第九十六条（農業生産法人の課税の特例に関する経過措置）
旧租税特別措置法第六十一条の二第一項の法人の施行日以後に終了する事業年度の所得の金額の計算については、同条及び旧租税特別措置法第六十一条の三の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
| 第六十一条の二第一項 | （解散の日 | （所得税法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第六号）第十二条の規定による改正後の租税特別措置法第六十一条の二第一項の規定の適用を受ける事業年度、解散の日 |
| 第六十一条の二第二項 | 第六十八条の六十四第一項 | 所得税法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第六号）附則第百十九条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条及び次条において「旧効力措置法」という。）第六十八条の六十四第一項 |
| 第六十一条の二第三項から第五項まで | 第六十八条の六十四第一項 | 旧効力措置法第六十八条の六十四第一項 |
| 第六十一条の二第七項 | 第六十八条の六十四第一項 | 旧効力措置法第六十八条の六十四第一項 |
| 第六十八条の六十四第六項前段 | 旧効力措置法第六十八条の六十四第六項前段 | |
| 第五十五条第十二項中「第六十八条の四十三第十項」とあるのは「第六十八条の六十四第六項 | 第五十五条第十二項中「第六十八条の四十三第十項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第六号）附則第百十九条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（次項において「旧効力連結措置法」という。）第六十八条の六十四第六項 | |
| 第六十一条の二第一項 | 所得税法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第六号）附則第九十六条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（次項において「旧効力単体措置法」という。）第六十一条の二第一項 | |
| 同条第十三項前段中「第六十八条の四十三第十項」とあるのは「第六十八条の六十四第六項 | 同条第十三項前段中「第六十八条の四十三第十項」とあるのは「旧効力連結措置法第六十八条の六十四第六項 | |
| 「第六十一条の二第二項」と、「同条第十項」とあるのは「第六十八条の六十四第六項 | 「旧効力単体措置法第六十一条の二第二項」と、「同条第十項」とあるのは「旧効力連結措置法第六十八条の六十四第六項 | |
| 第六十一条の三第一項 | 第六十八条の六十四第一項 | 旧効力措置法第六十八条の六十四第一項 |
| 適格事後設立 | 適格現物分配 | |
| 第六十八条の六十四第二項 | 旧効力措置法第六十八条の六十四第二項 |
第九十七条（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十四条第一項の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に締結する同項に規定する所有権移転外リース取引に係る契約について適用し、法人が同日前に締結した旧租税特別措置法第六十四条第一項に規定する代替資産の賃借に係る契約については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の三第一項第四号の規定は、法人が附則第一条第十五号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の三第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の三第二項及び第三項の規定は、法人が平成二十年一月一日以後に行う同条第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の三第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十一号の規定は、法人が附則第一条第十四号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第二十号の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の七から第六十五条の九まで（新租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十六号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第十四号に定める日以後に行う同表の第十六号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用する。
新租税特別措置法第六十五条の七及び第六十五条の八（新租税特別措置法第六十五条の七第十五項第二号に係る部分に限る。）の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に締結する同号に規定する所有権移転外リース取引に係る契約について適用し、法人が同日前に締結した旧租税特別措置法第六十五条の七第一項に規定する買換資産の賃借に係る契約については、なお従前の例による。
第九十八条（国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の四の二の規定は、施行日以後に同条第一項の申請が行われる場合について適用する。
第九十九条（内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の六第一項、第二項及び第六項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の六第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の六第七項及び第八項の規定は、同条第七項に規定する外国信託の受託者の当該外国信託に係る信託法施行日以後に終了する事業年度に係る同項の規定により適用される同条第一項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額について適用する。
第百条（内国法人の特定外国信託に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
旧租税特別措置法第六十六条の九の二第一項に規定する特定外国信託の信託法施行日前に終了した同項に規定する計算期間に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。
第百一条（特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の九の六の規定は、平成十九年十月一日以後に同条第一項に規定する特定関係が生ずる場合について適用する。
第百二条（特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の十二の規定は、法人が施行日以後に支出する同条第一項又は第二項に規定する寄附金について適用する。
第百三条（欠損金の繰戻しによる還付の不適用に関する経過措置）
施行日前に旧租税特別措置法第六十六条の十二第二項に規定する設備の廃棄等を行った法人の当該設備の廃棄等の日を含む事業年度において生じた当該設備の廃棄等に係る同項に規定する設備廃棄等欠損金額については、なお従前の例による。
第百四条（転廃業助成金等に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の四の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に締結する同条第二項に規定する所有権移転外リース取引に係る契約について適用し、法人が同日前に締結した旧租税特別措置法第六十七条の四第二項に規定する固定資産の賃借に係る契約については、なお従前の例による。
第百五条（組合事業等による損失がある場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十二（同条第一項に規定する特定受益者に係る部分に限る。）の規定は、信託法施行日以後に効力が生ずる信託（遺言によってされた信託にあっては、信託法施行日以後に遺言がされたものに限る。）及び信託法施行日以後に信託の同項に規定する受益者たる地位（信託法施行日前に効力が生じた信託（遺言によってされた信託にあっては信託法施行日前に遺言がされたものを含み、新法信託を除く。以下この条において「旧信託」という。）にあっては、第二条の規定による改正前の法人税法第十二条第一項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める者（以下この条において「旧受益者」という。）たる地位）の承継を受ける法人の当該承継（適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立により信託法施行日前から旧受益者であった者（遺言によってされた旧信託にあっては、その効力が生じた時から旧受益者であった者を含む。）からその地位の承継を受ける場合のその承継を除く。次項において同じ。）に係る信託について適用する。
第百六条（投資法人に係る課税の特例に関する経過措置）
旧租税特別措置法第六十七条の十五第九項に規定する不動産投資法人が施行日前に同項に規定する特定目的会社の同項に規定する優先出資証券を取得した場合については、なお従前の例による。