第百二十五条（対象純支払利子等に係る課税の特例に関する経過措置）
法人が、旧法人税法第四条の五第一項若しくは第二項の規定により旧法人税法第四条の二の承認を取り消された場合（附則第十六条第一項又は第二項の規定によりなお従前の例により旧法人税法第四条の二の承認を取り消された場合を含む。以下この項において「承認の取消しの場合」という。）、旧法人税法第四条の五第三項の承認を受けた場合（附則第十六条第三項の規定によりなお従前の例により旧法人税法第四条の五第三項の承認を受けた場合を含む。以下この項において「取りやめの承認の場合」という。）又は附則第二十九条第一項若しくは第二項の規定の適用を受けた場合（以下この項において「連結納税終了の場合」という。）において、当該承認の取消しの場合、当該取りやめの承認の場合又は当該連結納税終了の場合の最終の連結事業年度終了の日の翌日を含む事業年度開始の日前七年以内に開始した各連結事業年度において生じた当該法人の連結超過利子個別帰属額（四年旧措置法第六十八条の八十九の三第六項に規定する連結超過利子個別帰属額をいう。以下この条において同じ。）があるときは、四年新措置法第六十六条の五の三第一項及び第二項の規定の適用については、当該連結超過利子個別帰属額は、当該連結超過利子個別帰属額が生じた連結事業年度開始の日（附則第二十九条第一項の規定の適用を受けた場合には、当該連結事業年度終了の日）を含む当該法人の事業年度において生じた超過利子額（租税特別措置法第六十六条の五の三第一項に規定する超過利子額をいう。以下この条において同じ。）とみなす。
四年新措置法第六十六条の五の三第三項の適格合併に係る被合併法人が連結法人（四年旧措置法第二条第二項第十号の六に規定する連結法人をいう。以下この項及び次項において同じ。）（連結子法人にあっては、連結事業年度終了の日の翌日に当該連結子法人を被合併法人とする適格合併を行うものに限る。）である場合又は四年新措置法第六十六条の五の三第三項の残余財産が確定した他の法人が連結法人（当該連結法人の連結事業年度終了の日に残余財産が確定した連結子法人に限る。）である場合には、当該被合併法人又は他の法人の当該適格合併の日前七年以内に開始し、又は当該残余財産の確定の日の翌日前七年以内に開始した各連結事業年度において生じた連結超過利子個別帰属額を同項に規定する前七年内事業年度において生じた超過利子額と、連結確定申告書を確定申告書と、当該連結超過利子個別帰属額が生じた連結事業年度を当該被合併法人又は他の法人の事業年度とみなして、同項の規定を適用する。
四年新措置法第六十六条の五の三第一項又は第二項の法人が旧法人税法第十五条の二第一項に規定する最初連結事業年度終了の日後に旧法人税法第四条の五第一項若しくは第二項の規定により旧法人税法第四条の二の承認を取り消された場合（附則第十六条第一項又は第二項の規定によりなお従前の例により旧法人税法第四条の二の承認を取り消された場合を含む。）、旧法人税法第四条の五第三項の承認を受けた場合（附則第十六条第三項の規定によりなお従前の例により旧法人税法第四条の五第三項の承認を受けた場合を含む。）又は附則第二十九条第一項若しくは第二項の規定の適用を受けた場合の最終の連結事業年度後の各事業年度における四年新措置法第六十六条の五の三第一項及び第二項の規定の適用については、当該連結事業年度前の各事業年度において生じた超過利子額（当該各事業年度において四年旧措置法第六十六条の五の三第三項又は第四項の規定により当該各事業年度前の各事業年度において生じた超過利子額とみなされたものを含む。）は、ないものとする。
第一項又は前項の規定の適用がある場合における四年新措置法第六十六条の五の三第三項の規定の適用については、同項中「この項の」とあるのは「この項又は所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）附則第百二十五条第一項の」と、「含む。」とあるのは「含み、同条第四項の規定によりないものとされたものを除く。」と、「同条第三十一号」とあるのは「法人税法第二条第三十一号」とする。
第一項の規定により法人の超過利子額とみなされたもの又は第二項の規定によりみなして適用する四年新措置法第六十六条の五の三第三項の規定により法人の超過利子額とみなされたものに係る同条第一項及び第二項の規定は、これらの法人が第一項の最終の連結事業年度終了の日の翌日を含む事業年度又は第二項の規定によりみなして適用する同条第三項に規定する合併等事業年度以後の各事業年度の確定申告書の提出があり、かつ、同条第一項及び第二項の規定の適用を受けようとする事業年度の四年新措置法第二条第二項第二十八号に規定する確定申告書等、同項第三十一号に規定する修正申告書又は同項第三十二号に規定する更正請求書に四年新措置法第六十六条の五の三第四項に規定する事項を記載した書類の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、同条第一項及び第二項の規定により損金の額に算入される金額の計算の基礎となる超過利子額は、当該書類に記載された超過利子額を限度とする。