①新租税特別措置法第五章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、施行日以後に受ける登記又は登録に係る登録免許税について適用し、施行日前に受けた登記又は登録に係る登録免許税については、なお従前の例による。

②施行日前に旧登録免許税法別表第一第一号（九）イに掲げる仮登記を受けた者が、新租税特別措置法第七十二条第一項に規定する不動産について、当該仮登記に基づき施行日以後に同項の規定により所有権の移転の登記を受ける場合における同条第二項の規定の適用については、同条中「千分の一」とあり、及び「千分の五」とあるのは、「千分の二」とする。

③施行日前に旧登録免許税法別表第一第一号（九）ロに掲げる仮登記を受けた者が、新租税特別措置法第七十二条第一項に規定する不動産について、当該仮登記に基づき施行日以後に同項の規定により所有権の保存の登記、地上権、永小作権、賃借権若しくは採石権の設定、転貸若しくは移転の登記、信託の登記又は相続財産の分離の登記を受ける場合における登録免許税については、同条第二項の規定は、適用しない。

④個人が施行日前に取得した旧租税特別措置法第七十三条に規定する住宅用家屋の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

⑤旧租税特別措置法第七十七条に規定する者が、施行日前に同条に規定する贈与により取得した同条に規定する農地若しくは採草放牧地若しくは準農地の所有権又は当該農地若しくは採草放牧地の上に存する地上権、永小作権若しくは賃借権に関し、施行日以後に受ける当該所有権又は地上権、永小作権若しくは賃借権の移転又は設定の登記に係る登録免許税については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条中「平成十五年十二月三十一日」とあるのは「平成十五年三月三十一日」と、「千分の十八」とあるのは「千分の六」とする。

⑥林業経営基盤の強化等の促進のための資金の融通等に関する暫定措置法（昭和五十四年法律第五十一号）第三条第一項の認定を受けた者が、施行日前に旧租税特別措置法第七十七条の三第二項の都道府県知事のあっせんにより取得した森林に係る土地の所有権に関し、施行日以後に受ける当該所有権の移転の登記に係る登録免許税については、同項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「千分の二十五」とあるのは、「千分の八」とする。

⑦農業共済組合が、施行日前に旧租税特別措置法第七十八条の二第五項の権利義務の承継又は同条第六項の合併により取得した不動産の所有権に関し、施行日以後に受ける当該所有権の移転の登記に係る登録免許税については、これらの規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第五項中「平成十六年三月三十一日」とあるのは「平成十五年三月三十一日」と、「千分の六」とあるのは「千分の二」と、同条第六項中「千分の二」とあるのは「千分の〇・五」とする。

⑧施行日前に漁業協同組合合併促進法（昭和四十二年法律第七十八号）第四条第二項の都道府県知事の認定を受けた漁業協同組合が合併をした場合には、当該合併後存続する漁業協同組合又は当該合併により設立した漁業協同組合が当該合併により取得した不動産又は船舶の権利の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該認定後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、次の各号に掲げる登記の区分に応じ、当該各号に定める割合とする。

⑨旧租税特別措置法第八十条第二項に規定する認定事業者又は認定活用事業者が、施行日前に受けた同項に規定する認定により同項各号に掲げる事項に関し、施行日以後に受ける同項に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、同項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項第四号イ中「千分の三十五」とあるのは「千分の十」と、同項第五号中「千分の三」とあるのは「千分の三（不動産の所有権の取得にあつては、千分の一）」とする。

⑩旧租税特別措置法第八十一条に規定する場合に同条に規定する医療法（昭和二十三年法律第二百五号）第三十一条に規定する者その他政令で定める者が、平成十八年三月三十一日までに旧租税特別措置法第八十一条に規定する国立病院等の用に供されている土地又は建物を取得する場合における当該土地又は建物の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、同条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条中「平成十五年三月三十一日までの」とあるのは「平成十八年三月三十一日までの」と、「国立病院等の再編成に伴う特別措置に関する法律」とあるのは「独立行政法人国立病院機構法（平成十四年法律第百九十一号）附則第十四条の規定による廃止前の国立病院等の再編成に伴う特別措置に関する法律」と、「千分の九」とあるのは「千分の四」とする。