第十八条（合併の場合の課税の特例に関する経過措置等）
旧法第六十六条第一項第一号ロに規定する法人が施行日前に同項に規定する承認を受けて合併をした場合における法人税については、なお従前の例による。
旧法第六十六条第一項第三号の農業協同組合で施行日前に農業協同組合合併助成法附則第二項の規定により同号に規定する認定を求めたもの又は同条第一項第六号の漁業協同組合で施行日前に漁業協同組合合併助成法附則第二項の規定により同号に規定する認定を求めたものが、同条第一項第三号又は第六号に規定する認定を受けて合併をした場合における法人税については、なお従前の例による。
旧法第六十六条第一項第四号の森林組合で施行日前に同号に規定する認定を受けたものが合併をした場合における法人税については、なお従前の例による。
青色申告書を提出する漁業協同組合で政令で定めるものが施行日から昭和六十年三月三十一日までの間に漁業協同組合合併助成法附則第二項の規定により同法附則第三項の認定を求め、施行日以後に当該認定を受けて合併をする場合における法人税については、旧法第六十六条及び第六十六条の二の規定は、なおその効力を有する。この場合において、旧法第六十六条第一項第六号中「漁業協同組合で」とあるのは、「漁業協同組合のうち昭和五十三年改正法附則第十八条第四項に規定する政令で定めるもので」とする。
前項の規定の適用がある場合における新法第六十一条の規定の適用については、同条第一項中「認定」とあるのは「認定（昭和五十三年改正法附則第十八条第四項の規定によりその効力を有するものとされる昭和五十三年改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条第一項第六号に規定する認定を含む。）」と、新法第六十三条第一項第四号中「第六十六条第一項」とあるのは「第六十六条第一項（昭和五十三年改正法附則第十八条第四項を含む。）」とする。
第四項の規定の適用がある場合における昭和五十五年新法第六十一条及び第六十三条の規定の適用については、昭和五十五年新法第六十一条第一項中「二千五百万円を超える事業年度」とあるのは「二千五百万円を超える事業年度（当該法人が昭和五十三年改正法附則第十八条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる昭和五十三年改正法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条第一項第六号に規定する認定を受けて同項に規定する合併をした合併法人に該当する場合の当該合併の日を含む事業年度開始の日以後五年以内に終了する各事業年度に該当する事業年度を除く。）」と、昭和五十五年新法第六十三条第一項第四号中「合併により」とあるのは「合併（昭和五十三年改正法附則第十八条第四項の規定の適用を受けるものを除く。）により」とする。
青色申告書を提出する農業協同組合（清算中のものを除く。以下この項において同じ。）が昭和五十五年法律第五号の施行の日から昭和五十七年三月三十一日までの間に農業協同組合合併助成法附則第二項の規定により同法附則第三項の認定を求め、昭和五十五年法律第五号の施行の日以後に当該認定を受けて合併をする場合における法人税については、昭和五十五年旧法第六十六条及び第六十六条の二の規定の例による。青色申告書を提出する農業協同組合が昭和六十一年法律第十号の施行の日から平成四年三月三十一日までの間に農業協同組合合併助成法附則第二項の規定により同法附則第三項の認定を求め、昭和六十一年法律第十号の施行の日以後に当該認定を受けて合併をする場合及び平成四年法律第五十七号の施行の日から平成十三年三月三十一日までの間に農業協同組合合併助成法第二条第一項の規定により同法第四条第二項の認定を求め、平成四年法律第五十七号の施行の日以後に当該認定を受けて合併をする場合（平成十三年三月三十一日までに当該合併をする場合に限る。）、青色申告書を提出する森林組合（清算中のものを除く。以下この条において同じ。）が昭和六十二年法律第七十六号の施行の日から平成十三年三月三十一日までの間に森林組合合併助成法第二条の規定により同法第四条第二項の認定を求め、昭和六十二年法律第七十六号の施行の日以後に当該認定を受けて合併をする場合（平成十三年三月三十一日までに当該合併をする場合に限る。）並びに青色申告書を提出する漁業協同組合（清算中のものを除く。以下この条において同じ。）が昭和六十三年法律第十五号の施行の日から平成五年三月三十一日までの間に漁業協同組合合併助成法附則第二項の規定により同法附則第三項の認定を求め、昭和六十三年法律第十五号の施行の日以後に当該認定を受けて合併をする場合及び平成五年法律第二十四号の施行の日から平成十三年三月三十一日までの間に漁業協同組合合併促進法第二条の規定により同法第四条第二項の認定を求め、平成五年法律第二十四号の施行の日以後に当該認定を受けて合併をする場合（平成十三年三月三十一日までに当該合併をする場合に限る。）における法人税についても、同様とする。
