第百三十九条（連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の八十八第六項の規定は、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得の金額又は連結欠損金額について法人税法第二条第四十三号に規定する更正（以下この条において「更正」という。）又は同法第二条第四十四号に規定する決定（以下この条において「決定」という。）をする場合について適用し、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度の連結所得の金額又は連結欠損金額について更正又は決定をする場合については、なお従前の例による。
第百四十条（連結法人の国外支配株主等に係る負債の利子等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の八十九の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。この場合において、連結法人の施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了する連結事業年度における同条の規定の適用については、同条第一項中「資金供与者等に負債の利子等」とあるのは「資金供与者等（政令で定める者を除く。以下この条において同じ。）に負債の利子等（政令で定めるものを除く。以下この条において同じ。）」と、「国外支配株主等及び資金供与者等に対する負債」とあるのは「国外支配株主等及び資金供与者等に対する負債（政令で定める負債を除く。以下この条において同じ。）」とする。
第百四十一条（連結法人に係る特定外国子会社等の留保金額の益金算入に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同項に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項に規定する利益の配当又は剰余金の分配がある場合については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の九十二第一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同項に規定する剰余金の配当等がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧租税特別措置法第六十八条の九十二第一項に規定する利益の配当又は剰余金の分配がある場合については、なお従前の例による。
第百四十二条（連結法人に係る特定外国信託の留保金額の益金算入に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の九十三の四第一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同項第三号に規定する剰余金の配当等がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧租税特別措置法第六十八条の九十三の四第一項第三号に規定する利益の配当又は剰余金の分配がある場合については、なお従前の例による。
第百四十三条（特定の医療法人である連結親法人の法人税率の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の百第一項の規定は、連結法人の連結親法人事業年度が平成十九年一月一日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百四十四条（連結法人の転廃業助成金等に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の百二第二項（同条第十項において準用する場合を含む。）及び同条第四項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の会社法施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の会社法施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百四十五条（中小連結法人等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の百二の二の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第一項に規定する少額減価償却資産について適用する。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が平成十八年三月三十一日以前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第六十八条の百三の三第一項に規定する少額減価償却資産については、なお従前の例による。
第百四十六条（連結法人の株式交換又は株式移転に係る課税の特例に関する経過措置）
連結法人が平成十八年十月一日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の百四第一項に規定する特定子会社株式の同項に規定する株式交換等による移転及び旧租税特別措置法第六十八条の百五第一項に規定する子会社株式等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
連結法人が施行日から平成十八年九月三十日までの間に行う旧租税特別措置法第六十八条の百五第一項に規定する子会社株式等の譲渡に係る同条の規定の適用については、同条第四項中「第二条第十八号の二の規定の適用については同号イに規定する個別所得金額に、同法第八十一条の十三第二項及び第三項の規定の適用については」とあるのは「第八十一条の十三第二項及び第四項の規定の適用については、」と、「、それぞれ含まれる」とあるのは「含まれる」とする。
第百四十七条（特定の協同組合等である連結親法人の法人税率の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の百八第一項の規定は、連結法人の連結親法人事業年度が平成十九年一月一日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百四十八条（経営革新計画を実施する連結親法人である中小企業者に対する特定同族会社の特別税率の不適用に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の百九第一項の規定は、同項に規定する連結法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用する。
第百四十九条（連結親法人である中小企業者等に対する同族会社の特別税率の不適用に関する経過措置）
旧租税特別措置法第六十八条の百九第一項又は第二項に規定する連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百五十条（相続税及び贈与税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十九条の四第八項及び第六十九条の五第十四項の規定は、施行日以後に相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）により取得する財産（施行日以後に新相続税法第二十一条の九第五項に規定する特定贈与者の相続の開始があった場合において、新相続税法第二十一条の十六第一項の規定により同項に規定する相続により取得するものとみなされる財産を含む。）に係る相続税について適用し、施行日前に相続又は遺贈により取得した財産（施行日前に旧相続税法第二十一条の九第五項に規定する特定贈与者の相続の開始があった場合において、旧相続税法第二十一条の十六第一項の規定により同項に規定する相続により取得したものとみなされる財産を含む。）に係る相続税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第七十条の四の規定は、施行日以後に同条第二十九項各号に掲げる場合に該当することとなる同条第一項の規定の適用を受ける贈与税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第七十条の四第二十九項各号に掲げる場合に該当することとなった同条第一項の規定の適用を受けていた贈与税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第七十条の六（第三十三項に係る部分を除く。）の規定は、施行日以後に同条第三十五項各号に掲げる場合に該当することとなる同条第一項の規定の適用を受ける相続税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第七十条の六第三十五項各号に掲げる場合に該当することとなった同条第一項の規定の適用を受けていた相続税については、なお従前の例による。