第四十四条（寡婦控除の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十七第二項の規定により読み替えられた所得税法第二百三条の三の規定は、平成二十五年一月一日以後に支払うべき同法第二百三条の二に規定する公的年金等について適用し、同日前に支払うべき当該公的年金等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十一条の十七第二項の規定により読み替えられた所得税法第二百三条の五第一項第二号の規定は、平成二十五年一月一日以後に提出する同条第八項に規定する公的年金等の受給者の扶養親族等申告書について適用する。
第四十五条（特定新規中小会社が発行した株式を取得した場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十九第一項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、同項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が附則第一条第十一号に定める日以後に払込みにより取得をする同項に規定する特定新規株式について適用する。
第四十六条（既存住宅の耐震改修をした場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十九の二の規定は、居住者が施行日以後に同条第一項に規定する住宅耐震改修に係る契約を締結する場合について適用し、居住者が施行日前に旧租税特別措置法第四十一条の十九の二第一項に規定する住宅耐震改修に係る契約を締結した場合については、なお従前の例による。
第四十七条（既存住宅に係る特定の改修工事をした場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十九の三（第一項第二号に係る部分に限る。）の規定は、居住者が施行日以後に同項に規定する改修工事に係る契約を締結する場合について適用し、居住者が施行日前に旧租税特別措置法第四十一条の十九の三第一項に規定する改修工事に係る契約を締結した場合については、なお従前の例による。
第四十八条（外国金融機関等の債券現先取引等に係る利子の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の二第一項の規定は、同項に規定する外国金融機関等が施行日以後に開始する同項に規定する債券現先取引又は証券貸借取引につき支払を受ける同項に規定する特定利子について適用し、旧租税特別措置法第四十二条の二第一項に規定する外国金融機関等が施行日前に開始した同項に規定する債券現先取引につき支払を受ける同項に規定する特定利子については、なお従前の例による。
第四十九条（支払調書等の提出の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の二の二第一項及び第三項（同条第一項に係る部分に限る。）の規定は、平成二十六年一月一日以後に提出すべき同条第一項に規定する調書等について適用する。
新租税特別措置法第四十二条の二の二第二項及び第三項（同条第二項に係る部分に限る。）の規定は、平成二十四年一月一日以後に提出する同条第二項に規定する光ディスク等について適用する。
平成二十四年一月一日前において旧租税特別措置法第九条の四の二第三項、第二十九条の二第七項、第三十七条の十一の三第十項又は第四十一条の十二第二十三項の規定に基づき受けたこれらの規定に規定する税務署長の承認については、新租税特別措置法第四十二条の二の二第二項の規定に基づき受けた同項に規定する税務署長の承認とみなして、同項の規定を適用する。
平成二十五年一月一日から同年十二月三十一日までの間における新租税特別措置法第四十二条の二の二第二項及び第三項の規定の適用については、同条第二項中「調書等を」とあるのは「第九条の四の二第二項、第二十九条の二第五項若しくは第六項、第二十九条の三第四項若しくは第五項、第三十七条の十一の三第七項又は第四十一条の十二第二十一項若しくは第二十二項の規定により提出するこれらの規定に規定する調書及び報告書（以下この条において「調書等」という。）を」と、「、第三十七条の十四第十五項若しくは」とあるのは「若しくは」と、同条第三項中「、第三十七条の十四第十五項又は」とあるのは「又は」と、「第三十七条の十四第十七項から第二十一項まで、第四十一条の十二第二十四項」とあるのは「第四十一条の十二第二十四項」とする。
第五十条（租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則）
別段の定めがあるものを除き、新租税特別措置法第三章の規定は、法人の平成二十三年四月一日以後に開始する事業年度（施行日前に終了する事業年度を除く。）分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同年四月一日以後に開始する連結事業年度（施行日前に終了する連結事業年度を除く。）分の法人税について適用し、法人の同年四月一日前に開始した事業年度（同日以後に開始し、かつ、施行日前に終了する事業年度を含む。）分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同年四月一日前に開始した連結事業年度（同日以後に開始し、かつ、施行日前に終了する連結事業年度を含む。）分の法人税については、なお従前の例による。
第五十一条（エネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の五の二の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第一項に規定するエネルギー環境負荷低減推進設備等について適用する。
第五十二条（国際戦略総合特別区域において機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十一の規定は、法人が附則第一条第十一号に定める日以後に取得又は製作若しくは建設をする新租税特別措置法第四十二条の十一第一項に規定する特定機械装置等について適用する。
第五十三条（法人の減価償却に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十三条第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする同項に規定する特定設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十三条第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十三条の二第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する研究施設について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十三条の二第一項に規定する研究施設については、なお従前の例による。
法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条第一項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十四条の三第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する共同利用施設について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条の四第一項に規定する共同利用施設については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十五条の二第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする同項に規定する医療用機器等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第四十五条の二第一項に規定する医療用機器等については、なお従前の例による。
法人が施行日前に取得又は建設をした旧租税特別措置法第四十五条の二第二項に規定する特定増改築施設については、なお従前の例による。
法人が施行日前に取得又は建設をした旧租税特別措置法第四十五条の二第三項に規定する建替え病院用等建物については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十六条の二の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第四十六条の二第二項に規定する障害者対応設備等については、なお従前の例による。
法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十六条の四第一項に規定する事業所内託児施設等については、同条の規定は、なおその効力を有する。
新租税特別措置法第四十七条の規定は、法人が附則第一条第九号に定める日以後に取得又は新築をする新租税特別措置法第四十七条第一項に規定するサービス付き高齢者向け賃貸住宅について適用する。
法人が附則第一条第九号に定める日前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第四十七条第一項に規定する高齢者向け優良賃貸住宅については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第二項中「第六十八条の三十四第一項」とあるのは、「現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第八十二号）附則第六十八条第十三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十七条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十四第一項」とする。
法人が施行日前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第四十七条の二第三項第三号に掲げる建築物については、同条（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第二項中「第六十八条の三十五第一項」とあるのは、「現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第八十二号）附則第六十八条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十七条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十五第一項」とする。
法人が施行日前に支出した旧租税特別措置法第五十二条第一項に規定する植林費については、なお従前の例による。
第五十四条（国際戦略総合特別区域における指定特定事業法人の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十条の二の規定は、法人の附則第一条第十一号に定める日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。
第五十五条（認定研究開発事業法人等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十条の三の規定は、法人の附則第一条第十号に定める日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。