前項前段の規定の適用がある場合における昭和五十五年改正法による改正後の租税特別措置法第六十一条及び第六十三条の規定の適用については、同法第六十一条第一項中「超える事業年度」とあるのは「超える事業年度（当該法人が租税特別措置法及び国税収納金整理資金に関する法律の一部を改正する法律（昭和五十三年法律第十一号。第六十三条第一項第四号において「昭和五十三年改正法」という。）附則第十八条第七項の規定によりその例によることとされる租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十五年法律第九号）による改正前の租税特別措置法（第六十三条第一項第四号において「昭和五十五年旧法」という。）第六十六条第一項第一号に規定する認定を受けて同項に規定する合併をした合併法人に該当する場合の当該合併の日を含む事業年度開始の日以後五年以内に終了する各事業年度に該当する事業年度を除く。）」と、同法第六十三条第一項第四号中「合併により」とあるのは「合併（昭和五十三年改正法附則第十八条第七項の規定によりその例によることとされる昭和五十五年旧法第六十六条第一項の規定の適用を受けるものを除く。）により」とする。前項後段の規定の適用がある場合並びに青色申告書を提出する農業協同組合が平成四年法律第五十七号の施行の日から平成十三年三月三十一日までの間に農業協同組合合併助成法第二条第一項の規定により同法第四条第二項の認定を求め、当該認定を受けて同年四月一日から平成十四年三月三十一日までの間に合併をする場合、青色申告書を提出する森林組合が昭和六十二年法律第七十六号の施行の日から平成十四年三月三十一日までの間に森林組合合併助成法第二条の規定により同法第四条第二項の認定を求め、当該認定を受けて平成十三年四月一日以後に合併をする場合及び青色申告書を提出する漁業協同組合が平成五年法律第二十四号の施行の日から平成十五年三月三十一日までの間に漁業協同組合合併促進法第二条の規定により同法第四条第二項の認定を求め、当該認定を受けて平成十三年四月一日以後に合併をする場合における租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十三号。次項において「平成十年改正法」という。）第一条の規定による改正後の租税特別措置法第六十一条の規定の適用についても、同様とする。
前項に定めるもののほか、第七項後段の規定の適用がある場合並びに青色申告書を提出する農業協同組合が平成四年法律第五十七号の施行の日から平成十三年三月三十一日までの間に農業協同組合合併助成法第二条第一項の規定により同法第四条第二項の認定を求め、当該認定を受けて同年四月一日から平成十四年三月三十一日までの間に合併をする場合、青色申告書を提出する森林組合が昭和六十二年法律第七十六号の施行の日から平成十四年三月三十一日までの間に森林組合合併助成法第二条の規定により同法第四条第二項の認定を求め、当該認定を受けて平成十三年四月一日以後に合併をする場合及び青色申告書を提出する漁業協同組合が平成五年法律第二十四号の施行の日から平成十五年三月三十一日までの間に漁業協同組合合併促進法第二条の規定により同法第四条第二項の認定を求め、当該認定を受けて平成十三年四月一日以後に合併をする場合における平成十年改正法第一条の規定による改正後の租税特別措置法第六十一条の規定の適用については、同条第一項中「各事業年度（当該法人の設立の日（合併により設立された法人にあつては、各被合併法人の設立の日のうち最も早い日）以後五年を経過する日を含む事業年度後の各事業年度については、当該各事業年度終了の日における出資総額が一億円以下である場合における当該各事業年度に限る。）」とあるのは、「各事業年度」とする。