第五十三条（新事業開拓事業者投資損失準備金に関する経過措置）
施行日前に受けた旧租税特別措置法第五十五条の二第一項に規定する計画の認定に係る同項に規定する投資事業有限責任組合（以下この条において「投資事業有限責任組合」という。）に係る同項に規定する投資事業有限責任組合契約を締結している法人が施行日以後に終了する各事業年度において有している当該投資事業有限責任組合の組合財産である同項に規定する新事業開拓事業者の同項に規定する株式については、旧租税特別措置法第五十五条の二の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第一項中「に同法」とあるのは「に新たな事業の創出及び産業への投資を促進するための産業競争力強化法等の一部を改正する法律（令和六年法律第四十五号。以下この項において「産業競争力強化法改正法」という。）第一条の規定による改正前の産業競争力強化法（以下この項において「旧産業競争力強化法」という。）」と、「産業競争力強化法第二条第六項」とあるのは「旧産業競争力強化法第二条第七項」と、「（産業競争力強化法」とあるのは「（旧産業競争力強化法」と、「変更の認定」とあるのは「変更の認定（産業競争力強化法改正法附則第三条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧産業競争力強化法第十七条第一項の規定による変更の認定を含む。）」と、「第二条第五項」とあるのは「第二条第六項」と、同条第二項中「が連結事業年度」とあるのは「が所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この項において「令和二年旧措置法」という。）第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度（以下この条において「連結事業年度」という。）」と、「第六十八条の四十三の二第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成三十一年法律第六号）附則第七十条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十一条の規定による改正前の租税特別措置法（第七項及び第九項において「旧効力措置法」という。）第六十八条の四十三の二第一項」と、「連結所得」とあるのは「令和二年旧措置法第二条第二項第二十二号に規定する連結所得」と、同条第七項中「第六十八条の四十三の二第七項」とあるのは「旧効力措置法第六十八条の四十三の二第七項」と、同条第九項中「第六十八条の四十三の二第九項」とあるのは「旧効力措置法第六十八条の四十三の二第九項」と、同条第十項中「前条第一項」とあるのは「令和二年旧措置法第五十五条第一項」と、「規定（」とあるのは「規定（令和二年旧措置法」とする。
第五十四条（中小企業等の貸倒引当金の特例に関する経過措置）
旧租税特別措置法第五十七条の九第三項に規定する法人の令和五年三月三十一日以前に開始する各事業年度の所得の金額の計算については、同項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「平成三十一年三月三十一日」とあるのは「令和五年三月三十一日」と、「中小企業等」とあるのは「中小企業者等」と、「百分の百十」とあるのは「百分の百十（平成三十一年四月一日から令和二年三月三十一日までの間に開始する事業年度については百分の百八とし、同年四月一日から令和三年三月三十一日までの間に開始する事業年度については百分の百六とし、同年四月一日から令和四年三月三十一日までの間に開始する事業年度については百分の百四とし、同年四月一日から令和五年三月三十一日までの間に開始する事業年度については百分の百二とする。）」とする。
第五十五条（法人の資産の譲渡の場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十五条の三（第一項第四号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の三第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の三から第六十五条の五まで（新租税特別措置法第六十五条の三第一項第七号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第十五号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
新租税特別措置法第六十五条の四（第一項第二十五号（同号の買取りをする者に係る部分に限る。）に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第十七号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
第五十六条（国外関連者との取引に係る課税の特例等に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の四第一項、第二項、第七項、第十二項、第十四項及び第十六項から第三十二項までの規定は、法人の令和二年四月一日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の四第八項から第十一項まで、第十三項及び第十五項の規定は、法人の令和二年四月一日以後に開始する事業年度分の法人税について適用する。
新租税特別措置法第六十六条の四の三第五項から第七項まで及び第十四項の規定は、外国法人の令和二年四月一日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、外国法人の同日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第五十七条（対象純支払利子等に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の五の二及び第六十六条の五の三第一項の規定は、法人の令和二年四月一日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の五の三第三項及び第八項の規定は、令和二年四月一日以後に確定申告書等（期限後申告書を除く。以下この項において同じ。）の提出期限が到来する法人税について適用し、同日前に確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。
第五十八条（内国法人の外国関係会社に係る所得等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の六第一項、第二項（第二号イ（３）から（５）までに係る部分に限る。）及び第三項の規定は、同条第一項各号に掲げる内国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る課税対象金額等（同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額をいい、当該内国法人に係る同条第二項第一号に規定する外国関係会社の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）を計算する場合について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の六第二項（第二号ロ及びハに係る部分に限る。）、第六項（第七号の二及び第十一号に係る部分に限る。）及び第七項の規定は、同条第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第一項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の六第二項第一号に規定する外国関係会社の施行日前に開始した事業年度に係る同条第一項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の八第十四項の規定は、施行日以後に確定申告書等（期限後申告書を除く。以下この項において同じ。）の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の九の二第二項（第三号イ（３）から（５）までに係る部分に限る。）及び第三項の規定は、同条第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る課税対象金額等（同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融関係法人部分課税対象金額をいい、当該内国法人に係る同条第一項に規定する外国関係法人の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）を計算する場合について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の九の二第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融関係法人部分課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の九の二第二項（第三号ロ及びハに係る部分に限る。）、第六項（第七号の二及び第十一号に係る部分に限る。）及び第七項の規定は、同条第一項に規定する外国関係法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融関係法人部分適用対象金額及び当該金融関係法人部分適用対象金額に係る同項に規定する金融関係法人部分課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の九の二第一項に規定する外国関係法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融関係法人部分適用対象金額及び当該金融関係法人部分適用対象金額に係る同項に規定する金融関係法人部分課税対象金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の九の三第一項及び第二項の規定は、同条第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日以後に終了する事業年度の課税対象金額等（同項に規定する課税対象金額、部分課税対象金額又は金融関係法人部分課税対象金額をいい、当該内国法人に係る同項に規定する外国関係法人の平成三十年四月一日以後に開始した事業年度に係るものに限る。）に係る同項に規定する外国法人税の額について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の九の三第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日前に終了した事業年度の同項に規定する課税対象金額、部分課税対象金額又は金融関係法人部分課税対象金額に係る同項に規定する外国法人税の額については、なお従前の例による。