第六十三条（特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の十一第一項第六号の規定は、法人が附則第一条第五号に定める日以後に支出する同項第六号に掲げる負担金について適用する。
第六十四条（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入等の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の十一の二第四項の規定は、法人が施行日以後に行う同条第三項の認定の申請について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請については、なお従前の例による。
第六十五条（特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例に関する経過措置）
法人が平成二十五年十一月三十日までに支出する地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の地域再生法第十九条第一項に規定する特定地域雇用等促進法人に対する寄附金については、旧租税特別措置法第六十六条の十二の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
| 第二項 | 同法第十九条第一項に | 地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の地域再生法（以下この項及び第四項において「効力地域再生法」という。）第十九条第一項に |
| 同法第五条第三項第三号 | 効力地域再生法第五条第三項第三号 | |
| 同法第十九条第一項の | 効力地域再生法第十九条第一項の | |
| 同法第十九条第二項 | 効力地域再生法第十九条第二項 | |
| 租税特別措置法 | 所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第六十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法 | |
| 第三項 | 同条第二項に | 所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第六十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条の十二第二項に |
| 第四項 | 地域再生法第五条第三項第三号 | 効力地域再生法第五条第三項第三号 |
第六十六条（農業生産法人の肉用牛の売却に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の三の規定は、法人の平成二十一年四月一日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。この場合において、法人の同日前に開始し、かつ、同日以後に終了する事業年度における同条の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
| 第一項 | （その売却した | （平成二十一年四月一日から当該事業年度終了の日までの期間内にその売却した |
| （当該売却をした日を含む事業年度 | （平成二十一年四月一日から当該事業年度終了の日までの期間（以下この項において「経過期間」という。） | |
| が二千頭 | が二千頭に当該経過期間の月数を乗じてこれを十二で除して計算した頭数 | |
| 、二千頭 | 、当該経過期間内の当該免税対象飼育牛に該当する肉用牛の頭数の合計のうち当該計算した頭数 | |
| 第五項 | 事業年度が | 事業年度（平成二十一年四月一日前に開始し、かつ、同日以後に終了する事業年度を除く。）が |
| 第六項 | 前項 | 所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第六十六条の規定により読み替えられた第一項 |
第六十七条（特定目的会社に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十四第一項の規定は、同項に規定する特定目的会社の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第六十七条の十四第一項に規定する特定目的会社の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十七条の十四第四項の規定は、同条第一項に規定する特定目的会社が施行日以後に開始する事業年度において納付する同条第四項に規定する外国法人税の額（旧租税特別措置法第六十七条の十四第二項の規定により読み替えられた法人税法第六十九条の規定の適用を受けたものを除く。）について適用する。
第六十八条（投資法人に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十五第一項の規定は、同項に規定する投資法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第六十七条の十五第一項に規定する投資法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十七条の十五第五項の規定は、同条第一項に規定する投資法人が施行日以後に開始する事業年度において納付する同条第五項に規定する外国法人税の額（旧租税特別措置法第六十七条の十五第三項の規定により読み替えられた法人税法第六十九条の規定の適用を受けたものを除く。）について適用する。
第六十九条（民間国外債の利子等の非課税に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十六第二項の規定は、施行日以後に発行される同項に規定する民間国外債につき支払を受ける利子又は同項に規定する発行差金について適用し、施行日前に発行された旧租税特別措置法第六十七条の十六第二項に規定する民間国外債につき支払を受けた利子又は同項に規定する発行差金については、なお従前の例による。
第七十条（経営革新計画を実施する中小企業者に対する特定同族会社の特別税率の不適用に関する経過措置）
旧租税特別措置法第六十八条の二第一項に規定する承認を施行日前に受けた同項に規定する中小企業者が各事業年度終了の時において同項に規定する承認経営革新計画に従って同項の経営革新のための事業を実施している場合については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「平成十八年四月一日から平成二十年三月三十一日までの間に開始する各事業年度」とあるのは、「各事業年度」とする。
第七十一条（農林中央金庫の合併等に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の二第一項の規定は、施行日以後に行われる同項第五号に掲げる合併について適用し、施行日前に行われた旧租税特別措置法第六十八条の二の二第五号に掲げる合併については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の二第二項の規定は、施行日以後に行われる同項に規定する共同事業現物出資について適用する。
第七十二条（特定目的信託に係る受託法人の課税の特例に関する経過措置）
第七十三条（特定投資信託に係る受託法人の課税の特例に関する経過措置）
第七十四条（課税所得の範囲の変更等の場合の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の三の五の規定は、施行日後に同条第一項に規定する特定普通法人が同項に規定する公益法人等に該当することとなる場合について適用する。
施行日から附則第一条第五号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第六十八条の三の五の規定の適用については、同条第一項中「一般社団法人若しくは一般財団法人又は医療法人のうち、」とあるのは、「医療法人のうち」とする。
第七十五条（連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の九の規定は、連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下附則第七十九条までにおいて同じ。）が施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第七十六条（連結法人がエネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十（第一項第四号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等について適用する。
第七十七条（連結法人が事業基盤強化設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第七号に定める日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第六十八条の十二第一項第六号に定める機械及び装置については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の十二（第一項第七号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第七号に定める日以後に取得又は製作をする同項第七号に定める機械及び装置について適用する。
新租税特別措置法第六十八条の十二（第五項に係る部分に限る。）の規定は、連結法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用する。