第八十条（確定申告を要しない上場株式等の譲渡による所得に関する経過措置）
新租税特別措置法第三十七条の十一の五の規定は、平成十六年分以後の所得税について適用し、平成十五年分以前の所得税については、なお従前の例による。
第八十一条（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡所得等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第三十七条の十三の三の規定は、個人が施行日以後に行う同条第一項に規定する特定中小会社の特定株式の譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧租税特別措置法第三十七条の十三第八項に規定する特定中小会社の特定株式の譲渡については、なお従前の例による。
第八十二条（公社債等の譲渡等による所得の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第三十七条の十五第一項第一号及び第二項第一号の規定は、平成十六年一月一日以後に行われるこれらの規定に規定する公社債等の譲渡について適用し、同日前に行われた旧租税特別措置法第三十七条の十五第一項第一号及び第二項第一号に規定する公社債等の譲渡については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第三十七条の十五第一項第二号及び第二項第二号の規定は、平成十六年一月一日以後のこれらの規定に規定する公社債投資信託等の終了又は一部の解約について適用し、同日前の旧租税特別措置法第三十七条の十五第一項第二号及び第二項第二号に規定する公募証券投資信託等の終了又は一部の解約については、なお従前の例による。
平成十六年一月一日前に行われた旧租税特別措置法第三十七条の十五第一項第三号及び第二項第三号に規定する特定の投資法人の投資口の譲渡については、なお従前の例による。
平成十六年一月一日前に生じた旧租税特別措置法第三十七条の十第四項各号に規定する事由により旧租税特別措置法第三十七条の十五第一項第四号及び第二項第四号に規定する特定の投資法人の投資口を有する者に対して交付される金額については、なお従前の例による。
第八十三条（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条第八項の規定は、同項の居住者が施行日以後に同項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋をその者の居住の用に供しないこととなった場合について適用する。
第八十四条（償還差益等に係る分離課税等に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十二第二項の規定は、施行日以後に発行される同項に規定する割引債について適用し、施行日前に発行された旧租税特別措置法第四十一条の十二第二項に規定する割引債については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十一条の十二第六項の規定は、施行日以後に支払をすべき同項に規定する償還差益について適用し、施行日前に支払をすべき旧租税特別措置法第四十一条の十二第六項に規定する償還差益については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十一条の十二第九項第四号の規定は、施行日以後に発行される同号に規定する国債について適用する。
新租税特別措置法第四十一条の十二第九項第八号の規定は、附則第一条第十三号に定める日以後に発行される同項第八号に規定する国債について適用する。
第八十五条（先物取引に係る雑所得等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十四（第一項第一号に係る部分に限る。）の規定は、個人が平成十五年一月一日以後に行う同項に規定する先物取引に係る同項に規定する差金等決済について適用し、個人が同日前に行った旧租税特別措置法第四十一条の十四第一項に規定する商品先物取引に係る同項に規定する差金等決済については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十一条の十四（第一項第二号に係る部分に限る。）の規定は、個人が平成十六年一月一日以後に行う同項に規定する先物取引に係る同項に規定する差金等決済について適用する。
第八十六条（個人の譲渡所得の課税の特例に関する経過措置等と定率による税額控除の特例との調整）
附則第六十二条第一項、第六十四条、第六十六条、第六十九条から第七十一条まで、第七十六条から第八十一条まで、第八十三条又は前条の規定の適用がある場合における経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成十一年法律第八号）第六条の規定の適用については、同法第二条第三号中「規定並びに」とあるのは、「規定、所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第六十二条第一項、第六十四条、第六十六条、第六十九条から第七十一条まで、第七十六条から第八十一条まで、第八十三条及び第八十五条の規定並びに」とする。
第八十七条（租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則）
第八十八条（試験研究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の四の規定は、法人の平成十五年一月一日以後に開始し、かつ、施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の平成十五年一月一日前に開始した事業年度及び施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第八十九条（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の五第五項の規定は、法人税法第四条の五第一項の規定により同法第四条の二の承認が施行日後に取り消される場合について適用し、同項の規定により同条の承認が施行日以前に取り消された場合については、なお従前の例による。
第九十条（中小企業者等が機械等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の六の規定は、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同条第一項各号に掲げる減価償却資産について適用する。
第九十一条（事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の七（第七項を除く。）の規定は、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同条第一項に規定する事業基盤強化設備について適用し、法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十二条の七第七項の規定は、法人税法第四条の五第一項の規定により同法第四条の二の承認が施行日後に取り消される場合について適用し、同項の規定により同条の承認が施行日以前に取り消された場合については、なお従前の例による。
第九十二条（事業化設備等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第四十二条の八第一項に規定する事業化設備等については、なお従前の例による。
第九十三条（沖縄の特定地域において工業用機械等を取得した場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の九第四項の規定は、法人税法第四条の五第一項の規定により同法第四条の二の承認が施行日後に取り消される場合について適用し、同項の規定により同条の承認が施行日以前に取り消された場合については、なお従前の例による。
第九十四条（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十第七項の規定は、法人税法第四条の五第一項の規定により同法第四条の二の承認が施行日後に取り消される場合について適用し、同項の規定により同条の承認が施行日以前に取り消された場合については、なお従前の例による。
第九十五条（情報通信機器等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十一の規定は、平成十五年一月一日以後に同条第一項に規定する情報通信機器等の取得若しくは製作又は賃借をする法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。
法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第四十二条の十一第一項各号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。