①新租税特別措置法第六十八条の四十四の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の附則第一条第十二号に定める日以後に積み立てた鉱害防止積立金について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日前に積み立てた鉱害防止積立金については、なお従前の例による。

②旧租税特別措置法第六十八条の五十一第一項の表の各号の上欄に掲げる連結法人の施行日前に開始した各連結事業年度において同項の規定により連結所得の金額の計算上損金の額に算入されたプログラム等準備金の金額については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第二項中「第五十七条第一項の規定の」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）第十二条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧法」という。）第五十七条第一項の規定の」と、「第五十七条第一項の規定に」とあるのは「旧法第五十七条第一項の規定に」と、同条第三項中「第五十七条第一項」とあるのは「旧法第五十七条第一項」と、「合併又は分割型分割」とあるのは「合併」と、同項第一号中「、適格現物出資又は適格事後設立」とあるのは「又は適格現物出資」と、同項第二号中「場合又は分割型分割（その分割型分割の日が連結親法人事業年度開始の日である場合の当該分割型分割に限る。）により無償補修の全部又は一部を行わないこととなつた場合」とあるのは「場合」と、「金額又はその分割型分割直前における当該無償補修に係るプログラム等準備金の金額のうちその行わないこととなつた無償補修に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額（当該分割型分割により当該無償補修の全部を行わないこととなつた場合には、その分割型分割直前におけるプログラム等準備金の金額）」とあるのは「金額」と、同項第三号中「連結子法人の解散にあつてはその解散の日」とあるのは「連結子法人の破産手続開始の決定による解散にあつてはその破産手続開始の決定の日」と、同条第七項中「第五十七条第一項」とあるのは「旧法第五十七条第一項」と、「第五十七条第八項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第九十七条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第五十七条第八項」と、「第六十八条の五十一第二項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第百十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の五十一第二項」と、同条第八項中「第五十七条第一項」とあるのは「旧法第五十七条第一項」と、「適格分割型分割（その適格分割型分割の日がその連結親法人事業年度開始の日である場合の当該適格分割型分割に限る。）に」とあるのは「適格分割型分割に」と、「第五十七条第九項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第九十七条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第五十七条第九項」と、「第六十八条の五十一第二項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号）附則第百十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の五十一第二項」とする。

連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日の前日を含む連結事業年度以前の各連結事業年度に旧租税特別措置法第六十八条の六十第一項に規定する収入金額がある場合については、なお従前の例による。

①新租税特別措置法第六十八条の七十第一項（新租税特別措置法第六十四条第一項第三号に係る部分に限る。）及び新租税特別措置法第六十八条の七十二第一項（新租税特別措置法第六十五条第一項第二号及び第四号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第四号に定める日以後に行う新租税特別措置法第六十四条第一項第三号並びに第六十五条第一項第二号及び第四号に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十四条第一項第三号並びに第六十五条第一項第二号及び第四号に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

②附則第一条第四号に定める日以後に独立行政法人緑資源機構法附則第八条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イ又は同項第二号の事業が施行された場合における新租税特別措置法第六十八条の七十第一項及び第六十八条の七十二第一項の規定の適用については、新租税特別措置法第六十四条第一項第三号中「第十一条第一項第七号イの事業」とあるのは「第十一条第一項第七号イの事業若しくは同法附則第八条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号）第十九条第一項第一号イの事業」と、「第十六条第二項」とあるのは「第十六条第二項及び同法附則第八条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項」と、新租税特別措置法第六十五条第一項第二号中「第十一条第一項第八号の事業」とあるのは「第十一条第一項第八号の事業若しくは同法附則第八条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第二号の事業」と、同項第三号中「第十一条第一項第七号イの事業」とあるのは「第十一条第一項第七号イの事業、同法附則第八条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業」とする。

③新租税特別措置法第六十八条の七十五第一項（新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十九号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第十三号に定める日以後に行う新租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

④新租税特別措置法第六十八条の七十五第一項（新租税特別措置法第六十五条の四第一項第二十三号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に行う新租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

⑤連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第十八号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

連結親法人で旧租税特別措置法第六十六条の十第一項第三号、第四号又は第六号に掲げるものが施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第六十八条の九十四第一項に規定する試験研究用資産（これらの号に定める固定資産に限る。）については、なお従前の例による。

①新租税特別措置法第六十八条の九十五第一項（新租税特別措置法第六十六条の十一第一項第四号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第十二号に定める日以後に支出する新租税特別措置法第六十六条の十一第一項第四号に掲げる負担金について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に支出した旧租税特別措置法第六十六条の十一第一項第四号に掲げる負担金については、なお従前の例による。

②新租税特別措置法第六十八条の九十五第一項（新租税特別措置法第六十六条の十一第一項第五号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に支出する同号に掲げる負担金について適用する。

新租税特別措置法第六十八条の百第一項の規定は、医療法人である連結親法人の施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、医療法人である連結親法人の施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

新租税特別措置法第六十八条の百九第三項の規定は、連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この条において同じ。）が施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。