第百十条（漁業協同組合等の留保所得の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十一条の規定は、同条第一項に規定する法人の会社法施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第六十一条第一項に規定する法人の会社法施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百十一条（農業生産法人の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十一条の二第一項及び第六十一条の三第一項の規定は、これらの規定に規定する法人の会社法施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第六十一条の二第一項及び第六十一条の三第一項に規定する法人の会社法施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百十二条（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十四条第一項（新租税特別措置法第六十四条の二第七項において準用する場合を含む。）の規定は、法人の会社法施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の会社法施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十四条の二第一項の規定は、法人の会社法施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の会社法施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十四条の二第十一項の規定は、法人が平成十八年十月一日以後に行う同項に規定する非適格株式交換等について適用する。
新租税特別措置法第六十五条第一項の規定は、法人が附則第一条第十号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第九号の規定は、法人が附則第一条第十号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
法人の有する旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等が、施行日前に同項第十二号に規定する法人に同号（ロに係る部分に限る。）の事業の用に供するために買い取られた場合については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十二号（ロに係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第十号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十三号の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十九号の規定は、法人が附則第一条第十号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡及び当該土地等のうち中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律の一部を改正する等の法律附則第三条の規定によりなお従前の例によることとされる保留地の特例に係る同法第一条の規定による改正前の中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第七条第一項に規定する保留地に対応する部分の同日以後に行う譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の七第一項（同項の表以外の部分に限り、新租税特別措置法第六十五条の八第七項において準用する場合を含む。）の規定は、法人の会社法施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の会社法施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の七から第六十五条の九まで（新租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第九号の上欄に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に行う同欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第九号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十七号又は第十八号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の七から第六十五条の九まで（新租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十八号の下欄に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に取得をする同欄に掲げる資産について適用し、法人が施行日前に取得をした旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二十四号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の八第一項の規定は、法人の会社法施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の会社法施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の八第十一項の規定は、法人が平成十八年十月一日以後に行う同項に規定する非適格株式交換等について適用する。
新租税特別措置法第六十五条の十一第一項（新租税特別措置法第六十五条の十二第八項において準用する場合を含む。）及び新租税特別措置法第六十五条の十二第一項の規定は、法人の会社法施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の会社法施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の十二第十二項の規定は、法人が平成十八年十月一日以後に行う同項に規定する非適格株式交換等について適用する。
新租税特別措置法第六十五条の十三第一項（新租税特別措置法第六十五条の十四第八項において準用する場合を含む。）及び新租税特別措置法第六十五条の十四第一項の規定は、法人の会社法施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の会社法施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の十四第十二項の規定は、法人が平成十八年十月一日以後に行う同項に規定する非適格株式交換等について適用する。
新租税特別措置法第六十五条の十五第一項の規定は、法人の会社法施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の会社法施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百十三条（国外関連者との取引に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の四第七項の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度の所得の金額若しくは欠損金額又は法人の施行日以後の解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）による清算所得の金額（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得の金額及び法人税法第百三条第一項第二号の規定により解散による清算所得とみなされる金額を含む。以下この条において同じ。）について法人税法第二条第四十三号に規定する更正（以下この条において「更正」という。）又は同法第二条第四十四号に規定する決定（以下この条において「決定」という。）をする場合について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得の金額若しくは欠損金額又は法人の施行日前の解散による清算所得の金額について更正又は決定をする場合については、なお従前の例による。
第百十四条（国外支配株主等に係る負債の利子等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の五の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。この場合において、法人の施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了する事業年度における同条の規定の適用については、同条第一項中「資金供与者等に負債の利子等」とあるのは「資金供与者等（政令で定める者を除く。以下この条において同じ。）に負債の利子等（政令で定めるものを除く。以下この条において同じ。）」と、「国外支配株主等及び資金供与者等に対する負債」とあるのは「国外支配株主等及び資金供与者等に対する負債（政令で定める負債を除く。以下この条において同じ。）」とする。
第百十五条（内国法人に係る特定外国子会社等の留保金額の益金算入に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同項に規定する剰余金の配当等がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧租税特別措置法第六十六条の六第一項に規定する利益の配当又は剰余金の分配がある場合については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の八第一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同項に規定する剰余金の配当等がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧租税特別措置法第六十六条の八第一項に規定する利益の配当又は剰余金の分配がある場合については、なお従前の例による。
第百十六条（内国法人に係る特定外国信託の留保金額の益金算入に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の九の四第一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同項第三号に規定する剰余金の配当等がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧租税特別措置法第六十六条の九の四第一項第三号に規定する利益の配当又は剰余金の分配がある場合については、なお従前の例による。
第百十七条（特定の医療法人の法人税率の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の二第一項の規定は、同項に規定する医療法人の平成十九年一月一日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第六十七条の二第一項に規定する医療法人の同日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百十八条（転廃業助成金等に係る課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の四第二項（同条第九項において準用する場合を含む。）及び同条第四項の規定は、法人の会社法施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の会社法施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。