平成十八年七月一日前に製造たばこの製造場から移出された製造たばこで、たばこ税法第十二条第三項（同法第十四条第三項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の届出又は承認に係るもの（当該届出又は承認に係る同法第十二条第三項各号に掲げる日が同月一日以後に到来するものに限る。）について、同項各号に掲げる日までに同項に規定する書類が提出されなかった場合における当該製造たばこに係るたばこ税の税率は、新租税特別措置法第八十八条第三項又は第六項の税率とする。

①平成十八年七月一日に、製造たばこの製造場又は保税地域以外の場所で製造たばこを販売のため所持する製造たばこの製造者又は販売業者がある場合において、その所持する製造たばこの本数（たばこ税法第十条の規定により、たばこ税の課税標準となる製造たばこの本数とし、二以上の場所で製造たばこを所持する場合には、その合計本数とする。）が三万本以上であるときは、当該製造たばこについては、その者が製造たばこの製造者として当該製造たばこを同日にその者の製造たばこの製造場から移出したものとみなして、次の各号に掲げる製造たばこの区分に応じ当該各号に定める税率によりたばこ税を課する。

②前項に規定する者は、その所持する製造たばこで同項の規定に該当するものの貯蔵場所（たばこ税法第二十七条第二項に規定する小売販売業者にあっては、たばこ事業法（昭和五十九年法律第六十八号）第二十二条第一項に規定する営業所。以下この項において同じ。）ごとに、政令で定めるところにより、次に掲げる事項を記載した申告書を、平成十八年七月三十一日までに、その貯蔵場所の所在地を所轄する税務署長に提出しなければならない。

③第一項に規定する者が、前項の規定による申告書を、地方税法等の一部を改正する法律（平成十八年法律第七号）附則第九条第三項に規定する道府県たばこ税に係る申告書又は同法附則第十七条第三項に規定する市町村たばこ税に係る申告書に併せて、これらに規定する道府県知事又は市町村長に提出したときは、その提出を受けた道府県知事又は市町村長は、前項の規定による申告書を受理することができる。この場合においては、当該申告書は、同項に規定する税務署長に提出されたものとみなす。

④第二項の規定による申告書を提出した者は、平成十九年一月四日までに、当該申告書に記載した同項第二号に掲げるたばこ税額の合計額に相当するたばこ税を、国に納付しなければならない。

⑤前項の規定は、同項に規定する第二項の規定による申告書を提出すべき者で、当該申告に係るたばこ税につき、国税通則法に規定する期限後申告書若しくは修正申告書を同項の規定による申告書に係る前項の納期限前に提出したもの又は同法に規定する更正若しくは決定を受けたもののうち同法第三十五条第二項第二号の規定による納付の期限が前項の納期限前に到来するものについて準用する。

⑥第一項の規定によりたばこ税を課された、又は課されるべき製造たばこのうち、特定販売業者（たばこ税法第十一条第二項に規定する特定販売業者をいう。以下この項において同じ。）が、自ら保税地域から引き取った製造たばこで販売のため所持するものを輸出した場合又は自ら保税地域から引き取った製造たばこで販売のため所持するものを保税地域に入れ、あらかじめ政令で定めるところにより税関長の承認を受けて廃棄した場合において、当該特定販売業者が、政令で定めるところにより、当該製造たばこが第一項の規定によりたばこ税を課された、又は課されるべきものであることにつき、当該製造たばこの輸出の申告をした、又は廃棄の承認を受けた税関の税関長の確認を受けたときは、当該たばこ税額に相当する金額は、同法第十五条第一項の規定に準じて、当該製造たばこにつき当該特定販売業者が納付した、若しくは納付すべき又は徴収された、若しくは徴収されるべきたばこ税額に相当する金額に係る還付に併せて、その者に還付する。

⑦次の各号に掲げる場合において、当該各号に規定する製造たばこ製造者（たばこ税法第六条第四項に規定する製造たばこ製造者をいう。以下この項において同じ。）が政令で定めるところにより、当該製造たばこが第一項の規定によるたばこ税を課された、又は課されるべきものであることにつき、当該製造たばこの戻入れ又は移入に係る製造たばこの製造場の所在地を所轄する税務署長の確認を受けたときは、当該たばこ税額に相当する金額は、同法第十六条の規定に準じて、当該製造たばこにつき当該製造たばこ製造者が納付した、又は納付すべきたばこ税額（第二号に該当する場合にあっては、同号に規定する他の製造たばこの製造場からの移出により納付された、若しくは納付されるべき又は保税地域からの引取りにより納付された、若しくは納付されるべき若しくは徴収された、若しくは徴収されるべきたばこ税額）に相当する金額に係る控除又は還付に併せて、その者に係るたばこ税額から控除し、又はその者に還付する。

⑧たばこ税法第二十六条（第二号を除く。）の規定は、第二項の規定による申告書を提出しなければならない者について準用する。

⑨第二項の規定による申告書の提出を怠った者は、二十万円以下の罰金に処する。

⑩法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務又は財産に関して前項の違反行為をしたときは、その行為者を罰するほか、その法人又は人に対して同項の罰金刑を科する。

第十三条の規定の施行前にした行為及び附則第百五十三条の規定によりなお従前の例によることとされるたばこ税に係る第十三条の規定の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。