①新租税特別措置法第六十六条の十二の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度において生じた欠損金額（租税特別措置法第六十六条の十二第一項本文に規定する欠損金額をいう。次項及び第三項において同じ。）について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度において生じた旧租税特別措置法第六十六条の十三第一項本文に規定する欠損金額については、なお従前の例による。

②租税特別措置法第二条第二項第二十九号に規定する青色申告書を提出する法人（同法第六十六条の十二第一項各号に掲げる法人を除く。）で旧租税特別措置法第六十六条の十三第二項に規定する認定事業再編事業者であるもの（施行日前に同項に規定する特定事業再編計画について農業競争力強化支援法（平成二十九年法律第三十五号）第十八条第一項の認定を受けたものに限る。以下この項及び第四項において「認定事業再編法人」という。）の施行日以後に終了する事業年度（租税特別措置法第四十六条並びに同条の規定に係る新租税特別措置法第五十二条の二第一項及び第四項並びに第五十二条の三第一項から第三項まで、第十一項及び第十二項の規定の適用を受ける事業年度を除く。）において生じた欠損金額（法人税法第八十条第五項において準用する同条第一項の規定又は同法第百四十四条の十三第十一項において準用する同条第一項若しくは第二項の規定により還付を受ける金額の計算の基礎とする租税特別措置法第六十六条の十二第一項ただし書に規定する災害損失欠損金額（当該認定事業再編法人が同法第二条第二項第十号の六に規定する通算法人である場合には、法人税法第八十条第十三項の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となった金額とされた金額）を除く。）のうち、旧租税特別措置法第六十六条の十三第二項に規定する政令で定める金額に達するまでの金額（以下この条において「特定設備廃棄等欠損金額」という。）については、租税特別措置法第六十六条の十二第一項の規定は、適用しない。

③特定設備廃棄等欠損金額について法人税法第八十条第一項又は第百四十四条の十三第一項若しくは第二項の規定を適用する場合には、当該特定設備廃棄等欠損金額が生じたこれらの規定に規定する欠損事業年度の欠損金額のうち当該特定設備廃棄等欠損金額を超える部分の金額は、ないものとする。

④通算法人（租税特別措置法第二条第二項第十号の六に規定する通算法人をいう。附則第百十七条において同じ。）である認定事業再編法人の特定設備廃棄等欠損金額は、同法第六十六条の十二第二項の規定の適用については、同項に規定する還付対象欠損金額とみなす。

⑤前二項に定めるもののほか、特定設備廃棄等欠損金額がある場合における法人税法第八十条及び第百四十四条の十三の規定の適用その他第二項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。