第百二十八条（特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の百九の二の規定は、平成十九年十月一日以後に合併、分割型分割又は株式交換が行われる場合について適用する。
第百二十九条（外国特定目的信託の利益の分配に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の百十第二項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が信託法施行日以後に受けるべき同項に規定する外国特定目的信託の利益の分配の額（信託法施行日以後に効力が生ずる新租税特別措置法第六十八条の三の二第一項に規定する特定目的信託（新法信託を含む。）に係るものに限る。）について適用する。
第百三十条（外国特定投資信託の収益の分配に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の百十一第二項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が信託法施行日以後に受けるべき同項に規定する外国特定投資信託の収益の分配の額（信託法施行日以後に効力が生ずる新租税特別措置法第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託（新法信託を含む。）に係るものに限る。）について適用する。
第百三十一条（相続税及び贈与税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十九条の四及び第六十九条の五の規定は、平成十九年一月一日以後に相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）により取得する財産に係る相続税について適用し、同日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第七十条第十一項及び第十二項の規定は、相続又は遺贈により財産を取得した者が施行日以後に金銭の贈与（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。次項において同じ。）をする場合について適用する。
新租税特別措置法第七十条の三及び第七十条の三の二の規定は、平成十九年一月一日以後に贈与により取得する新租税特別措置法第七十条の三第三項第五号に規定する住宅取得等資金に係る贈与税について適用し、同日前に贈与により取得した旧租税特別措置法第七十条の三第三項第五号に規定する住宅取得等資金に係る贈与税については、なお従前の例による。
施行日から附則第一条第八号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第七十条の三の三の規定の適用については、同条第三項第二号イ中「金融商品取引法」とあるのは「証券取引法」と、「金融商品取引所」とあるのは「証券取引所」とする。
第百三十二条（登録免許税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第七十四条（第四号に係る部分を除く。）の規定は、施行日以後に新築をし、又は取得をする同条に規定する住宅用家屋を目的とする抵当権の設定の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に新築をし、又は取得をした旧租税特別措置法第七十四条に規定する住宅用家屋を目的とする抵当権の設定の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第七十四条（第四号に係る部分に限る。）の規定は、同号の住宅用家屋の新築等をするための資金の貸付けに係る債権で独立行政法人住宅金融支援機構が同号の業務により金融機関から譲り受けた貸付債権（当該金融機関が平成十九年四月一日以後に申込みを受理する資金の貸付けに係るものに限る。）について適用する。
新租税特別措置法第七十七条の規定は、同条に規定する政令で定める者が施行日以後に同条に規定する土地の取得をする場合における当該土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、農業を営む者が施行日前に旧租税特別措置法第七十七条に規定する土地の取得をした場合における当該土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
森林組合が、施行日前に旧租税特別措置法第七十八条の二第三項に規定する権利義務の承継をした場合における不動産の権利の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
商工組合中央金庫が、施行日から平成二十年九月三十日までの間に旧租税特別措置法第七十八条の三第一項に規定する業務に係る債権を担保するために受ける抵当権（企業担保権を含む。以下第七項までにおいて同じ。）の設定の登記又は登録に係る登録免許税については、同条第一項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「平成十九年三月三十一日」とあるのは、「平成二十年九月三十日」とする。
株式会社商工組合中央金庫が、平成二十年十月一日から株式会社商工組合中央金庫法の廃止の日の前日又は同法の施行の日から七年を経過する日のいずれか早い日までの間に同法第二十一条第一項第二号及び第四項第一号に掲げる業務（同法第六条第一項第二号から第十号までに掲げるものであって株式会社商工組合中央金庫の株主であるもの及びその直接又は間接の構成員に対するものに限る。）に係る債権を担保するために受ける抵当権の設定の登記又は登録に係る登録免許税については、旧租税特別措置法第七十八条の三第一項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十八年法律第十六号。以下この条において「昭和四十八年改正法」という。）の施行の日の翌日から平成十九年三月三十一日」とあるのは「平成二十年十月一日から株式会社商工組合中央金庫法（平成十九年法律第七十四号）の廃止の日の前日又は同法の施行の日から七年を経過する日のいずれか早い日」と、「商工組合中央金庫が商工組合中央金庫法第二十八条第一項第一号及び第二号に掲げる業務」とあるのは「株式会社商工組合中央金庫が同法第二十一条第一項第二号及び第四項第一号に掲げる業務（同法第六条第一項第二号から第十号までに掲げるものであつて株式会社商工組合中央金庫の株主であるもの及びその直接又は間接の構成員に対するものに限る。）」と、「含む。以下この条において同じ」とあるのは「含む」と、「税率は」とあるのは「税率は、株式会社商工組合中央金庫が同法第二十一条第一項第二号に掲げる業務のうち同法第六条第一項第十二号に掲げるものに対するものを行う場合には財務省令で定めるところにより登記又は登録を受けるものに限り」と、「千分の一」とあるのは「不動産、船舶、ダム使用権、鉱業権、砂鉱権、租鉱権、特定鉱業権又は漁業権若しくは入漁権の抵当権の設定の登記又は登録にあつては千分の三とし、航空機又は農業用動産、建設機械若しくは自動車の抵当権の設定の登記又は登録にあつては千分の二・五とし、工場財団、鉱業財団、漁業財団、港湾運送事業財団、道路交通事業財団、自動車交通事業財団若しくは観光施設財団若しくは鉄道財団、軌道財団若しくは運河財団の抵当権又は企業担保権の設定の登記又は登録にあつては千分の二」とする。
新租税特別措置法第八十条第一項の規定は、附則第一条第十六号に定める日以後にされる同項に規定する認定に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税について適用し、同日前にされた旧租税特別措置法第八十条第一項に規定する認定に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
施行日前に旧租税特別措置法第八十三条第一項に規定する国土交通大臣の認定を受けた場合における同項に規定する事業区域内の土地の所有権の移転の登記又は同条第二項に規定する建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第八十三条第三項の規定は、施行日以後に同条第二項に規定する国土交通大臣の認定を受ける場合における同条第三項に規定する建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十三条第三項に規定する国土交通大臣の認定を受けた場合における同条第五項に規定する建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
第百三十三条（消費税の特例に関する経過措置）
旧租税特別措置法第八十六条の四第一項に規定する普通乗用自動車で、同項に規定する期間内に国内において譲渡が行われたもの又は保税地域から引き取られたものに係る消費税については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第八十六条の五第一項に規定する事業者の同項に規定する期間内に終了した同項の課税期間に係る消費税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第八十六条の五の規定は、信託法施行日以後に効力が生ずる第六条の規定による改正後の消費税法第十五条第一項に規定する法人課税信託（遺言によってされた信託に該当するものにあっては信託法施行日以後に遺言がされたものに限り、新法信託に該当するものを含む。）について適用する。
第百五十七条（罰則に関する経過措置）
この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第百五十八条（その他の経過措置の政令への委任）
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。