第十三条（法人の準備金に関する経過措置）
旧法第五十六条の五第一項の表の第三号の上欄に掲げる法人が施行日前に開始した事業年度において同項の規定により積み立てたプログラム等準備金の金額の益金の額への算入については、なお従前の例による。
第十四条（特定の交換分合により土地等を取得した場合の課税の特例に関する経過措置）
新法第六十五条の十の規定は、法人が施行日以後に行われる同条第一項各号に規定する交換分合により取得する同項に規定する交換取得資産について適用し、法人が施行日前に行われた旧法第六十五条の十第一項各号に規定する交換分合により取得した同項に規定する交換取得資産については、なお従前の例による。
第十五条（鉱工業技術研究組合等の所得計算の特例に関する経過措置）
法人が施行日前に取得し、又は製作した旧法第六十六条の十第一項第二号に規定する試験研究用資産については、なお従前の例による。
第十六条（民間国外債の利子及び発行差金の非課税に関する経過措置）
新法第六十八条の規定は、外国法人が施行日以後に発行される同条に規定する民間国外債につき支払を受ける同条に規定する利子又は発行差金について適用し、外国法人が施行日前に発行された旧法第六十八条に規定する民間国外債につき支払を受ける同条に規定する利子又は発行差金については、なお従前の例による。
第十七条（登録免許税の特例に関する経過措置）
新法第七十六条第一項の規定は、施行日以後に国から同項に規定する売渡し又は譲与を受ける土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に国から旧法第七十六条第一項に規定する売渡し又は譲与を受けた土地についての所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
施行日前に行われた旧法第七十七条の四第一項に規定する交換分合により同項に規定する者が取得した同項に規定する土地についての所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
新法第七十八条の三第二項の規定は、施行日以後に同項に規定する事業協同組合等が公害防止事業団から譲渡を受けた同項に規定する土地について適用し、施行日前に旧法第七十八条の三第二項に規定する事業協同組合等が公害防止事業団から譲渡を受けた同項に規定する土地については、なお従前の例による。
第十八条（たばこ消費税の特例に関する経過措置）
第十九条（石油税の特例に関する経過措置）
指定日前にその採取場から移出された原油（石油税法（昭和五十三年法律第二十五号）第二条第一号に規定する原油をいう。以下この項及び次項において同じ。）又はガス状炭化水素（同条第三号に規定するガス状炭化水素をいう。以下この項及び次項において同じ。）で、同法第十条第三項（同法第十一条第三項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の届出又は承認に係るもの（当該届出又は承認に係る期限が指定日以後に到来するものに限る。）について、当該期限までに同法第十条第三項に規定する書類が提出されなかつた場合における当該原油又はガス状炭化水素に係る石油税の課税標準及び税率は、新法第九十条の三第一項から第三項までに規定する課税標準及び税率とする。
次の表の上欄に掲げる法律又は条約の規定により石油税の免除を受けて指定日前にその採取場から移出された原油若しくはガス状炭化水素又は保税地域から引き取られた原油、石油製品（石油税法第二条第二号に規定する石油製品をいう。以下この項において同じ。）若しくはガス状炭化水素について、指定日以後に同表の下欄に掲げる法律の規定に該当することとなつた場合における当該原油、石油製品又はガス状炭化水素に係る石油税の課税標準及び税率は、新法第九十条の三第一項から第三項までに規定する課税標準及び税率とする。
| 免除の規定 | 追徴の規定 |
| 輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律（昭和三十年法律第三十七号）第十一条第一項 | 同法第十一条第三項 |
| 輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第十二条第一項及び第二項 | 同法第十二条第四項 |
| 輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第十三条第一項 | 同法第十三条第三項において準用する関税定率法（明治四十三年法律第五十四号）第十五条第二項、第十六条第二項又は第十七条第四項 |
| 旧法第九十条の三第一項又は新法第九十条の四第一項 | 新法第九十条の四第五項 |
| 日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う所得税法等の臨時特例に関する法律（昭和二十七年法律第百十一号）第十条の三第一項（日本国における国際連合の軍隊の地位に関する協定の実施に伴う所得税法等の臨時特例に関する法律（昭和二十九年法律第百四十九号）第三条第一項において準用する場合を含む。） | 日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う所得税法等の臨時特例に関する法律第十条の三第二項又は第十一条第二項（これらの規定を日本国における国際連合の軍隊の地位に関する協定の実施に伴う所得税法等の臨時特例に関する法律第三条第二項において準用する場合を含む。） |
| 日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う関税法等の臨時特例に関する法律（昭和二十七年法律第百十二号）第七条（日本国における国際連合の軍隊の地位に関する協定の実施に伴う所得税法等の臨時特例に関する法律第四条において準用する場合を含む。） | 日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う関税法等の臨時特例に関する法律第八条（日本国における国際連合の軍隊の地位に関する協定の実施に伴う所得税法等の臨時特例に関する法律第四条において準用する場合を含む。） |
| 日本国とアメリカ合衆国との間の相互防衛援助協定第六条 | 日本国とアメリカ合衆国との間の相互防衛援助協定の実施に伴う関税法等の臨時特例に関する法律（昭和二十九年法律第百十二号）第二条 |
第二十一条（租税特別措置法の一部を改正する法律の一部改正に伴う経過措置）
前条の規定による改正後の租税特別措置法の一部を改正する法律（次項において「改正後の昭和六十一年改正法」という。）附則第三条の規定は、昭和六十三年分以後の所得税について適用し、昭和六十二年分以前の所得税については、なお従前の例による。
改正後の昭和六十一年改正法附則第十二条の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の所得に対する法人税については、なお従前の例による。