第八十九条（登録免許税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第七十七条の規定は、施行日以後に同条に規定する者が同条に規定する土地を取得する場合における当該土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第七十七条に規定する者が同条に規定する土地を取得した場合における当該土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
施行日前に旧租税特別措置法第八十二条に規定する公社管理道路運営権者が同条に規定する公共施設等運営権の設定を受けた場合における当該公共施設等運営権の設定の登録に係る登録免許税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第八十四条の四の規定は、平成二十八年四月一日以後に発生した同条第一項に規定する自然災害（以下この条において「自然災害」という。）に係る同項に規定する滅失建物等に代わる建物の新築又は取得をする場合における当該建物の所有権の保存若しくは移転又は新租税特別措置法第八十四条の四第二項に規定する当該建物を目的とする抵当権の設定の登記に係る登録免許税について適用する。
新租税特別措置法第八十四条の四の規定は、同条第一項に規定する被災者等（第六項において「被災者等」という。）が平成二十八年四月一日から施行日の前日までの間に発生した自然災害に係る同条第一項に規定する滅失建物等に代わる建物の新築又は取得をした場合において、当該期間内に受けた当該建物の所有権の保存若しくは移転又は同条第二項に規定する当該建物を目的とする抵当権の設定の登記に係る登録免許税について準用する。この場合において、同条第一項中「については、財務省令で定めるところにより当該自然災害の発生した日から同日以後五年を経過する日までの間に受けるものに限り」とあるのは「のうち平成二十八年四月一日から所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）の施行の日の前日までの間に受けたものについては」と、同条第二項中「受ける」とあるのは「受けた」と、「行われる」とあるのは「行われた」と読み替えるものとする。
新租税特別措置法第八十四条の五の規定は、平成二十八年四月一日以後に発生した自然災害に係る同条第一項に規定する被災代替建物の敷地の用に供される土地の取得をする場合における当該土地の所有権の移転若しくは地上権若しくは賃借権の設定若しくは移転又は同条第二項に規定する当該土地を目的とする抵当権の設定の登記に係る登録免許税について適用する。
新租税特別措置法第八十四条の五の規定は、被災者等が平成二十八年四月一日から施行日の前日までの間に発生した自然災害に係る同条第一項に規定する被災代替建物の敷地の用に供される土地の取得をした場合において、当該期間内に受けた当該土地の所有権の移転若しくは地上権若しくは賃借権の設定若しくは移転又は同条第二項に規定する当該土地を目的とする抵当権の設定の登記に係る登録免許税について準用する。この場合において、同条第一項中「については、財務省令で定めるところにより当該自然災害の発生した日から同日以後五年を経過する日までの間に受けるものに限り」とあるのは「のうち平成二十八年四月一日から所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）の施行の日の前日までの間に受けたものについては」と、同条第二項中「受ける」とあるのは「受けた」と、「行われる」とあるのは「行われた」と読み替えるものとする。
第九十条（納税義務の免除の規定の適用を受けない旨の届出等に関する特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第八十六条の五の規定は、同条第一項に規定する指定日が施行日以後に到来する場合における被災日（同項に規定する被災日をいう。以下この条において同じ。）の属する課税期間（消費税法第十九条第一項に規定する課税期間（同条第二項又は第四項の規定により一の課税期間とみなされる期間を含む。）をいう。以下この条において同じ。）から適用する。
前項の規定にかかわらず、施行日前に発生した特定非常災害（新租税特別措置法第八十六条の五第一項に規定する特定非常災害をいう。以下この条において同じ。）に係る国税通則法第十一条の規定の適用を受けた者のうち政令で定める者については、新租税特別措置法第八十六条の五の規定は、当該特定非常災害に係る国税通則法第十一条の規定により延長された期限として政令で定める日が施行日以後に到来する場合における被災日の属する課税期間から適用する。この場合における新租税特別措置法第八十六条の五の規定の適用については、同条第一項中「国税庁長官が当該特定非常災害の状況及び当該特定非常災害に係る国税通則法第十一条の規定による申告に関する期限の延長の状況を勘案して別に定める日」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）附則第九十条第二項に規定する政令で定める日」と、「を同項」とあるのは「を消費税法第九条第四項」とする。
前二項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる規定は、施行日前一年以内に発生した特定非常災害の被災者である事業者（消費税法第二条第一項第四号に規定する事業者をいう。以下この項において同じ。）のうち当該各号に定める事業者の施行日以後に終了する課税期間（前二項の規定により新租税特別措置法第八十六条の五の規定の適用を受ける課税期間を除く。）について適用する。
新租税特別措置法第八十六条の五第二項 被災日前に消費税法第九条第四項の規定による届出書を提出した事業者であって、当該特定非常災害に係る国税通則法第十一条の規定の適用を受けた事業者
新租税特別措置法第八十六条の五第四項 当該特定非常災害に係る国税通則法第十一条の規定の適用を受けた事業者
新租税特別措置法第八十六条の五第五項 次に掲げる事業者
新租税特別措置法第八十六条の五第六項 当該特定非常災害に係る国税通則法第十一条の規定の適用を受けた事業者
新租税特別措置法第八十六条の五第七項 次に掲げる事業者
被災日前に高額特定資産の仕入れ等を行った場合に該当していた事業者であって、当該特定非常災害に係る国税通則法第十一条の規定の適用を受けた事業者
新租税特別措置法第八十六条の五第九項 被災日前に消費税法第三十七条第一項の規定による届出書を提出した事業者であって、当該特定非常災害に係る国税通則法第十一条の規定の適用を受けた事業者
第九十一条（低アルコール分の蒸留酒類等に係る酒税の税率の特例に関する経過措置）
別段の定めがあるものを除き、令和二年十月一日前に課した、又は課すべきであった旧租税特別措置法第八十七条の二に規定する蒸留酒類及びリキュールに係る酒税については、なお従前の例による。
令和二年十月一日から令和八年九月三十日までの間に酒類の製造場から移出され、又は保税地域から引き取られる新租税特別措置法第八十七条の二に規定する蒸留酒類及びリキュールに係る同条の規定の適用については、同条第一号中「十一度」とあるのは「九度」と、「十万円」とあるのは「八万円」と、同条第二号中「十一度」とあるのは「九度」と、「十万円」とあるのは「八万円」と、「十度」とあるのは「八度」とする。
前項の場合において、所得税法等の一部を改正する法律（平成三十年法律第七号。以下この項において「所得税法等改正法」という。）第十五条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この項において「平成三十年新租税特別措置法」という。）第八十七条第一項（同条第二項の規定により読み替えて適用される場合を含む。）、新租税特別措置法第八十七条の三第一項、所得税法等改正法第十八条の規定による改正後の東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（以下この項において「新震災特例法」という。）第四十三条の二第一項及び所得税法等の一部を改正する法律（令和三年法律第十一号）第十三条の規定による改正後の東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（以下この項において「令和三年新震災特例法」という。）第四十三条第一項の規定の適用については、平成三十年新租税特別措置法第八十七条第一項中「次条」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）附則第九十一条第二項の規定により読み替えて適用される次条」と、新租税特別措置法第八十七条の三第一項中「前条」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）附則第九十一条第二項の規定により読み替えて適用される前条」と、新震災特例法第四十三条の二第一項及び令和三年新震災特例法第四十三条第一項中「第八十七条の二」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）附則第九十一条第二項の規定により読み替えて適用される租税特別措置法第八十七条の二」と、「同項」とあるのは「同法第八十七条第一項」とする。