第三十三条（株式交換又は株式移転に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の九の二から第六十七条の九の四までの規定は、法人が商法等の一部を改正する法律（平成十一年法律第百二十五号）の施行の日以後に行うこれらの規定に規定する移転又は譲渡に係る法人税について適用する。
第三十四条（銀行持株会社の創設等に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十二第一項の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十七条の十二第一項に規定する譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
第三十五条（一括登録国債の利子等の非課税に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条第一項の規定は、外国法人が支払を受ける同項に規定する利子でその計算期間の初日が平成十一年九月一日以後であるものについて適用する。
外国法人が施行日前に発行された旧租税特別措置法第六十八条第二項に規定する割引債について支払を受ける同項に規定する償還差益については、なお従前の例による。
第三十六条（相続税及び贈与税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十九条の三の規定は、平成十一年一月一日以後に相続又は遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この項において同じ。）により取得した同条第一項に規定する小規模宅地等に係る相続税について適用し、同日前に相続又は遺贈により取得した旧租税特別措置法第六十九条の三第一項に規定する小規模宅地等に係る相続税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第七十条の三第一項の規定は、平成十一年一月一日以後に贈与（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。以下この項において同じ。）により取得した財産に係る贈与税について適用し、同日前に贈与により取得した財産に係る贈与税については、なお従前の例による。
第三十七条（登録免許税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第七十七条の規定は、平成十二年一月一日以後に行われる同条に規定する贈与により取得する同条に規定する農地若しくは採草放牧地若しくは準農地の所有権又は当該農地若しくは採草放牧地の上に存する地上権、永小作権若しくは賃借権の移転又は設定の登記に係る登録免許税について適用し、同日前に行われた旧租税特別措置法第七十七条に規定する贈与により取得した同条に規定する農地若しくは採草放牧地若しくは準農地の所有権又は当該農地若しくは採草放牧地の上に存する地上権、永小作権若しくは賃借権の移転又は設定の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第七十七条の三の表の第三号の上欄に規定する農業を営む者が平成十三年三月三十一日までに同欄に規定する農林地所有権移転等促進事業により同欄に規定する土地を取得し、当該農業を営む者の農業の用に供した場合における当該土地の所有権の移転の登記については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条中「平成十一年三月三十一日」とあるのは「平成十三年三月三十一日」と、「大蔵省令」とあるのは「財務省令」とする。
施行日前に新造された旧租税特別措置法第七十九条第三項に規定する国際船舶についての同項に規定する所有権の保存の登記及び同条第四項に規定する抵当権の設定の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第八十条第一項の規定は、施行日以後にされる同項に規定する承認（同項に規定する事業革新法の規定による承認に限る。）に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税について適用し、施行日前にされた旧租税特別措置法第八十条第一項に規定する承認（特定事業者の事業革新の円滑化に関する臨時措置法（平成七年法律第六十一号）の規定による承認に限る。）に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第八十三条の七の規定は、施行日以後に同条に規定する特定目的会社が同条に規定する指名金銭債権を取得する場合の質権又は抵当権の移転の登記に係る登録免許税について適用する。
新租税特別措置法第八十四条の四の規定は、施行日以後に受ける同条に規定する不動産の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に受けた旧租税特別措置法第八十四条の四に規定する不動産の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
第三十八条（たばこ税の特例に関する経過措置）
平成十一年五月一日前に課した、又は課すべきであったたばこ税については、なお従前の例による。
たばこ税法（昭和五十九年法律第七十二号）第十一条第二項に規定する特定販売業者又は同法第二十七条第二項に規定する卸売販売業者が平成十一年五月一日前に保税地域から引き取られた製造たばこを同年四月一日から同月三十日までの間に政令で定めるところにより国税庁長官の承認を受けた場所に移入した場合には、当該製造たばこについては、当該特定販売業者又は卸売販売業者を当該製造たばこの製造たばこ製造者とみなし、当該承認を受けた場所を当該製造たばこの製造場とみなし、当該移入を当該製造たばこの製造場への戻入れとみなして、同法及び一般会計における債務の承継等に伴い必要な財源の確保に係る特別措置に関する法律（平成十年法律第百三十七号）の規定を適用する。
