第五十条（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十条（第一項に係る部分に限る。）の規定は、附則第一条第五号に定める日以後にされる同項後段に規定する財産の贈与又は遺贈について適用し、同日前にされた旧租税特別措置法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十条（第一項に係る部分を除く。）の規定は、附則第一条第五号に定める日以後にされる新租税特別措置法第四十条第二項又は第三項の規定による同条第一項後段の承認の取消しについて適用し、同日前にされた旧租税特別措置法第四十条第二項の規定による同条第一項後段の承認の取消しについては、なお従前の例による。
特例民法法人である新租税特別措置法第四十条第三項に規定する公益法人等が一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この条において「整備法」という。）第四十四条の認定を受けた場合又は整備法第四十五条の認可を受けた場合には、当該認定又は認可を受けた日から一月以内に、政令で定めるところにより、当該公益法人等の名称及び所在地その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出しなければならない。
第五十一条（特定の増改築等に係る住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除の控除額に係る特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の三の二の規定は、居住者が同条第一項又は第四項に規定する住宅の増改築等をした家屋（当該住宅の増改築等に係る部分に限る。以下この条において同じ。）を施行日以後に新租税特別措置法第四十一条の三の二第一項又は第四項の定めるところによりその者の居住の用に供する場合について適用し、居住者が旧租税特別措置法第四十一条の三の二第一項に規定する住宅の増改築等をした家屋を施行日前に同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。
第五十二条（償還差益等に係る分離課税等に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十二第一項及び第三項の規定は、施行日以後に発行される同条第七項に規定する割引債につき支払を受けるべき同項に規定する償還差益について適用し、施行日前に発行された旧租税特別措置法第四十一条の十二第七項に規定する割引債につき支払を受けるべき同項に規定する償還差益については、なお従前の例による。
附則第二条に規定する外国法人が平成二十五年十一月三十日までに支払を受ける旧租税特別措置法第四十一条の十二第七項に規定する割引債の同項に規定する償還差益又は新租税特別措置法第四十一条の十二第七項に規定する割引債の同項に規定する償還差益については、旧租税特別措置法第四十一条の十二第六項の規定は、なおその効力を有する。
平成二十年十月一日前に発行された旧租税特別措置法第四十一条の十二第九項第十号に掲げる短期商工債については、なお従前の例による。
第五十三条（民間国外債の発行差金の非課税に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十三の規定は、施行日以後に発行される同条に規定する民間国外債につき支払を受ける同条に規定する発行差金について適用し、施行日前に発行された旧租税特別措置法第四十一条の十三に規定する民間国外債につき支払を受けた同条に規定する発行差金については、なお従前の例による。
第五十四条（先物取引の差金等決済に係る支払調書等に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十四の規定は、同条第一項に規定する先物取引に係る同項に規定する差金等決済で平成二十一年一月一日以後に行われるものについて適用し、旧租税特別措置法第四十一条の十四第一項に規定する先物取引に係る同項に規定する差金等決済で同日前に行われたものについては、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十一条の十五の二の規定は、同条に規定する先物取引の差金等決済で平成二十一年一月一日以後に行われるものについて適用する。
第五十五条（特定地域雇用等促進法人に寄附をした場合の寄附金控除の特例に関する経過措置）
個人が平成二十五年十一月三十日までに支出する地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の地域再生法（平成十七年法律第二十四号）第十九条第一項に規定する特定地域雇用等促進法人に対する寄附金については、旧租税特別措置法第四十一条の十八の二の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第一項中「同法第十九条第一項に」とあるのは「地域再生法の一部を改正する法律（平成二十年法律第三十六号）附則第二条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の地域再生法（以下この条において「効力地域再生法」という。）第十九条第一項に」と、「同法第五条第三項第三号」とあるのは「効力地域再生法第五条第三項第三号」と、「同法第十九条第一項の」とあるのは「効力地域再生法第十九条第一項の」と、同条第二項中「地域再生法第五条第三項第三号」とあるのは「効力地域再生法第五条第三項第三号」とする。
第五十六条（租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則）
新租税特別措置法第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第五十七条（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の五（第一項第四号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等について適用する。
第五十八条（事業基盤強化設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
第五十九条（情報基盤強化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十一の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。この場合において、同条第一項に規定する大規模法人として政令で定める法人の施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了する事業年度における同条の規定の適用については、同項中「（大規模法人として政令で定める法人の当該供用年度の指定期間内における適用対象投資額」とあるのは「（平成二十年四月一日から当該供用年度終了の日までの期間内に事業の用に供した情報基盤強化設備等の取得価額の合計額」と、「には、二百億円に当該情報基盤強化設備等の取得価額が当該適用対象投資額」とあるのは「における当該期間内に事業の用に供した情報基盤強化設備等の取得価額については、二百億円に当該取得価額が当該合計額」とする。
第六十条（法人の減価償却に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十三条第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする同項に規定する特定設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十三条第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十四条の四第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する特定電気通信設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条の四第一項に規定する特定電気通信設備等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十四条の六第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する資源再生化設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条の六第一項に規定する再商品化設備等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十六条の二第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする同項に規定する障害者対応設備等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第四十六条の二第二項に規定する障害者対応設備等については、なお従前の例による。
第六十一条（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第六十二条（鉱工業技術研究組合等の所得計算の特例に関する経過措置）
旧租税特別措置法第六十六条の十第一項第二号に掲げる法人が平成二十年七月一日前に取得又は製作をした同号に定める固定資産については、なお従前の例による。