第六十九条（法人の資産の譲渡の場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十四条（第一項第三号の七に係る部分に限る。）の規定は、法人が平成二十九年一月一日以後に同号に規定する住宅被災市町村となった市町村の区域において施行される同号に規定する第二種市街地再開発事業の施行区域内にある同号の土地等の同日以後に行う譲渡に係る法人税について適用する。
新租税特別措置法第六十四条の二第十一項（新租税特別措置法第六十五条第三項において準用する場合を含む。）の規定は、平成二十九年十月一日以後に行われる十月新法人税法第二条第十二号の十六に規定する株式交換等について適用し、同日前に行われた株式交換については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十四条の二第十七項（新租税特別措置法第六十五条第三項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定は、法人の新租税特別措置法第六十四条の二第十七項に規定する指定期間の末日が施行日以後である同条第一項に規定する収用等又は新租税特別措置法第六十五条第一項に規定する換地処分等に係る新租税特別措置法第六十四条の二第七項に規定する特別勘定について適用する。
新租税特別措置法第六十五条の四（同条第一項第二十号の被災市街地復興特別措置法の規定による買取りに係る部分に限る。）の規定は、法人が平成二十九年一月一日以後に都市計画決定がされた都市計画に定められた被災市街地復興推進地域内にある同号の土地等の同日以後に行う譲渡に係る法人税について適用する。
新租税特別措置法第六十五条の四（第一項第二十一号の二及び第二項に係る部分に限る。）の規定は、法人が平成二十九年一月一日以後に都市計画決定がされた都市計画に定められた被災市街地復興推進地域において同号の被災市街地復興土地区画整理事業が施行される場合における同号の保留地の対価の額に対応する部分の同日以後に行う譲渡に係る法人税について適用する。
新租税特別措置法第六十五条の七から第六十五条の九まで（新租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第一号及び第八号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に同表の第一号又は第八号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、施行日以後にこれらの号の下欄に掲げる資産の取得（建設及び製作を含む。以下この項において同じ。）をする場合の当該資産及び当該資産に係る新租税特別措置法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定について適用し、法人が施行日前に旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第一号又は第十号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における施行日前に取得をしたこれらの号の下欄に掲げる資産又は施行日以後に取得をするこれらの号の下欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る旧租税特別措置法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定並びに法人が施行日以後にこれらの号の上欄に掲げる資産の譲渡をする場合における施行日前に取得をしたこれらの号の下欄に掲げる資産については、第十一項に規定する場合を除き、なお従前の例による。
法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二号又は第七号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
平成二十八年十二月一日から施行日の前日までの間に令和四年旧基盤強化法第十五条第一項の規定により同項に規定する同意市町村の農業委員会に対して旧基盤強化法第四条第四項第一号に規定する利用権の設定等（所有権の移転に限る。以下この項において「利用権の設定等」という。）を受けたい旨の申出又は利用権の設定等についてあっせんを受けたい旨の申出をした法人が施行日から平成三十一年三月三十一日までの間に譲渡をする旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二号又は第七号の上欄に掲げる資産については、同条並びに旧租税特別措置法第六十五条の八第一項、第四項から第九項まで及び第十一項から第十九項まで並びに第六十五条の九（これらの号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、旧租税特別措置法第六十五条の七第一項中「平成二十九年三月三十一日」とあるのは「平成三十一年三月三十一日」と、同表の第七号の上欄中「同法第十九条の規定による公告があつた同条の」とあるのは「農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する法律（令和四年法律第五十六号）附則第五条第二項に規定する」と、同条第四項中「連結事業年度において第六十八条の七十八第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度（以下この条及び次条において「連結事業年度」という。）において所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）附則第八十四条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条及び次条において「旧効力連結措置法」という。）第六十八条の七十八第一項」と、「、第六十八条の七十八第一項」とあるのは「、旧効力連結措置法第六十八条の七十八第一項」と、同条第十二項中「第六十八条の七十八第一項」とあるのは「旧効力連結措置法第六十八条の七十八第一項」と、旧租税特別措置法第六十五条の八第一項中「平成二十九年三月三十一日」とあるのは「平成三十一年三月三十一日」と、同条第十四項及び第十五項中「第六十八条の七十九第八項」とあるのは「旧効力連結措置法第六十八条の七十九第八項」と、「、第六十八条の七十八第一項」とあるのは「、旧効力連結措置法第六十八条の七十八第一項」と、旧租税特別措置法第六十五条の九中「平成二十九年三月三十一日」とあるのは「平成三十一年三月三十一日」とする。
