①新租税特別措置法第六十八条の六十三の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、同条第一項の表（以下この条において「新表」という。）の各号の上欄に掲げる連結法人に該当するものの施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、旧租税特別措置法第六十八条の六十三第一項の表（以下この条において「旧表」という。）の各号の上欄に掲げる連結法人に該当するものの施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

②連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、施行日前に設立されたものの施行日以後に終了する連結事業年度における新租税特別措置法第六十八条の六十三（次項、第五項及び第六項の規定によりみなして適用する場合を含む。）の規定の適用については、同条第一項中「当該各号の上欄に規定する指定の日」とあるのは、「指定等（同表の第一号の上欄に掲げる連結法人にあつては沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十三号）による改正前の沖縄振興特別措置法第二十八条第七項の規定による同意をいい、同表の第二号の上欄に掲げる連結法人にあつては同法第四十二条第一項の規定による指定をいい、同表の第三号の上欄に掲げる連結法人にあつては同欄に規定する指定をいう。）の日」とする。

③連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、施行日前に旧表の第一号又は第二号の上欄に規定する認定を受けたもの（施行日以後に新表の第一号又は第二号の上欄に規定する認定を受けたものを除くものとし、旧表の第二号の上欄に掲げる連結法人にあっては、沖縄振興特別措置法一部改正法附則第四条第三項の規定により新沖縄振興特別措置法第四十四条第一項の認定を受けたものとみなされるものに限る。）は、これらの連結親法人又はその連結子法人の施行日以後に終了する連結事業年度（旧表の第一号の上欄に掲げる連結法人にあっては、沖縄振興特別措置法一部改正法附則第四条第一項の規定により新沖縄振興特別措置法第三十条第一項の認定を受けたものとみなされる間に終了する連結事業年度に限る。）において、それぞれ新表の第一号又は第二号の上欄に掲げる連結法人とみなす。この場合において、新租税特別措置法第六十八条の六十三第一項中「事業（当該地区以外の地域において行われる当該事業に関連する事業として政令で定める事業を含む。）に係る」とあるのは「事業に係る」と、「百分の四十」とあるのは「百分の三十五」とする。

④連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、施行日前に旧表の第三号の上欄に規定する認定を受けたもの（施行日以後に新表の第三号の上欄に規定する認定を受けたものを除く。）の施行日以後に終了する連結事業年度における新租税特別措置法第六十八条の六十三の規定の適用については、同条第一項中「事業（当該地区以外の地域において行われる当該事業に関連する事業として政令で定める事業を含む。）に係る」とあるのは「事業に係る」と、「百分の四十」とあるのは「百分の三十五」とする。

⑤旧表の第一号の中欄に掲げる地区は、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第二十九条第一項の規定による指定があった場合には、その指定があった日の前日）までの間は、新表の第一号の中欄に掲げる地区とみなして、新租税特別措置法第六十八条の六十三（同号に係る部分に限る。）及び第三項の規定を適用する。

⑥旧表の第二号の中欄に掲げる地区のうち沖縄振興特別措置法一部改正法附則第三条第四項の規定により指定国際物流拠点産業集積地域（新沖縄振興特別措置法第四十二条第一項の規定により指定された国際物流拠点産業集積地域をいう。）とみなされる地域は、施行日において新表の第二号の上欄に規定する指定を受けた同号の中欄に掲げる地区とみなして、新租税特別措置法第六十八条の六十三（同号に係る部分に限る。）及び第三項の規定を適用する。