
旧租税特別措置法第四十二条の九第一項の表の第四号の第一欄に掲げる地区のうち沖縄振興特別措置法一部改正法附則第三条第四項の規定により指定国際物流拠点産業集積地域（新沖縄振興特別措置法第四十二条第一項の規定により指定された国際物流拠点産業集積地域をいう。）とみなされる地域は、新租税特別措置法第四十二条の九第一項の表の第四号の第一欄に掲げる地区とみなして、新租税特別措置法第六十八条の十三（同号に係る部分に限る。）の規定を適用する。