第二十一条（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に関する経過措置等と定率による税額控除の特例との調整）
附則第六条から第九条まで、第十四条又は第十八条の規定の適用がある場合における経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成十一年法律第八号。以下「所得税等負担軽減措置法」という。）第六条の規定の適用については、所得税等負担軽減措置法第二条第三号中「規定並びに」とあるのは、「規定、租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第六条から第九条まで、第十四条及び第十八条の規定並びに」とする。
附則第十八条の規定の適用がある場合における所得税等負担軽減措置法第十二条の規定の適用については、同条第二項中「規定を」とあるのは「規定（租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第十八条の規定の適用がある場合には、当該規定を含む。）を」と、「同条第二号」とあるのは「所得税法第百九十条第二号」とする。
第二十二条（租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則）
第二十三条（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の五の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第四十二条の五第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等については、なお従前の例による。
前項の規定によりなお従前の例によることとされる旧租税特別措置法第四十二条の五第二項に規定する法人が同条第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等の取得又は製作若しくは建設をした場合における新租税特別措置法第四十二条の四から第四十二条の十二までの規定の適用については、新租税特別措置法第四十二条の四第一項、第四十二条の五第二項、第四十二条の六第二項、第四十二条の七第二項、第四十二条の八第二項、第四十二条の九第一項、第四十二条の十第一項、第四十二条の十一第一項及び第四十二条の十二第二項中「第六十八条の二」とあるのは、「第六十八条の二並びに租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第二十三条第一項」とする。
第二十四条（事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の七（同条第一項第六号に係る部分に限る。）の規定は、同号に掲げる法人が持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律の施行の日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同項に規定する事業基盤強化設備について適用し、旧租税特別措置法第四十二条の七第一項第六号に掲げる法人が同日前に取得若しくは製作又は賃借をした同項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十二条の七（同条第一項第七号に係る部分に限る。）の規定は、同号に掲げる法人が中小企業経営革新支援法の施行の日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同項に規定する事業基盤強化設備について適用し、旧租税特別措置法第四十二条の七第一項第七号に掲げる法人が同日前に取得若しくは製作又は賃借をした同項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
第二十五条（中小企業者等が機械等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十二の規定は、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同条第一項に規定する特定機械装置等について適用し、法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第四十二条の十二第一項に規定する特定機械装置等については、なお従前の例による。
第二十六条（法人の減価償却に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十三条第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする同項に規定する特定設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十三条第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十三条の三第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は建設をする同項に規定する特定中核的民間施設について適用し、法人が施行日前に取得又は建設をした旧租税特別措置法第四十三条の三第一項に規定する特定中核的民間施設については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十四条の四第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする同項に規定する事業革新設備について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第四十四条の四第一項に規定する事業革新設備については、なお従前の例による。
法人が平成十一年三月三十一日以前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条の六第一項（同項の表の第三号に係る部分に限る。）に規定する特定電気通信設備については、なお従前の例による。
法人が平成十一年五月三十一日以前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条の六第一項（同項の表の第五号に係る部分に限る。）に規定する特定電気通信設備については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十五条の二第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする同項に規定する医療用機器等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第四十五条の二第二項に規定する医療用機器等については、なお従前の例による。
施行日から中小企業経営革新支援法の施行の日の前日までの間における新租税特別措置法第四十六条第一項の規定の適用については、同項中「百分の二十七（当該資産が第一号に定める漁船である場合には、百分の十六）」とあるのは、「百分の十六」とする。
中小企業経営革新支援法の施行の日前に旧租税特別措置法第四十六条第一項第一号に規定する中小企業構造改善計画につき同号の承認を受けた同号の商工組合等の構成員である法人の有する同号に定める減価償却資産については、同条の規定（同号に係る部分に限る。）は、なおその効力を有する。この場合において、同号中「平成十一年三月三十一日」とあるのは「中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）の施行の日の前日」と、「同法」とあるのは「中小企業近代化促進法」とする。
中小企業経営革新支援法の施行の日以後における前項の規定の適用については、同項中「「平成十一年三月三十一日」とあるのは「中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）」とあるのは「「中小企業近代化促進法第二条」とあるのは「中小企業経営革新支援法（平成十一年法律第十八号）附則第二条の規定による廃止前の中小企業近代化促進法（昭和三十八年法律第六十四号。以下「旧中小企業近代化促進法」という。）第二条」と、「平成十一年三月三十一日」とあるのは「中小企業経営革新支援法」と、「「中小企業近代化促進法」」とあるのは「「旧中小企業近代化促進法」と、「中小企業近代化促進法第四条第一項」とあるのは「旧中小企業近代化促進法第四条第一項」」とする。
施行日から平成十三年十二月三十一日までの間に沖縄振興開発特別措置法第二十条第一項に規定する構造改善計画につき同項又は同条第二項の承認を受ける同条第一項の商工組合等の構成員である法人の有する旧租税特別措置法第四十六条第一項第一号に定める減価償却資産については、同条の規定（同号に係る部分に限る。）は、なおその効力を有する。
第十二項の規定の適用がある場合における租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第七号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法第五十二条の二及び第五十二条の三の規定の適用については、同法第五十二条の二第一項中「又は第四十四条の九から第四十八条まで」とあるのは、「若しくは第四十四条の九から第四十八条まで又は租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第二十六条第十二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第四十六条」とする。
旧租税特別措置法第四十六条第一項第二号に規定する構造改善事業計画又は構造改善円滑化計画につき同号の承認を受けた同号の特定組合又は特定商工組合等の構成員である法人が平成十一年六月三十日以前に終了する事業年度において有する同号に定める減価償却資産については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十七条第三項の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする同項に規定する特定再開発建築物等について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第四十七条第三項に規定する特定再開発建築物等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第五十条第一項の規定は、法人が施行日以後に同項に規定する植林費を支出する場合について適用し、法人が施行日前に旧租税特別措置法第五十条第一項に規定する植林費を支出した場合については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第五十二条第一項第二号の規定は、法人が中小企業経営革新支援法の施行の日以後に支出する同号に定める負担金について適用し、法人が同日前に支出した旧租税特別措置法第五十二条第一項第二号、第三号又は第八号に定める負担金については、なお従前の例による。