第三十七条（沖縄の認定法人の連結所得の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の六十三の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、同条第一項の表（以下この条において「新表」という。）の各号の上欄に掲げる連結法人に該当するものの施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、旧租税特別措置法第六十八条の六十三第一項の表（以下この条において「旧表」という。）の各号の上欄に掲げる連結法人に該当するものの施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、施行日前に設立されたものの施行日以後に終了する連結事業年度における新租税特別措置法第六十八条の六十三（次項、第五項及び第六項の規定によりみなして適用する場合を含む。）の規定の適用については、同条第一項中「当該各号の上欄に規定する指定の日」とあるのは、「指定等（同表の第一号の上欄に掲げる連結法人にあつては沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十三号）による改正前の沖縄振興特別措置法第二十八条第七項の規定による同意をいい、同表の第二号の上欄に掲げる連結法人にあつては同法第四十二条第一項の規定による指定をいい、同表の第三号の上欄に掲げる連結法人にあつては同欄に規定する指定をいう。）の日」とする。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、施行日前に旧表の第一号又は第二号の上欄に規定する認定を受けたもの（施行日以後に新表の第一号又は第二号の上欄に規定する認定を受けたものを除くものとし、旧表の第二号の上欄に掲げる連結法人にあっては、沖縄振興特別措置法一部改正法附則第四条第三項の規定により新沖縄振興特別措置法第四十四条第一項の認定を受けたものとみなされるものに限る。）は、これらの連結親法人又はその連結子法人の施行日以後に終了する連結事業年度（旧表の第一号の上欄に掲げる連結法人にあっては、沖縄振興特別措置法一部改正法附則第四条第一項の規定により新沖縄振興特別措置法第三十条第一項の認定を受けたものとみなされる間に終了する連結事業年度に限る。）において、それぞれ新表の第一号又は第二号の上欄に掲げる連結法人とみなす。この場合において、新租税特別措置法第六十八条の六十三第一項中「事業（当該地区以外の地域において行われる当該事業に関連する事業として政令で定める事業を含む。）に係る」とあるのは「事業に係る」と、「百分の四十」とあるのは「百分の三十五」とする。
第三十八条（連結法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の七十五第一項（新租税特別措置法第六十五条の四第一項第三号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が平成二十四年一月一日以後に行う新租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の七十八から第六十八条の八十まで（新租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第九号の下欄に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が平成二十四年一月一日以後に同号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、同日以後に同号の下欄に掲げる資産の取得をする場合の当該資産及び当該資産に係る新租税特別措置法第六十八条の七十九第一項又は第三項の特別勘定又は期中特別勘定について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に旧租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第九号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における同日前に取得をした同号の下欄に掲げる資産又は同日以後に取得をする同欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る旧租税特別措置法第六十八条の七十九第一項又は第三項の特別勘定又は期中特別勘定並びに連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日以後に同号の上欄に掲げる資産の譲渡をする場合における同日前に取得をした同号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
第三十九条（連結法人の国外支配株主等に係る負債の利子等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の八十九第四項の規定は、連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。次条において同じ。）が平成二十五年四月一日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用する。
第四十条（連結法人の関連者等に係る純支払利子等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の八十九の二第一項の規定は、連結法人の連結親法人事業年度が平成二十五年四月一日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用する。
新租税特別措置法第六十八条の八十九の三第三項（第二号及び第三号に係る部分に限る。）の規定は、同項第二号に規定する適格合併若しくは同項第三号に規定する合併の日が平成二十五年四月一日以後の日である場合の当該適格合併若しくは当該合併の日を含む同項の連結法人の連結事業年度以後の各連結事業年度（連結親法人事業年度が同年四月一日以後に開始する各連結事業年度に限る。）又は同項第二号若しくは第三号に規定する残余財産の確定の日が同年四月一日以後の日である場合の当該残余財産の確定の日の翌日を含む同項の連結法人の連結事業年度以後の各連結事業年度（連結親法人事業年度が同年四月一日以後に開始する各連結事業年度に限る。）において同条第一項又は第二項の規定を適用する場合について適用する。