①施行日前に提出された旧租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する租税特別措置法第四十一条の二十一第五項に規定する特例適用申告書（当該特例適用申告書又は当該特例適用申告書につき提出された旧租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する旧租税特別措置法第四十一条の二十一第九項に規定する変更申告書の提出後に同項に規定する変更をした場合において、その変更をした日以後施行日の前日までに同項に規定する変更申告書の提出がされていないときにおける当該特例適用申告書を除く。）は、施行日において提出された新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する租税特別措置法第四十一条の二十一第五項に規定する特例適用申告書（第三項において「特例適用申告書」という。）とみなす。

②新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する新租税特別措置法第四十一条の二十一第十項の規定により読み替えられた租税特別措置法第四十一条の二十一第六項の規定は、新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する新租税特別措置法第四十一条の二十一第九項第一号に掲げる場合に該当することとなった日が施行日以後である場合について適用し、旧租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する旧租税特別措置法第四十一条の二十一第九項に規定する変更をした日が施行日前である場合については、なお従前の例による。

③新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する新租税特別措置法第四十一条の二十一第十一項から第十三項までの規定は、施行日以後に新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する新租税特別措置法第四十一条の二十一第十一項の配分の取扱者に対して行う同項に規定する電磁的方法による特例適用申告書に記載すべき事項及び新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する租税特別措置法第四十一条の二十一第五項に規定する財務省令で定める書類に記載されるべき事項又は新租税特別措置法第六十七条の十六第四項において準用する新租税特別措置法第四十一条の二十一第九項第一号に定める申告書に記載すべき事項及び同項に規定する添付書類に記載されるべき事項の提供について適用する。