①新法第七十七条の二第一項の規定は、同項に規定する法人が農業経営基盤の強化のための関係法律の整備に関する法律の施行の日以後に買入れをする同項に規定する土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、同日前に旧法第七十七条の二第一項に規定する法人が買入れをした同項に規定する土地（同日以後に農業経営基盤の強化のための関係法律の整備に関する法律附則第三条第二項の規定により買入れをした当該土地を含む。）の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

②新法第七十七条の三（同条の表の第一号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同号の上欄に規定する協議、調停又はあっせんにより取得する同欄に規定する土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧法第七十七条の三第一号に規定する協議、調停又はあっせんにより取得した同号に規定する土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

③施行日から農業経営基盤の強化のための関係法律の整備に関する法律の施行の日の前日までの間における新法第七十七条の三の規定の適用については、同条の表の第二号の上欄中「農業経営基盤強化促進法第四条第三項第一号」とあるのは「農用地利用増進法第二条第二項第一号」と、同号の中欄中「農業経営基盤強化促進法第十九条」とあるのは「農用地利用増進法第七条」と、「農用地利用集積計画」とあるのは「農用地利用増進計画」とする。

④新法第七十七条の三（農業経営基盤強化促進法第四条第三項第一号に規定する利用権設定等促進事業及び同法第十九条の規定による農用地利用集積計画に係る部分に限る。）の規定は、農業経営基盤の強化のための関係法律の整備に関する法律の施行の日以後に新法第七十七条の三の表の第二号の上欄に規定する利用権設定等促進事業により取得する同欄に規定する土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、同日前に旧法第七十七条の三第二号又は前項の規定により読み替えられた新法第七十七条の三の表の第二号の上欄に規定する利用権設定等促進事業により取得したこれらの規定に規定する土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

⑤新法第七十八条の二の規定は、同条に規定する生産森林組合又は農業生産法人が施行日以後に同条に規定する出資を受ける同条の土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、旧法第七十八条の二に規定する生産森林組合又は農業生産法人が施行日前に同条に規定する出資を受けた同条の土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

⑥施行日前に旧法第八十二条に規定する沖縄電力株式会社が取得した電源開発及びこれに附帯する送電変電施設の整備の用に供する土地又は家屋に関する同条各号に掲げる事項（合併に係るものを除く。）についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

⑦新法第八十三条第二項の規定は、施行日以後に同項の貸付けを受けて行う同項に規定する特定の公共的建設事業の用に供する土地の所有権の保存の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧法第八十三条第二項の貸付けを受けて行う同項に規定する特定の公共的建設事業の用に供する土地の所有権の保存の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。