①新租税特別措置法第六十八条の九第一項から第三項までの規定は、連結法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

②連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される旧租税特別措置法第六十八条の九第十二項第三号に規定する特別試験研究費の額については、なお従前の例による。

③連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度における旧租税特別措置法第六十八条の九第十二項第四号に規定する連結繰越税額控除限度超過額（同条第四項の規定により同号に規定する連結繰越税額控除限度超過額とみなされる金額を含む。）及び同条第十二項第八号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額（同条第八項において準用する同条第四項の規定により同号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額とみなされる金額を含む。）については、なお従前の例による。

④連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が法人税法第四条の五第一項の規定により同法第四条の二の承認を取り消された場合における当該承認を取り消された連結親法人又は当該承認を取り消された連結子法人の旧租税特別措置法第六十八条の九第十一項に規定する取消日前五年以内に開始した各連結事業年度のうち連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度に係る同項（附則第百十六条の規定による改正前の所得税法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五号）附則第七十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九の二第七項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）に規定する政令で定める金額については、なお従前の例による。

⑤施行日から附則第一条第十一号に定める日の前日までの間における第八条の規定（同号イに掲げる規定を除く。）による改正後の租税特別措置法第六十八条の九から第六十八条の十一まで、第六十八条の十三から第六十八条の十五の二まで及び第六十八条の十五の四から第六十八条の十五の七まで並びに新震災特例法第二十五条の二から第二十五条の三の三までの規定の適用については、第八条の規定（同号イに掲げる規定を除く。）による改正後の租税特別措置法第六十八条の九第六項第二号イ中「第六十八条の十五の二第二項、第六十八条の十五の三」とあるのは、「第六十八条の十五の二」とする。

⑥連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される旧租税特別措置法第六十八条の九の二第一項に規定する試験研究費の額がある場合における当該連結事業年度において旧租税特別措置法第六十八条の九第一項から第三項まで、第六項又は第七項の規定により控除を受ける金額については、なお従前の例による。