前項の規定の適用がある場合における租税特別措置法第六十五条の三から第六十五条の五の二まで、第六十五条の七から第六十五条の十まで及び第六十六条の二の規定の適用については、同法第六十五条の三第一項中「第六十五条の九まで」とあるのは「第六十五条の九まで若しくは所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）附則第六十九条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧効力措置法」という。）第六十五条の七から第六十五条の九まで」と、同法第六十五条の四第一項、第六十五条の五第一項及び第六十五条の五の二第一項中「第六十五条の九まで」とあるのは「第六十五条の九まで若しくは旧効力措置法第六十五条の七から第六十五条の九まで」と、同法第六十五条の七第一項の表の第一号の上欄中「超えるもの」とあるのは「超えるもの（旧効力措置法第六十五条の七第一項の表の第二号の上欄に掲げる資産にも該当するものを除く。）」と、同法第六十五条の十第一項第一号中「又は前三条」とあるのは「若しくは前三条又は旧効力措置法第六十五条の七から第六十五条の九まで」と、「同法」とあるのは「農業振興地域の整備に関する法律」と、同項第二号中「又は前三条」とあるのは「若しくは前三条又は旧効力措置法第六十五条の七から第六十五条の九まで」と、「同法」とあるのは「集落地域整備法」と、同項第三号中「又は前三条」とあるのは「若しくは前三条又は旧効力措置法第六十五条の七から第六十五条の九まで」と、「ともに同法」とあるのは「ともに農住組合法」と、同法第六十六条の二第十四項第二号ハ中「又は第六十五条の八」とあるのは「若しくは第六十五条の八又は旧効力措置法第六十五条の七若しくは第六十五条の八」とする。
第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧租税特別措置法（以下この項において「旧効力措置法」という。）第六十五条の八第一項の特別勘定（所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度（第十三項において「連結事業年度」という。）において設けた附則第八十四条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧租税特別措置法第六十八条の七十九第一項の特別勘定を含む。）を設けている法人が、法人税法第六十四条の十一第一項に規定する内国法人、同法第六十四条の十二第一項に規定する他の内国法人又は同法第六十四条の十三第一項に規定する通算法人（同項第一号に掲げる要件に該当するものに限る。）に該当することとなった場合において、同法第六十四条の十一第一項に規定する通算開始直前事業年度、同法第六十四条の十二第一項に規定する通算加入直前事業年度又は同法第六十四条の十三第一項に規定する通算終了直前事業年度終了の時に旧効力措置法第六十五条の八第四項第一号に規定する特別勘定の金額（政令で定める金額未満のものを除く。）を有しているときは、当該特別勘定の金額は、当該通算開始直前事業年度、当該通算加入直前事業年度又は当該通算終了直前事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
その有する旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十号の上欄に掲げる資産のうち漁業（水産動植物の採捕又は養殖の事業をいう。）の用に供されるものにつき施行日前に漁船法第二十七条の規定により農林水産大臣に対して試験の依頼をした法人が、施行日から令和元年十二月三十一日までの間に譲渡をする当該資産については、旧租税特別措置法第六十五条の七、第六十五条の八第一項、第四項から第九項まで及び第十一項から第十九項まで並びに第六十五条の九（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、旧租税特別措置法第六十五条の七第一項中「平成二十九年三月三十一日」とあるのは「令和元年十二月三十一日」と、同条第四項中「連結事業年度において第六十八条の七十八第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度（以下この条及び次条において「連結事業年度」という。）において所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）附則第八十四条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条及び次条において「旧効力連結措置法」という。）第六十八条の七十八第一項」と、「、第六十八条の七十八第一項」とあるのは「、旧効力連結措置法第六十八条の七十八第一項」と、同条第十二項中「おいて第六十八条の七十八第一項」とあるのは「おいて旧効力連結措置法第六十八条の七十八第一項」と、「又は同条第一項」とあるのは「又は旧効力連結措置法第六十八条の七十八第一項」と、旧租税特別措置法第六十五条の八第一項中「平成二十九年三月三十一日」とあるのは「令和元年十二月三十一日」と、同条第十四項及び第十五項中「第六十八条の七十九第八項」とあるのは「旧効力連結措置法第六十八条の七十九第八項」と、「又は第六十八条の七十八第一項」とあるのは「又は旧効力連結措置法第六十八条の七十八第一項」と、旧租税特別措置法第六十五条の九中「平成二十九年三月三十一日」とあるのは「令和元年十二月三十一日」とする。
前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧租税特別措置法（以下この項において「旧効力措置法」という。）第六十五条の八第一項の特別勘定（連結事業年度において設けた附則第八十四条第十一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧租税特別措置法第六十八条の七十九第一項の特別勘定を含む。）を設けている法人が、法人税法第六十四条の十一第一項に規定する内国法人、同法第六十四条の十二第一項に規定する他の内国法人又は同法第六十四条の十三第一項に規定する通算法人（同項第一号に掲げる要件に該当するものに限る。）に該当することとなった場合において、同法第六十四条の十一第一項に規定する通算開始直前事業年度、同法第六十四条の十二第一項に規定する通算加入直前事業年度又は同法第六十四条の十三第一項に規定する通算終了直前事業年度終了の時に旧効力措置法第六十五条の八第四項第一号に規定する特別勘定の金額（政令で定める金額未満のものを除く。）を有しているときは、当該特別勘定の金額は、当該通算開始直前事業年度、当該通算加入直前事業年度又は当該通算終了直前事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
新租税特別措置法第六十五条の八第十一項の規定は、平成二十九年十月一日以後に行われる十月新法人税法第二条第十二号の十六に規定する株式交換等について適用し、同日前に行われた株式交換については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の八第十九項の規定は、法人の同項に規定する取得指定期間の末日が施行日以後である同条第一項に規定する譲渡をした資産に係る同条第七項に規定する特別勘定について適用する。
新租税特別措置法第六十五条の十二第十二項の規定は、平成二十九年十月一日以後に行われる十月新法人税法第二条第十二号の十六に規定する株式交換等について適用し、同日前に行われた株式交換については、なお従前の例による。