第九十六条（物納による譲渡所得等の非課税に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十条の三の規定は、個人が施行日以後に行う同条に規定する物納について適用し、個人が施行日前に行った旧租税特別措置法第四十条の三に規定する物納については、なお従前の例による。
第九十七条（居住者に係る特定外国子会社等の留保金額の総収入金額算入に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十条の四第一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同項に規定する剰余金の配当等がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧租税特別措置法第四十条の四第一項に規定する利益の配当又は剰余金の分配がある場合については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十条の五第一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同項に規定する剰余金の配当等がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧租税特別措置法第四十条の五第一項に規定する利益の配当又は剰余金の分配がある場合については、なお従前の例による。
第九十八条（居住者に係る特定外国信託の留保金額の総収入金額算入に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十条の八第一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同項に規定する剰余金の配当等がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧租税特別措置法第四十条の八第一項に規定する利益の配当又は剰余金の分配がある場合については、なお従前の例による。
第九十九条（同居の特別障害者に係る扶養控除等の特例に関する経過措置）
平成十八年十二月三十一日以前に支払うべき所得税法第百八十三条第一項に規定する給与等について旧租税特別措置法第四十一条の十六第四項の規定により読み替えられた第十四条の規定による廃止前の経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律別表第一から別表第三までを適用する場合における当該給与等については、なお従前の例による。
第百条（所得税法の特例と定率による税額控除の特例との調整に関する経過措置）
平成十八年分の所得税につき新租税特別措置法第三条の三第四項後段、第八条の三第四項第一号、第九条、第十条、第十条の二第三項若しくは第四項、第十条の三第三項から第五項まで若しくは第十一項、第十条の四第三項から第五項まで若しくは第十一項、第十条の五第三項から第五項まで若しくは第十一項、第十条の六第三項から第五項まで若しくは第十一項、第十条の七、第二十五条、第二十八条の四、第二章第四節第二款から第八款まで、第三十七条の十から第三十七条の十三の三まで、第三十九条、第四十条の二第二項、同章第五節、第四十一条の七第二項又は第四十一条の十四から第四十一条の十九の二までの規定の適用がある個人については、旧租税特別措置法第四十二条の三の二の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第一項中「第三十七条の十四」とあるのは「第三十七条の十三の三」と、「第四十一条の十九」とあるのは「第四十一条の十九の二」と、「所得税等負担軽減措置法第六条」とあるのは「経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（以下この条において「所得税等負担軽減措置法」という。）第六条」とする。
第百一条（個人の譲渡所得の課税の特例に関する経過措置等と定率による税額控除の特例との調整）
附則第七十九条から第八十二条まで、第八十九条から第九十一条まで又は第九十三条の規定の適用がある場合における経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律第六条の規定の適用については、同法第二条第三号中「規定並びに」とあるのは、「規定、所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第七十九条から第八十二条まで、第八十九条から第九十一条まで及び第九十三条の規定並びに」とする。
第百二条（租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則）
第百三条（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の四第三項又は第七項に規定する法人のこれらの規定の適用を受けようとする事業年度又は当該事業年度開始の日の前日を含む事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される同条第一項に規定する試験研究費の額（当該事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される新租税特別措置法第六十八条の九第一項に規定する試験研究費の額）のうち、旧租税特別措置法第四十四条の三第一項に規定する開発研究用設備の償却費として損金の額に算入された金額がある場合における新租税特別措置法第四十二条の四第三項又は第七項の規定の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
第百四条（中小企業者等が機械等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の六の規定は、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同条第一項各号に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第四十二条の六第一項各号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
第百五条（情報基盤強化設備等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十一の規定は、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同条第一項に規定する情報基盤強化設備等について適用する。
第百六条（情報通信機器等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第四十二条の十一第一項に規定する情報通信機器等を同項に規定する事業の用に供した場合における法人税については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
| 第八項 | 第六項又は前項 | 第六項若しくは前項 |
| 控除される金額がある場合には、当該金額 | 控除される金額がある場合又は所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号。第十項において「平成十八年改正法」という。）第十三条の規定による改正後の租税特別措置法（第十一項及び第十二項において「新租税特別措置法」という。）第四十二条の十一第二項若しくは第三項の規定により当該事業年度の所得に対する法人税の額から控除される金額がある場合には、これらの金額 | |
| 第十項 | 第六十八条の十五第六項又は第七項 | 平成十八年改正法附則第百三十二条の規定によりなおその効力を有するものとされる平成十八年改正法第十三条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧効力措置法」という。）第六十八条の十五第六項又は第七項 |
| 第十一項 | 第六十八条の十五第二項 | 旧効力措置法第六十八条の十五第二項 |
| 次項、第四十二条の四第十一項 | 次項並びに新租税特別措置法第四十二条の四第十項 | |
| 前条第六項及び第七項 | 第四十二条の十第六項及び第七項、第四十二条の十一第六項及び第七項 | |
| 第六十八条の十五第七項 | 旧効力措置法第六十八条の十五第七項 | |
| 第六十八条の十五第九項 | 旧効力措置法第六十八条の十五第九項 | |
| 第十二項 | 第六十八条の十五第六項 | 旧効力措置法第六十八条の十五第六項 |
| 同法第六十六条第一項 | 法人税法第六十六条第一項 | |
| 前項、第四十二条の四第十一項 | 前項並びに新租税特別措置法第四十二条の四第十項 | |
| 前条第六項及び第七項 | 第四十二条の十第六項及び第七項、第四十二条の十一第六項及び第七項 | |
| 第十六項 | 第六十八条の十五第六項 | 旧効力措置法第六十八条の十五第六項 |
| 同法第二条第三十一号の三 | 法人税法第二条第三十一号の三 | |
| 第六十八条の十五第八項 | 旧効力措置法第六十八条の十五第八項 | |
| 第十七項 | 第六十七条第二項 | 第六十七条第三項 |
| 又は租税特別措置法第四十二条の十一第六項 | 又は所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第百六条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十三条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧効力単体措置法」という。）第四十二条の十一第六項 | |
| 及び租税特別措置法第四十二条の十一第六項 | 及び旧効力単体措置法第四十二条の十一第六項 | |
| 第十八項 | 租税特別措置法第四十二条の十一第十一項又は第十二項（ | 所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第百六条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十三条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧効力単体措置法」という。）第四十二条の十一第十一項又は第十二項（ |
| 同条第二項 | 同条第三項 | |
| 租税特別措置法第四十二条の十一第十一項又は第十二項」 | 旧効力単体措置法第四十二条の十一第十一項又は第十二項」 |