第九十八条（振替国債の利子等の非課税等に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十七第一項の規定は、同項に規定する振替国債（第五項において「振替国債」という。）又は同条第一項に規定する振替地方債（第五項において「振替地方債」という。）につき支払を受ける利子でその計算期間の初日が平成二十二年六月一日以後であるもの及び施行日以後に取得する当該振替国債又は振替地方債につき支払を受ける同条第一項に規定する償還差益について適用し、旧租税特別措置法第六十七条の十七第一項に規定する振替国債又は振替地方債につき支払を受ける利子でその計算期間の初日が平成二十二年六月一日前であるもの及び施行日前に取得した当該振替国債又は振替地方債につき支払を受ける当該償還差益については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十七条の十七第二項の規定は、同項に規定する特定振替社債等（以下この項及び第五項において「特定振替社債等」という。）につき支払を受ける利子でその計算期間の初日が平成二十二年六月一日以後であるもの及び同日以後に取得する特定振替社債等につき支払を受ける同条第二項に規定する償還差益について適用する。
新租税特別措置法第六十七条の十七第三項の規定は、施行日以後に発行される同項に規定する民間国外債（第五項において「民間国外債」という。）につき支払を受ける利子及び同条第三項に規定する発行差金について適用し、施行日前に発行された旧租税特別措置法第六十七条の十七第二項に規定する民間国外債につき支払を受ける利子及び同項に規定する発行差金については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十七条の十七第六項の規定は、平成二十二年六月一日以後に発行される同項に規定する特定短期公社債（次項において「特定短期公社債」という。）につき支払を受ける同条第六項に規定する償還差益について適用し、同日前に発行された旧租税特別措置法第六十七条の十七第五項に規定する特定短期国債につき支払を受ける同項に規定する償還差益については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十七条の十七第八項及び第九項の規定は、振替国債又は振替地方債につき支払を受ける利子でその計算期間の初日が平成二十二年六月一日以後であるもの並びに施行日以後に取得する振替国債又は振替地方債につき支払を受ける同条第一項に規定する償還差益及びその償還（買入消却を含む。以下この項において同じ。）により生ずる損失の額、特定振替社債等につき支払を受ける利子でその計算期間の初日が平成二十二年六月一日以後であるもの並びに同日以後に取得する特定振替社債等につき支払を受ける同条第二項に規定する償還差益及びその償還により生ずる損失の額、施行日以後に発行される民間国外債につき支払を受ける利子及び同条第三項に規定する発行差金並びにその償還により生ずる同条第八項に規定する損失の額並びに平成二十二年六月一日以後に発行される特定短期公社債につき支払を受ける同条第六項に規定する償還差益及びその償還により生ずる損失の額について適用する。
第九十九条（適格合併等の範囲等に関する特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の二の三の規定は、平成二十二年十月一日以後に合併、分割又は株式交換が行われる場合における内国法人の事業年度分の法人税について適用し、同日前に合併、分割又は株式交換が行われた場合における内国法人の事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百条（特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の三の規定は、平成二十二年十月一日以後に合併、分割又は株式交換が行われる場合における法人の事業年度分の法人税について適用し、同日前に合併、分割又は株式交換が行われた場合における法人の事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百一条（特定目的信託に係る受託法人の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の三の二第六項の規定は、平成二十二年十月一日以後に解散する法人が支払を受ける同項に規定する特定目的信託の利益の分配の額について適用し、同日前に解散した法人が支払を受けた旧租税特別措置法第六十八条の三の二第六項に規定する特定目的信託の利益の分配の額については、なお従前の例による。
第百二条（特定投資信託に係る受託法人の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の三の三第六項の規定は、平成二十二年十月一日以後に解散する法人が支払を受ける同項に規定する特定投資信託の収益の分配の額について適用し、同日前に解散した法人が支払を受けた旧租税特別措置法第六十八条の三の三第六項に規定する特定投資信託の収益の分配の額については、なお従前の例による。
第百三条（株式等を分割法人と分割法人の株主等とに交付する分割の特例に関する経過措置）
平成二十二年十月一日前に旧租税特別措置法第六十八条の三の四第一項に規定する分割が行われた場合における法人の事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百四条（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除等に関する経過措置）
第百五条（連結法人がエネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十（第一項第二号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第九号に定める日以後に取得又は製作若しくは建設をする同項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第六十八条の十第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の十第九項の規定は、平成二十二年十月一日以後に解散が行われる場合における連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度分の法人税について適用し、同日前に解散が行われた場合における連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百六条（中小連結法人が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十一第七項の規定は、平成二十二年十月一日以後に解散が行われる場合における連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度分の法人税について適用し、同日前に解散が行われた場合における連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百七条（連結法人が事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十二（第一項第四号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作をする同号に定める機械及び装置並びに器具及び備品について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第六十八条の十二第一項第四号に定める機械及び装置並びに器具及び備品については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の十二（第一項第五号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作をする同号に定める減価償却資産について適用する。
新租税特別措置法第六十八条の十二第九項の規定は、平成二十二年十月一日以後に解散が行われる場合における連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度分の法人税について適用し、同日前に解散が行われた場合における連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百八条（連結法人が沖縄の特定地域において工業用機械等を取得した場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十三第五項の規定は、平成二十二年十月一日以後に解散が行われる場合における連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度分の法人税について適用し、同日前に解散が行われた場合における連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百九条（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十四第七項の規定は、平成二十二年十月一日以後に解散が行われる場合における連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度分の法人税について適用し、同日前に解散が行われた場合における連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。