第二十七条（法人の準備金に関する経過措置）
新租税特別措置法第五十五条の規定は、法人が施行日以後に取得する同条第一項に規定する特定株式等について適用し、法人が施行日前に取得した旧租税特別措置法第五十五条第一項に規定する特定株式等については、なお従前の例による。
沖縄振興開発特別措置法第十六条第四項に規定する内国法人が施行日から平成十四年三月三十一日までの間に取得する同項に規定する株式又は出資については、旧租税特別措置法第五十五条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第八項中「大蔵省令」とあるのは、「財務省令」とする。
旧租税特別措置法第五十五条の六第一項に規定する法人で施行日前に開始した事業年度において同項の規定により積み立てた海洋油田・ガス田廃鉱準備金の金額を有するものの施行日以後に開始する事業年度の所得の金額の計算については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「平成十二年三月三十一日」とあるのは「平成十七年三月三十一日」と、同条第七項中「第五十五条の六第一項」とあるのは「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第二十七条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第五十五条の六第一項」と、同条第八項中「平成十二年三月三十一日」とあるのは「平成十七年三月三十一日」とする。
新租税特別措置法第五十六条の二第一項に規定する大規模な事業者として財務省令で定める法人が施行日前に開始した事業年度において旧租税特別措置法第五十六条の二第一項の規定により積み立てたガス熱量変更準備金の金額の益金の額への算入については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第五十六条の三第一項の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。この場合において、法人の施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了する事業年度における同項の規定の適用については、同項中「十三万円」とあるのは、「十五万円」とする。
旧租税特別措置法第五十七条の二第一項に規定する法人が施行日前に開始した事業年度において同項の規定により積み立てた渇水準備金の金額及び施行日から平成十四年三月三十一日までの間に開始する各事業年度において積み立てる渇水準備金の金額については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「第二条第一項第七号」とあるのは「第二条第一項第九号」と、「いずれか低い金額」とあるのは「いずれか低い金額（平成十一年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に開始する事業年度については当該いずれか低い金額の百分の七十五に相当する金額とし、同年四月一日から平成十三年三月三十一日までの間に開始する事業年度については当該いずれか低い金額の百分の五十に相当する金額とし、同年四月一日から平成十四年三月三十一日までの間に開始する事業年度については当該いずれか低い金額の百分の二十五に相当する金額とする。）」と、同条第八項中「第五十七条の二第一項」とあるのは「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第二十七条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第五十七条の二第一項」とする。
第二十八条（法人の技術等海外取引に係る所得の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第五十八条の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。この場合において、法人の施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了する事業年度における同条第一項の規定の適用については、同項中「総収入金額のうちに」とあるのは「総収入金額のうちに租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法第五十八条第一項に規定する技術等海外取引又は」と、「当該収入金額の百分の十二」とあるのは「当該事業年度開始の日から平成十一年三月三十一日までの期間内の同条第二項各号に掲げる取引による収入金額の百分の六（同項第二号に掲げる取引によるものについては、百分の十二）に相当する金額と同年四月一日から当該事業年度終了の日までの期間内の技術等海外取引による収入金額の百分の十二」と、「金額（当該金額」とあるのは「金額との合計額（当該合計額」とする。
第二十九条（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第三号の規定は、法人が平成十一年一月一日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十八号の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二十号の上欄のイ又は同表の第二十一号の上欄のイ若しくはハに掲げる法人が施行日前に行った同表の第二十号の上欄又は同表の第二十一号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二十号の上欄のイに掲げる法人が施行日から同欄のイの承認を受けた日以後三年を経過する日までの間に行う同欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、同条から第六十五条の九まで（同欄のイに係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同欄のイ中「平成十一年三月三十一日まで」とあるのは「中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）の施行の日の前日まで」と、旧租税特別措置法第六十五条の七第五項及び第六項中「大蔵省令」とあるのは「財務省令」と、同条第七項中「第四十二条の四第二項から第四項まで、第四十二条の九及び第四十二条の十の規定並びに第四十二条の五から第四十二条の八まで、第四十二条の十二から第四十五条の二まで及び第四十六条の三から第五十条まで並びにこれらの規定に係る第五十二条の三第一項の規定」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法第五十三条第一項各号に掲げる規定（同法第四十六条及び第四十六条の二第一項並びにこれらの規定に係る同法第五十二条の三の規定を除く。）」と、旧租税特別措置法第六十五条の八第七項中「大蔵省令」とあるのは「財務省令」とする。
第四項の規定の適用がある場合における新租税特別措置法第六十二条の三、第六十五条の三から第六十五条の五まで及び第六十五条の十の規定の適用については、新租税特別措置法第六十二条の三第九項中「又は第六十四条」とあるのは「、第六十四条」と、「第六十六条の規定」とあるのは「第六十六条の規定又は租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第二十九条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「平成十一年旧法」という。）第六十五条の七から第六十五条の九までの規定」と、「又は第六十五条の十四第四項の規定」とあるのは「若しくは第六十五条の十四第四項の規定又は平成十一年旧法第六十五条の七第四項（平成十一年旧法第六十五条の八第六項において準用する場合を含む。）若しくは第六十五条の八第三項若しくは第四項の規定」と、新租税特別措置法第六十五条の三第一項、第六十五条の四第一項及び第六十五条の五第一項中「第六十五条の九まで」とあるのは「第六十五条の九まで若しくは平成十一年旧法第六十五条の七から第六十五条の九まで」と、新租税特別措置法第六十五条の十第一項各号中「又は前三条」とあるのは「若しくは前三条又は平成十一年旧法第六十五条の七から第六十五条の九まで」とする。
新租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二十三号の規定は、法人が施行日以後に行う同号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二十三号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の十一第一項の規定は、法人が平成十一年一月一日以後に行う同項に規定する土地等の交換又は譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の十一第一項に規定する土地等の交換又は譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
第三十条（鉱工業技術研究組合等の所得計算の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の十第一項第二号の規定は、同号に掲げる組合等又は特定組合等が中小企業経営革新支援法の施行の日以後に取得又は製作をする同号に定める固定資産について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の十第一項第二号に掲げる商工組合等、同項第三号に掲げる特定組合若しくは特定商工組合等又は同項第八号に掲げる組合等が同日前に取得又は製作をしたこれらの規定に定める固定資産については、なお従前の例による。
第三十一条（欠損金の繰越期間の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の十二第一項の規定は、法人が施行日以後に行う設備の廃棄に係る同項の設備廃棄による欠損金額について適用し、法人が施行日前に行った設備の廃棄に係る旧租税特別措置法第六十六条の十二第一項に規定する設備廃棄による欠損金額については、なお従前の例による。
第三十二条（欠損金の繰戻しによる還付の不適用に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の十四（同条第一号に係る部分に限る。）の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度において生じた同条に規定する欠損金額について適用する。
法人の中小企業経営革新支援法の施行の日前に終了する事業年度において生じた旧租税特別措置法第六十六条の十四に規定する欠損金額については、なお従前の例による。