前項の承認の申請があった場合において、当該申請に係る場所につきたばこ税及びたばこ特別税の保全上不適当と認められる事情があるときには、国税庁長官は、その承認を与えないことができる。
平成十一年五月一日前にした行為及び第一項の規定によりなお従前の例によることとされるたばこ税に係る同日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第三十九条（沖縄路線航空機に積み込まれる航空機燃料に係る航空機燃料税の特例に関する経過措置）
平成十一年七月一日（以下この条において「指定日」という。）前に課した、又は課すべきであった航空機燃料税については、なお従前の例による。
指定日以後最初に航行する時において新租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する沖縄路線航空機である航空機に旧租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する税率により航空機燃料税が課された、又は課されるべき航空機燃料が現存する場合には、その時に、当該航空機の現存する場所において、当該航空機燃料が当該航空機から取卸しをされたものとみなし、かつ、新租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する税率により航空機燃料税が課されるべき航空機燃料が当該航空機に積み込まれたものとみなす。この場合において、当該航空機燃料に対する航空機燃料税法（昭和四十七年法律第七号）の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
指定日以後最初に航行する時において新租税特別措置法第九十条の八第二項に規定する一般国内航空機である航空機に旧租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する税率により航空機燃料税が課された、又は課されるべき航空機燃料が現存する場合には、その時に、当該航空機の現存する場所において、当該航空機燃料が当該航空機から取卸しをされたものとみなし、かつ、航空機燃料税法第十一条に規定する税率により航空機燃料税が課されるべき航空機燃料が当該航空機に積み込まれたものとみなす。この場合において、当該航空機燃料に対する同法の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
指定日以後最初に航行する時において新租税特別措置法第九十条の九第一項に規定する特定離島路線航空機である航空機に旧租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する税率により航空機燃料税が課された、又は課されるべき航空機燃料が現存する場合には、その時に、当該航空機の現存する場所において、当該航空機燃料が当該航空機から取卸しをされたものとみなし、かつ、新租税特別措置法第九十条の九第一項に規定する税率により航空機燃料税が課されるべき航空機燃料が当該航空機に積み込まれたものとみなす。この場合において、当該航空機燃料に対する航空機燃料税法の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十条（特定離島路線航空機に積み込まれる航空機燃料に係る航空機燃料税の特例に関する経過措置）
施行日前に課した、又は課すべきであった航空機燃料税については、なお従前の例による。
施行日以後最初に航行する時において新租税特別措置法第九十条の九第一項に規定する特定離島路線航空機である航空機に航空機燃料税法第十一条に規定する税率又は旧租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する税率により航空機燃料税が課された、又は課されるべき航空機燃料が現存する場合には、その時に、当該航空機の現存する場所において、当該航空機燃料が当該航空機から取卸しをされたものとみなし、かつ、新租税特別措置法第九十条の九第一項に規定する税率により航空機燃料税が課されるべき航空機燃料が当該航空機に積み込まれたものとみなす。この場合において、当該航空機燃料に対する航空機燃料税法の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十一条（利子税等の割合の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第七章の規定は、新租税特別措置法第九十六条に規定する利子税等のうち平成十二年一月一日以後の期間に対応するものについて適用し、当該利子税等のうち同日前の期間に対応するものについては、なお従前の例による。
税務署長は、平成十二年一月一日前に相続税法（昭和二十五年法律第七十三号）第三十八条第一項又は第四十三条第五項の規定による延納の許可をした相続税額（租税特別措置法の一部を改正する法律（平成五年法律第十号。以下この項において「平成五年改正法」という。）附則第十八条第二項、租税特別措置法の一部を改正する法律（平成三年法律第十六号。以下この項において「平成三年改正法」という。）附則第十九条第十八項又は所得税法等の一部を改正する法律（昭和六十三年法律第百九号。以下この項において「昭和六十三年改正法」という。）附則第七十六条第三項の規定の適用を受けているものに限る。）に係る利子税のうち同日以後の期間に対応するものについては、平成五年改正法附則第十八条第二項、平成三年改正法附則第十九条第十八項及び昭和六十三年改正法附則第七十六条第三項の規定にかかわらず、新租税特別措置法第九十三条第二項の規定に準じて計算するものとする。