①新租税特別措置法第六十八条の八十八第八項、第十項（第九項に係る部分を除く。）及び第十一項の規定は、平成二十五年一月一日以後に同条第八項に規定する同種の事業を営む者に対して行う質問、検査又は提示若しくは提出の要求（同項に規定する連結法人につき同日前から引き続き行われている調査（同日前に当該連結法人に対して当該調査に係る旧法人税法第百五十三条又は旧法人税法第百五十五条において準用する旧法人税法第百五十三条の規定による質問又は検査を行っていたものに限る。以下この項において「経過措置調査」という。）に係るものを除く。）について適用し、同日前に旧租税特別措置法第六十八条の八十八第八項に規定する同種の事業を営む者に対して行った同項の規定による質問又は検査（経過措置調査に係るものを含む。）については、なお従前の例による。

②新租税特別措置法第六十八条の八十八第九項及び第十項（第九項に係る部分に限る。）の規定は、平成二十五年一月一日以後に提出される同条第九項に規定する帳簿書類について適用する。

③新租税特別措置法第六十八条の八十八第十七項の規定は、施行日以後に国税通則法第二十三条第一項に規定する法定申告期限が到来する法人税について適用する。

④新租税特別措置法第六十八条の八十八第十八項の規定は、施行日以後に同項各号に定める期限又は日が到来する法人税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第六十八条の八十八第十六項各号に定める期限又は日が到来した法人税については、なお従前の例による。

⑤新租税特別措置法第六十八条の八十八第二十一項の規定は、施行日以後に同条第十八項各号に定める期限又は日が到来する法人税について適用する。

⑥施行日から平成二十四年十二月三十一日までの間における新租税特別措置法第六十八条の八十八第二十三項の規定の適用については、同項中「第六項まで及び第九項」とあるのは、「第六項まで」とする。