第五十九条（中小企業者の事業再生に伴い特定の組合財産に係る債務免除等がある場合の評価損益等の特例に関する経過措置）
法人について施行日前に旧租税特別措置法第六十七条の五の二第一項に規定する事実が生じた場合における当該法人の当該事実が生じた日を含む事業年度以後の各事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第六十条（振替国債の償還差益等の非課税等に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十七第九項の規定は、同項に規定する特定外国法人が施行日以後に開始する同項に規定する振替国債等に係る特定債券現先取引につき支払を受ける同項に規定する差益について適用し、旧租税特別措置法第六十七条の十七第九項に規定する特定外国法人が施行日前に開始した同項に規定する振替国債に係る特定債券現先取引につき支払を受ける同項に規定する差益については、なお従前の例による。
第六十一条（国外所得金額の計算の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十八第四項から第六項まで及び第十三項の規定は、内国法人の令和二年四月一日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、内国法人の同日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第六十二条（農業協同組合等の合併に係る課税の特例に関する経過措置）
旧租税特別措置法第六十八条の二第一号に規定する全国の区域を地区とする農業協同組合連合会が施行日前に行った同号に掲げる合併については、なお従前の例による。
第六十三条（適格合併等の範囲等に関する特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の二の三の規定は、施行日以後に行われる合併、分割及び株式交換について適用し、施行日前に行われた合併、分割及び株式交換については、なお従前の例による。
第六十四条（特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の三の規定は、施行日以後に合併、分割又は株式交換が行われる場合について適用し、施行日前に合併、分割又は株式交換が行われた場合については、なお従前の例による。
第六十五条（課税所得の範囲の変更等の場合の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の三の四第一項及び第二項の規定は、施行日後に新租税特別措置法第二条第二項第一号の三に規定する公益法人等に該当することとなる同項第二号の二に規定する普通法人及び同項第一号の四に規定する協同組合等について適用し、施行日以前に旧租税特別措置法第六十八条の三の四第一項に規定する公益法人等に該当することとなった同項に規定する特定普通法人等については、なお従前の例による。
第六十六条（中小連結法人が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除等に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十一第一項（同項に規定する中小連結法人に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第六十七条（連結法人が地域経済牽引事業の促進区域内において特定事業用機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十四の三第一項及び第二項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第一項に規定する特定事業用機械等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第六十八条の十四の三第一項に規定する特定事業用機械等については、なお従前の例による。
第六十八条（特定中小連結法人が経営改善設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十五の四第一項（同項に規定する経営改善設備に係る同項に規定する経営改善指導助言書類に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする同項に規定する経営改善設備について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第六十八条の十五の四第一項に規定する経営改善設備については、なお従前の例による。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が、施行日前に旧租税特別措置法第六十八条の十五の四第一項に規定する経営改善指導助言書類の交付を受け、施行日から令和元年九月三十日までの間に当該経営改善指導助言書類に係る同項に規定する経営改善設備の取得等をする場合には、当該経営改善設備を新租税特別措置法第六十八条の十五の四第一項に規定する経営改善設備とみなして、同条の規定を適用する。
第六十九条（連結法人の減価償却に関する経過措置）
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。次項において同じ。）をした旧租税特別措置法第六十八条の十六第一項の表の第一号から第三号までの中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の十六第一項（同項の表の第二号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする同号の中欄に掲げる減価償却資産について適用する。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度における新租税特別措置法第六十八条の二十第一項の規定の適用については、同項中「中小連結法人（第六十八条の九第八項第七号に規定する適用除外事業者に該当するものを除く。）」とあるのは、「中小連結法人」とする。
新租税特別措置法第六十八条の三十五（第三項第二号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は新築をする同条第一項に規定する特定都市再生建築物について適用する。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第六十八条の三十五第三項第一号に掲げる建築物（同号ロに掲げる地域内において整備されるものに限る。以下この項において同じ。）及び同条第三項第二号に掲げる構築物については、同条（同項第一号に掲げる建築物及び同項第二号に掲げる構築物に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第一項中「第四十七条の二第三項第二号」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成三十一年法律第六号）附則第五十二条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法（次項及び第三項第二号において「旧効力措置法」という。）第四十七条の二第三項第二号」と、同条第二項中「第四十七条の二第一項」とあるのは「旧効力措置法第四十七条の二第一項」と、同条第三項第二号中「第四十七条の二第三項第二号」とあるのは「旧効力措置法第四十七条の二第三項第二号」とする。
第七十条（連結法人の新事業開拓事業者投資損失準備金に関する経過措置）
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、施行日前に受けた旧租税特別措置法第六十八条の四十三の二第一項に規定する計画の認定に係る同項に規定する投資事業有限責任組合（以下この条において「投資事業有限責任組合」という。）に係る同項に規定する投資事業有限責任組合契約を締結しているものが施行日以後に終了する各連結事業年度において有している当該投資事業有限責任組合の組合財産である同項に規定する新事業開拓事業者の同項に規定する株式については、旧租税特別措置法第六十八条の四十三の二の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第一項中「第二条第六項」とあるのは「第二条第七項」と、「第二条第五項」とあるのは「第二条第六項」と、同条第二項中「第五十五条の二第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成三十一年法律第六号）附則第五十三条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法（第八項及び第十項において「旧効力措置法」という。）第五十五条の二第一項」と、同条第八項中「第五十五条の二第六項」とあるのは「旧効力措置法第五十五条の二第六項」と、同条第十項中「第五十五条の二第八項」とあるのは「旧効力措置法第五十五条の二第八項」とする。